Sesongpremiere. En yacht smeller kraftig inn i en stor bro i Miami. CSI-teamet finner raskt ut at mannen som styrte båten ble skutt og drept før ulykken. Offerets kone kan fortelle at deres sønn er kidnappet og at ektemannen skulle overlevere løsepengene – juveler til en verdi av tre millioner dollar.

En kvinne blir drept på en fest på en eksklusiv strandeiendom. En tidligere straffange blir arrestert og velger å stille som sin egen advokat. Det ser ut til å være en smart avgjørelse, men det som gjør saken mer komplisert er at hovedvitnet er den døde kvinnens unge sønn - en gutt som Horatio ønsker å beskytte og som han ikke vil sende i vitneboksen.

En ung kvinne blir dyttet foran en buss i fart og dør. CSI-teamet blir kalt inn for å etterforske saken. Alex finner et skrubbsår formet som et håndavtrykk på ryggen av offerets kropp. Kvinnens kjæreste, Jay, er hovedmistenkt.

E-poster og tekstmeldinger starter en massesammenkomst av studenter på en golfbane. Men når folkemengden løser seg opp, blir liket av en gymnaselev funnet på stedet.

En 18 år gammel jente blir knivstukket til døde på en populær nattklubb i Miami. Horatio finner ut at offeret jobbet med å kartlegge drikking blant mindreårige. Samtidig som Horatio intervjuer klubbens eier, kjører en ukjent mann forbi, ser at politiet er der, og krasjer bilen sin idet han flykter fra stedet. Saken blir mer komplisert når de oppdager nok et lik inne i bilen.

Kona til en berømt baseballspiller blir brutalt myrdet i sitt hjem, og hennes flørtende ektemann blir siktet for ugjerningen. Sakens jury, samt den tiltalte og hans forsvarere, besøker huset for å granske åstedet. Men når lysene dempes, slik de var da offeret ble drept, og så skrudd på igjen, blir baseballspilleren funnet død med en kjøttøks i ryggen og en lapp der det står "skyldig".

En tsunami er på vei mot Miami, og 10-timersvarselet gir innbyggerne akkurat nok tid til å evakuere byen. I kaoset som oppstår, blir to mennesker drept på en parkeringsplass. Under etterforskningen avdekker Horatio en plan om å robbe en bank i ly av evakueringsoppstyret. Det viser seg imidlertid at forbrytelsen er mer raffinert enn først antatt. I kjølvannet av stormen oppdager Ryan og Alexx et lik som er skylt opp fra den lokale kirkegården. Dødsårsaken synes å være en annen enn det som opprinnelig var fastslått. Og Horatio mistenker at Yelina blir fysisk mishandlet av sin kjæreste, IAB's Rich Stetler.

Richard Laken blir funnet drept etter en kveld med speeddating. C.S.I.-teamet oppdager at bilen hans er dekket med aceton. Sporene leder tilbake en av de kvinnelige gjestene. Hun innrømmer at hun datet Laken og at han dumpet henne. Derfor dynket hun bilen med neglelakkfjerner, men hun drepte ham ikke. Horatio og teamet finner ut at Laken nylig var øyenvitne til et alvorlig overfall under en Miami Heat-basketballkamp, og jakten rettes nå inn på to gjerningsmenn i stedet for én.

Seks lik bundet sammen med et tau blir funnet flytende i havet utenfor kysten av Miami. CSI-teamet etterforsker dagens piratvirksomhet. Horatio mistenker at et skip ble plyndret og at deler av mannskapet ble drept og kastet over bord.

En mann blir funnet død på et fortau utenfor en høy bygning og CSI: Miami blir satt til å etterforske saken. Horatio og teamet finner raskt ut at offeret som ble funnet på fortauet ikke er den samme mannen som tidligere falt fra bygningen, men den uheldige personen han tilfeldigvis landet på.

En kvinne blir drept i det som ser ut til å være en bilkapring. CSI-teamet snakker med hennes ektemann, som er den eldste av tre brødre som driver deres lukrative familiebedrift. Da det blir avslørt at offeret var spilleavhengig, noe som kunne ha slått familiebedriften konkurs, må CSI-teamet følge alle bevis for å finne morderen.

Etter en gjengrelatert skyteepisode på et akuttmottak, må Horiatio og teamet finne de ansvarlige gjengmedlemmene.

En politimann blir drept under en rutinemessig trafikkontroll. Horatio og CSI: Miami-teamet må spore opp drapsmannen. Det eneste vitnet til mordet er en sivilist som satt på i bilen til politimannen. Han er nå savnet.

Horatio og CSI: Miami-teamet avslører en kompleks falsknervirksomhet etter at en pikkolo blir funnet myrdet på et av Miamis hotteste hoteller.

When the CSIs find a woman swallowed whole and killed by a gigantic snake, they uncover a covert drug smuggling operation. Evidence leads Horatio and the team to a drug smuggling operation where large snakes are suspected of be being used to bring illegal drugs into the country to avoid detection by customs. However, when Horatio finds that Clavo Cruz, a nemesis of Horatio's who hides behind his diplomatic immunity, may be behind the operation, the team must find a legal way to put the criminal behind bars. Meanwhile, Wolfe must find the truth when two women each claim that they are the real victim of identity theft and the other is the culprit.

Evidence leads the CSIs to believe that someone started a massive fire in the Everglades in order to cover up a murder. Local prisoners are brought in as free manpower to help fight the wild fire in the Everglades. However, when a serial killer escapes the scene, Horatio must track him down before he strikes again. Meanwhile, the body of a local college student is found shot to death and the fire has destroyed the crime scene and the evidence. However, when the team uncovers an illegal moonshine operation and homemade ammunitions in the vicinity, the CSIs uncover the real reason why the boy was out there.

Someone uses a laser light to blind a pilot and bring down a jet, which carries $1.2 billion in checks to be delivered to banks on the eastern seaboard. The crime scene evidence reveals a victim, a young fundraising socialite, who was inside the plane but killed prior to the crash. Now, although the team has little to work with since the victim's wealthy family is opposing an autopsy, Horatio must follow the money trail. Meanwhile, Calleigh works on the case with her ex-boyfriend, Detective Hagen, and their romantic history could cause problems for both of them.

En ekstremskateboarder og videospilltester blir funnet død i en "half-pipe"-plattform brukt til å programmere ekstreme skateboardvideospill. Nå er det opp til Horatio og resten av CSI: Miami-teamet å finne morderen ...

En skatteinnkrever blir drept mens han forsøker å kreve tilbake en skattesvindlers yacht. Snart etter oppdager CSI-teamet at en annen skatteinnkrever er blitt skutt og drept. Horatio må finne ut hvem som står bak det som muligens kan være en rekke mord på personer fra skattemyndighetene.

Horatio's life is changed forever when he learns important information about his deceased brother. Horatio must now figure out what to do with this information about his brother, Raymond, and whether or not to tell Yelina. Meanwhile, the team investigates when a woman is murdered at a crowded bar after she's approached by a female employee of a service that helps men pick-up women. Also, when Delko loses his badge after some reckless behavior and it's used in a crime, he must locate the badge before it's used again.

After a bitter custody battle, shots are fired outside the courthouse. Bullets fly and the target is the little girl's mother. Horatio goes after the father, who he suspects may not be the girl's biological father after all. However, when the mother's shady past is uncovered, the team finds that she has a lot of enemies who would like to take a shot at her. Meanwhile, Calleigh's father returns to the crime lab for her guidance but for an unexpected reason.

An axe murderer on death row is given a stay of execution just moments before it was to take place, on the grounds that there may have been tainted DNA analysis used at his trial. Now, without using any DNA evidence, the team must race against time and reexamine all of the physical evidence in the case, just as they get a call on a new double murder that looks suspiciously like the case they're working on.

While investigating the murder of man hired to make dirty bombs that terrorists intend to set off in Miami, Horatio finds the bloody fingerprint of his brother, Raymond, who he believed to be dead. However, when Raymond's son is kidnapped, he emerges from deep undercover and the estranged brothers must work together to save the boy. Meanwhile, while processing a crime scene, an unknown assailant holds a gun to Calleigh's head and, after a deadly confrontation in her gun lab, she is left doubting that she can continue as a CSI.