세상을 덮친 검은 연기에 정신을 잃은 딘과 샘. 그 사이 딘은 자신에게 고맙다고 하는 여인을 발견하고, 그 여자가 '어둠'임을 본능적으로 알아차린다.

전염병에 걸린 샘은 치료제를 찾으려 하고, 딘은 어마라와 제나를 제나의 할머니 댁에 데려간다.

로위나는 대마녀회를 결성하기 위해 마녀들을 설득한다. 샘과 딘은 주문에 걸린 카스티엘을 치료하기 위해 로위나를 찾아 나선다.

샘과 딘은 보안관의 시신이 심하게 훼손돼 숲에서 발견된 사건을 조사하러 떠난다.

도끼로 난도질당해 죽은 커플이 리지 보든 여관에서 발견되자 샘과 딘은 리지 보든의 원혼의 소행이라고 생각하고 사건 해결에 나선다. 하지만 유령의 흔적은 없고 실제 연쇄 살인범의 흔적만이 가득하다.

10대가 된 어마라는 크로울리에게 반항하고, 크로울리는 어마라를 통제하지 못한다. 벙커에서 시간만 축내던 캐스는 메타트론을 찾아가 어둠에 관해 묻는다.

미네소타주 코티지 그로브에서 토끼 인형 탈을 쓴 남자가 범인인 살인 사건이 발생한다. 마침 사건을 맡은 보안관 도나는 무슨 방법을 동원해도 범인의 탈이 벗겨지지 않자 이상한 낌새를 눈치 채고 딘과 샘을 부른다.

어린 시절 샘의 상상 속 친구인 설리가 어른 샘의 눈앞에 나타났다. 설리는 자신이 어린이들을 보호하고 좋은 길로 이끌어 주는 '잔나'라는 존재라고 설명하면서 누군가가 자신의 친구를 죽였다며 도움을 청한다.

샘은 자꾸 루시퍼가 나오는 환영을 보고, 거기서 불타는 덤불도 보자 이것이 신이 보내는 계시라고 생각한다. 한편 어마라는 신을 불러내기 위해 신을 따르는 자들을 무차별로 죽이기 시작한다.

루시퍼는 샘을 그릇으로 삼기 위해 설득하기 시작하고 딘은 샘이 루시퍼에게 끌려간 걸 알고 제 발로 지옥으로 향한다.

고급 실버타운 오크 파크에서 한 주민이 밀실에서 머리가 깨져 사망한 사건이 발생한다. 이 사건을 수상하게 여긴 윈체스터 형제는 오크 파크로 찾아와 사건을 수사하고, 도중에 또 다른 사냥꾼을 만난다.

샘과 딘은 사건이 생겼다는 클레어의 연락을 받고 조디 밀스의 집으로 향한다. 클레어는 괴물이 나타났다고 주장하지만, 아무도 클레어의 말을 믿지 않는다.

밸런타인데이에 심장이 뜯겨 죽은 여성이 있다는 기사를 보고 샘과 딘은 수사에 나선다. 동일한 사건이 반복되고 둘은 모습 변환자를 의심한다.

샘과 딘은 어마라를 공격하기 위해 과거로 돌아가 '신의 성물'을 가져오려고 한다. 캐스의 몸에 들어간 루시퍼가 딘을 데리고 과거로 돌아가지만, 악마를 막는 결계 때문에 딘만 성물이 있는 배에 들어간다.

샘과 딘이 어릴 때 좋아하던 레슬링 선수가 죽은 채로 발견된다. 두 형제는 장례식장에 방문해 조의를 표하고 추모 경기에도 참석한다.

샘과 딘은 어마라와 캐스를 찾는 일이 미궁에 빠지자 한 집에서 엄마와 딸이 큰 외상 없이 혼수상태에 빠진 사건을 추적하기로 한다.

샘은 국립 공원에서 실종된 캠핑족들이 심장이 사라진 채 시신으로 발견됐다는 소식을 듣고 캐스의 부재로 우울한 딘에게 늑대 인간 사건을 해결하자고 제안한다.

루시퍼는 천국으로 가 천사들 앞에서 자신의 존재감을 확실히 하고, 다시 살아난 로위나는 어마라 곁에서 목숨을 보전하려다 어마라의 힘을 확인하고 도망 나온다.

초록색 눈에 윙윙대는 소리를 내는 괴생명체에게 공격당한 딘은 다른 사냥꾼의 도움을 받고 이 사냥꾼들과 힘을 합쳐 괴생명체를 추적하기 시작한다.

딘과 샘은 자신들을 찾아온 척의 정체를 알게 된다. 어마라의 안개가 또 다른 마을을 에워싸고, 수천 명 중 딱 한 사람, 레드필드 도나텔로 교수만이 살아남는다.

예전 모습을 되찾은 루시퍼. 하지만 신에게 쌓은 게 많다. 윈체스터 형제는 루시퍼와 신에게 화해할 수 있도록 노력하고, 마침내 힘을 합쳐 어둠을 물리치기로 한다.

어둠을 상대로 한 전투는 실패로 끝이 나고, 신은 치명상을 입고 죽어 가게 된다. 태양이 사라지고 세상이 끝날 위기에 처하자 샘은 어마라를 죽이자고 제안하고, 신은 마지못해 동의한다.