Les Ténèbres ont été libérées sur Terre... Dean et Sam découvrent les ravages causés par cette entité et l'infection qu'elle propage auprès des humains. Les deux frères décident donc de la combattre et la renvoyer d'où elle vient... Pendant ce temps, Castiel se débat avec les effets rémanents du sort de Rowena. Il se souvient du combat qui l'opposa à Crowley et réalise que l'issue n'est peut-être pas aussi définitive qu'il le pensait...

Une fois le bébé et Jenna en sécurité chez la grand-mère de cette dernière, Dean rejoint son frère aux prises avec une ville infestés d'humains contaminés. Durant le trajet, il reçoit un appel de jenna qui réclame son aide : Amara, le bébé sauvé, fait preuve de capacités peu banales... C'est le moment que choisit Crowley pour intervenir. Sam, de son côté, se retrouve seul pour combattre le fléau qui infeste la ville mais finit par trouver un remède à la pandémie...

Rowena cherche à tout prix à renforcer son pouvoir afin de se protéger des frères Winchester. Ceux-ci veulent aider Castiel afin qu'il guérisse du sort jeté par la sorcière mais doivent également chercher la jeune Amara, devenue une jeune fille et qui semble connectée aux Ténèbres. Actuellement en enfer, elle est en compagnie de Crowley qui tente de s'en servir pour arriver à ses fins. Mais le roi des Enfers va vite s'apercevoir que contrôler les Ténèbres n'est pas chose aisée et celles-ci pourraient bien échapper à son emprise...

Les frères Winchester partent en virée pour combattre les démons et monstres des ténèbres qu'ils ont libérés sur Terre… Dean s'amuse à trouver des noms d'hybride au monstre qu'ils rencontrent.

Dean et Sam enquêtent sur une série de meurtres qui ont eu lieu dans un Bed and Breakfast. La maison en question appartenait autrefois à Lizzie Borden...

Castiel demande de l'aide à Metatron pour se battre contre les ténèbres mais celui-ci, satisfait de son nouveau travail de vidéaste indépendant, n'est enclin à soutenir qui que ce soit. Pendant que l'élève Amara dépasse progressivement le maître; Crowley, Sam et Dean partent à sa recherche afin de l'éliminer carrément. Ce qu'ils trouveront alors va au delà de la fascination ou de la subjugation....

Alors que Sam a de plus en plus de questions sur les visions envoyées par 'dieu'. Dean et Sam se rendent au Minnesota à la demande de Donna pour une affaire concernant un Lapin Tueur.

Les frères Winchester redécouvrent l'ami imaginaire de Sam quand celui-ci était enfant. Il leur demande de les aider pour résoudre un crime perpétré contre les amis imaginaires. Sam est troublé par ses visions qui, croit-il, proviennent de 'Dieu' quand Dean ne veut pas en entendre parler.

Les visions de Sam envoyées par "Dieu" se précisent; il doit retourner dans la cage pour parler à Lucifer. Les deux frères demandent alors de l'aide à Crowley afin de rencontrer Lucifer tout en mettant Sam et le monde entier à l'abri. Alors que Sam planifie la rencontre avec l'aide de Crowley et de Rowena, Dean se rapproche de plus en plus d'Amara.

L'expression « Le diable est dans les détails » signifie qu'une faute dans un détail peut compromettre tout un ensemble.

Alors que l'on découvre que Lucifer se balade sur terre dans le corps de Castiel, Sam et Dean partent pour une maison de retraite à Oak Park, dans l'Illinois, pour enquêter sur le mystérieux suicide d'un patient de la clinique. Ils y découvrent une "consœur", chasseuse venue se venger d'une Banshee.

Après avoir recueilli Claire et Alex, le sheriff Mills tentent tant bien que mal de leur offrir une vie normale. Alex, qui essaie d'oublier son passé, se concentre sur sa vie de lycéenne quant à Claire, elle préfère passer son temps à chasser et ne va plus en cours. Cette dernière contacte les Winchesters pour leur parler d'une affaire où elle pense que des démons sont impliqués dans plusieurs disparitions. C'est alors que les erreurs passées d'Alex resurgissent.

C'est la Saint Valentin, Sam propose à Dean, qui est de plus en plus obsédé à l'idée de retrouver Amarra, de partir enquêter sur une affaire où la victime, une jeune babysitter de 19 ans, s'est fait arracher le cœur de la poitrine par son amant alors que celui-ci se trouvait au même moment au restaurant avec sa femme.

Dans la France occupée de 1943, une femme de lettres nommée Delphine Seydoux tue un général nazi et lui vole un puissant artefact. Dans le présent, Sam découvre que l'artefact est une Main de Dieu et a éventuellement le pouvoir de détruire Amara. Sam et Dean font appel à Castiel pour obtenir des informations, ne sachant pas qu'il est possédé par Lucifer, qui a repris le contrôle de l'Enfer, mais qui n'a pas le pouvoir de vaincre Amara. Comme le Thon Rouge, le sous-marin portant la Main de Dieu, a coulé, Dean demande à Lucifer de le transporter dans le passé, avant le naufrage, mais Warding spéciale maintient Lucifer dans le présent. Dean localise Delphine et parvient à la convaincre de sa mission, mais un destroyer allemand attaque le Thon Rouge, commandée par un général allemand, membre de la Société Thule. Dans le présent, Sam trouve un sort qui permettra "Castiel" pour supprimer le Warding et propose d'utiliser son âme pour l'alimenter. Lucifer se révèle et se trouve près de tuer Sam, mais Castiel parvient à reprendre le contrôle assez longtemps pour l'arrêter et informer Sam de la situation. Incapable de vaincre les Allemands, Delphine libère la puissance de la main de Dieu, oblitérant le Thon Rouge et son équipage. Lucifer ramène Dean dans le présent. Lucifer se révèle à Dean et tente d'utiliser la main de Dieu, mais découvre que sa puissance est dépensée. Comme Lucifer est distrait, Sam le bannit avec un sceau de sang. Dean promet de capturer Lucifer et sans Castiel, refusant de croire qu'il n'a pas accepté la possession de son plein gré. Sam l'informe que l'épave du Thon Rouge n'a jamais été retrouvé, le destroyer allemand a été trouvé, coulé par la main de Dieu, laissant Dean contemplant les sacrifices commis par le thon rouge et son équipage.

De retour dans une ville, Sam et Dean rencontrent un lutteur, Gunnar Lawless, idole de leur père lors d'une cérémonie pour le suicide d'un autre lutteur. Lors d'un match le soir même, un spectateur est retrouvé mort à l'extérieur de la salle avec des signes sur le corps. Les deux frères pensent alors à un démon, et testent tous les lutteurs avec de l'eau bénite, sans succès. Ensuite un lutteur est enlevé dans un motel et ils identifient très clairement Lawless sur la caméra qui a filmé cet enlèvement. Ils le retrouvent, et découvrent alors que Lawless sert à « récolter » des âmes pour un démon des croisements. Celui-ci avait proposé à Lawless un marché qu'il a accepté et 10 ans plus tard, pour éviter la venue des chiens, Lawless le sert. Les deux frères parviennent à tuer ce démon grâce à Lawless qui lui porte le coup fatal, mais à sa mort, les chiens de l'enfer arrivent pour prendre l'âme de Lawless et celui-ci affirme ne plus vouloir résister. En même temps, du côté de l'enfer, Crowley s'échappe grâce à un démon et va dans une de ses planques qui contient le bâton d'Aaron, une autre main de Dieu. Le démon était en fait avec Lucifer depuis le début, et il s'interpose quand Crowley tente de tuer Lucifer avec la main de Dieu, ce qui cause la destruction du démon et l'inutilité du bâton.

Dean et Sam sont préoccupés par le cas d'Amara et celui de Castiel. En attendant d'avancer sur ces points, ils enquêtent sur une maison dans laquelle une mère a retrouvé sa fille dans le coma. Sam et Dean comprennent vite que Bobby et Rufus ont déjà travaillé sur l'affaire quelques années plus tôt.

Ennemi(s)

Sam et Dean enquêtent sur une affaire de loup-garou qui conduit Sam à se faire tirer dessus tout en sauvant un jeune couple, Corbin et Michelle. Corbin a été mordu et se transforme lentement en loup-garou. Comme Dean refuse de quitter Sam, Corbin étouffe Sam, le tuant apparemment dans le but de forcer Dean à abandonner son frère, mais Dean tente d'obtenir un marché en allant à l'hôpital où il se tue avec une surdose de drogue dans l'espoir de convaincre une faucheuse de ramener Sam. La faucheuse refuse de traiter avec lui et lui révèle que Sam est toujours en vie. Avant qu'elle ne puisse l'emmener dans le néant, un médecin est en mesure de faire revivre Dean avec de l'adrénaline. Dans le même temps, Sam se réveille et découvre que les loups-garous survivants sont arrivés. Sam tue les loups-garous et appelle Dean pour l'avertir. Corbin tue un médecin et un adjoint avant que Dean ne l'arrête. Corbin est sur le point de tuer Dean, mais Sam arrive à temps pour tuer Corbin et sauver son frère. Les médecins sont en mesure de sauver Sam et de déterminer que lorsque Corbin a essayé de tuer Sam, son corps est entré en état de choc le faisant passer pour mort. Michelle est dévastée par la mort de Corbin, tandis que Dean ne dit rien à Sam à propos de ce qu'il a fait, alors même qu'il pensait que son frère était mort.

Sam et Dean vont enquêter dans une ville où de mystérieuses disparitions se produisent à intervalle régulier. Ils vont être aidés dans leur tâche par un couple de chasseurs.

Dieu fait enfin son apparition et il décide de se montrer en premier à son ancien scribe, Metatron. Ensemble, ils ont une longue conversation sur ce qu'a fait Dieu et ses intentions quant à affronter les Ténèbres. Pendant ce temps Sam et Dean enquêtent dans une ville où le brouillard infecte les personnes et tentent de secourir ses habitants.

Après avoir été sauvés par Chuck, les frères Winchester sont transportés dans le bunker par ce dernier. Chuck leur explique alors pourquoi son absence a duré si longtemps. Sam et Dean font ensuite la connaissance de Donatello, le nouveau prophète de Dieu, qui les aident à trouver Lucifer et le libérer avant le retour d'Amara. Metatron se sacrifie pour permettre aux autres de s’enfuir.

Chuck essaie de s'excuser auprès de Lucifer pour que celui-ci l'aide à battre Amara. Les frères Winchester demande aussi l'aide de Crowley et de Rowena pour les aider dans leur lutte. Ils font alors venir Amara et essaie de la vaincre de différentes façon. Mais celle-ci est bien trop puissante et s'en prend à Chuck...

Tandis que les Ténèbres gagnent du terrain à la suite du combat qui a opposé Dean, Sam, Dieu, Crowley, Rowena et Lucifer à Amara, le groupe anglais des hommes de lettres cherchent à arrêter les frères Winchester. Alors que l'équipe de Dieu retrouve espoir, Amara change ses plans.