In de première van het twaalfde seizoen komt Dean oog in oog te staan met zijn moeder Mary Winchester en wordt Sam neergeschoten door een Woman of Letters.

Terwijl Dean, Castiel en Mary op pad gaan om Sam te redden, ontdekt Crowley dat Lucifer het lichaam van rockster Vince Vincente in bezit heeft genomen.

Tijdens Castiels jacht op Lucifer moet hij samenwerken met Crowley. Sam, Dean en Mary onderzoeken een huilende baby die dood en verderf zaait in een mysterieus verlaten huis.

Sam en Dean onderzoeken een zaak die leidt naar een godsdienstig gezin dat in afzondering leeft, maar beseffen al snel dat de ouders een geheim verbergen dat hen allemaal kan vernietigen.

Sam en Dean ontdekken dat de ziel van Hitler opgesloten zit in een gouden zakhorloge uit 1930 en moeten snel handelen om te voorkomen dat een groep Nazi-dodenbezweerders hem laten herrijzen.

Wanneer jagers samenkomen om het leven en de tragische dood van één van hen te herdenken, komen Sam, Dean en Mary in actie wanneer een demon de jagers één voor één vermoordt.

Wanneer Lucifer zich realiseert dat hij als rockster zijn fans kan laten doen wat hij wil, organiseert hij een geheim VIP-concert om hen allemaal te vermoorden.

De jacht duurt voort wanneer Lucifer, tijdens zijn zoektocht naar macht en invloed, in het Witte Huis belandt en de Amerikaanse president onbewust een deal sluit met de duivel.

Na hun arrestatie voor een moordaanslag op de president, moeten Sam en Dean, met de hulp van Mary en Castiel, zien te ontsnappen uit de ondergrondse gevangenis.

Wanneer Lily Sunder haar zwarte magische krachten gebruikt om wraak te nemen op een groep engelen, moeten Sam en Dean voorkomen dat Castiel haar volgende slachtoffer wordt.

Sam roept de hulp in van Rowena om een oude, machtige groep heksen op te sporen nadat Dean door een toverspreuk snel zijn geheugen verliest.

Mary vraagt Sam, Dean en Castiel om hulp bij een zaak waaraan zij werkt, maar vertelt niet dat de Britse Men of Letters hierbij betrokken zijn. Totdat zij wordt bedrogen.

Sam en Dean vragen Rowena om hulp bij het opsporen van Crowleys zoon Gavin McLeod, terwijl Kelly Kline zich verschuilt bij een demon.

Sam en Dean onderzoeken een aanval van een Hellhound, terwijl Castiel op het spoor is van Kelly Kline, en Crowleys demonen ontdekken wat hij probeert te verbergen.

Sam, Dean en Mick Davies lopen Claire Novak tegen het lijf tijdens de jacht op een weerwolf. Wanneer Claire wordt gebeten, proberen de Winchesters haar te helpen voordat zij verandert.

Sam en Dean komen achter de mogelijke verblijfplaats van Kelly Kline. Mick bezoekt onverwacht de bunker en besluit mee op jacht te gaan.

Sam en Dean onderzoeken een zaak van een vermiste persoon, maar als een getuige vertelt dat de aanvaller het hoofd van een geit had, weten zij dat het hier om een duister geheim gaat.

Sam verzint een plan om Lucifers kind te stoppen, maar Castiel heeft iets anders in gedachten. Ondertussen neemt Kelly een gewaagd besluit over de toekomst van het kind.

Sam en Dean helpen Alicia Banes en haar broer Max om hun vermiste moeder te vinden, die op jacht was naar een krachtige heks. Mary begint te twijfelen aan de Britse Men of Letters.

Wanneer in het hele land jagers omkomen tijdens verdachte ‘ongevallen’, besluiten Sam en Dean om Mary op te sporen om zeker te stellen dat ze veilig is. Maar Toni Bevell is terug.

Wanneer het gevecht tussen de Amerikaanse jagers en de Britse Men of Letters losbarst, kunnen Sam en Dean alleen elkaar vertrouwen in een gevaarlijke situatie.

In de epische finale van het twaalfde seizoen, vecht Lucifer tegen Sam, Dean en Castiel om de macht te krijgen over zijn ongeboren kind.