В империи Дарксайда дела идут скверно — проиграно вероломное вторжение в Новый Генезис, с которым ранее был заключен мирный договор, дворец разрушен, от армии осталась одна десятая часть, а теперь ещё вторглись силы Брейниака. Дарксайд является на станцию Лиги, чтобы попросить о помощи, ведь враг способен уничтожать любые миры до основания. Лига прибывает на Апокалипсис и помогает армии Дарксайда одолеть Брейниака, затем преследует его отступающий корабль до астероида, но там попадает в засаду. Выясняется, что два чудовища заключили договор — тело Супермена в обмен на сохранение планеты.

Дарксайд заражает Брейниака своим компьютерным вирусом, и тот становится его рабом. Намерение Князя Тьмы — с помощью мощного программного разума и криптонца решить Уравнение антижизни, уничтожив Вселенную и построив новую, основанную на дисциплине и порядке. Тем временем Бэтмен и Чудо-женщина являются в Новый Генезис и встречаются там с Верховным Отцом и Орионом (который является его приемным сыном и родным сыном Дарксайда). Орион ненавидит кровного отца и спешит воспользоваться слабостью его цивилизации, чтобы навсегда устранить угрозу для цветущего Генезиса. Вместе с Бэтменом и Дианой он прибывает на астероид, освобождает Супермена и вместе они сражаются с Дарксайдом, пока системы поврежденного астероида ведут отсчёт до самоуничтожения. Герои успевают уйти вовремя. Оба злодея погибают. Жизнь как бы мстит Дарксайду и Брейниаку за всё то зло, которое они причинили вселенной, за дискредитацию Супермена и убийство Дэниэла Тёпина.

Сражаясь с Орлицей и Суперменом, Лекс Лютор получает сильные повреждения своего скафандра, являющегося как оружием, так и средством поддержания жизни (ведь Лекс болен), за помощью он возвращается в когда-то свою компанию LexCorp, которой теперь управляет его доверенное лицо и телохранитель Мёрси Грейвс. От неё он узнает, что профессор Айво, способный ему помочь, был уволен и ведет уединённую жизнь в своем особняке. Явившись туда, Лекс обнаруживает его умершим. В доме также живёт созданный им нанотехнологический андроид Амэйзо. Пользуясь его доверчивостью и дружелюбием, Лекс сначала просит украсть для него топливо, затем рассказывает ему историю вражды с Лигой с выгодного для себя ракурса. В это время Марсианский Охотник переживает серьёзный ментальный кризис, пострадав от попытки найти Лекса, прочитав мысли всего города — он слышит огромное количество низменных дурных мыслей, и отправляется на природу, как можно дальше от людей.

Давя на жалость и доверие, Лекс заставляет Амэйзо напасть на Лигу Справедливости, и в первом сражении он демонстрирует свою невероятную способность копировать силы других героев. Андроида, едва не перебившего всю Лигу, останавливает куском криптонита Бэтмен, ведь тот скопировал не только силы, но и слабости. Тем временем Мёрси организует Лексу новое убежище в старом ангаре, где он заканчивает ремонт своего скафандра, после чего Лекс и Амэйзо выступают вместе. Но битву останавливает разобравшийся в себе Дж’онн — он просто дает андроиду скопировать свою способность к чтению мыслей. И тогда Амэйзо понимает, что им манипулировали. В гневе он разрушает скафандр Лекса и, не видя смысла оставаться на несовершенной для него планете, отправляется в космос. Лекс снова возвращается в тюрьму, а Мёрси отказывается помогать ему.

В тюрьме проводят эксперименты по развитию ментальных способностей. Заключенный Джон Ди — бывший сотрудник LexCorp, в тайне мечтающий уничтожить Лигу, является главным подопытным. Этим он пытается получить досрочное освобождение. Вскоре он узнает, что его жена ушла к другому. В тот же день происходит массовый побег из тюрьмы, и в то время, когда все бегут на свободу, Ди бежит в лабораторию, чтобы испытать аппарат на полной мощности. Его план удается и он получает способность внушения иллюзий, преимущественно во сне. Он берёт имя Доктор Судьба и отправляется отомстить неверной жене. Ди погружает её в непрекращающийся кошмар, от которого она впоследствии умирает в больнице. Тем временем члены Лиги ловят других бежавших преступников — как им кажется, более опасных.

Утомленные тяжелым днем, все герои, кроме Дж’онна и Бэтмена, ложатся спать и оказываются в своих личных кошмарах, от которых не могут пробудиться. Дж’онн входит в сны друзей, чтобы одолеть Ди в мире снов, а Бэтмен отправляется на поиски преступника в реальном мире. Ди пытается вколоть Бэтмену сильный транквилизатор, но в ходе драки случайно вводит его себе. Он остается запертым в мире снов. Жизнь как бы мстит Джону Ди за его эгоизм и самосуд в отношении жены, которую он довёл до смерти.

Чудо-женщина посещает раут в Париже, где неожиданно встречает Брюса Уэйна и знакомится с Одри — принцессой Коснии. Банкет прерывают террористы, пытающиеся похитить принцессу, но Диана пресекает эту операцию. Благодаря этому событию принцесса и героиня становятся подругами и отправляются развлекаться по ночным клубам. Одри просит Диану стать подружкой невесты на королевской свадьбе, которая должна состояться завтра. Женихом Одри оказывается Вандал Дикий, нацистский военный преступник, пытавшийся изменить историю. Но с тех пор прошло более полувека, а Вандал называет себя внуком того, кого помнит Диана, поэтому она не испытывает полной уверенности в том, есть ли у него тайный замысел. Однако Бэтмен пытается выяснить истину. Тем временем завершается дорогостоящее строительство орбитальной станции Коснии.

Станция оказывается орбитальной рельсовой астероидной пушкой и становится таким образом одним из мощнейших оружий цивилизации, так Косния обеспечивает себе мировое лидерство, а Дикий тем временем убирает короля, подослав ему горничную с отравленным напитком, и торопит Одри со свадьбой, чтобы скорее стать королём и выставить миру ультиматум. Лига спасает военнопленных со станции и разрушает её, однако это происходит чуть позже, чем был уже произведен выстрел астероидом, цель — Париж. Но Бэтмен успел изменить цель, и оружие уничтожает королевский замок. Дикого извлекают из-под завалов и уводят по приказу королевы Одри, которая принимает решение сделать общественно-правовой строй Коснии более справедливым, гуманным и демократическим.

Четверо зелёных фонарей сражаются с войсками фанатиков, двое погибают, Киловог вынужден отступить. Раненый он прибывает в штаб Лиги, где ему оказывают помощь, и рассказывает, что его отряд послали на планету Каланор, чтобы остановить распространение опасного культа, именуемого «Легион третьего глаза», но командование недооценило силу противника, и отряд был разбит. Среди них была Катма Туи — бывшая наставница и возлюбленная Джона Стюарта, её судьба на данный момент неизвестна. Фонарь отправляется на место событий, не дожидаясь остальных, и обнаруживает на планете бедность, гнёт и диктатуру. Там его хватают и доставляют к правителю Десперо — мутанту с третьим глазом, и тот рассказывает свою историю — в юности он был гоним всеми за своё уродство, но однажды среди пустыни из-под земли вырвалось священное пламя Пиайтар и избрало его, чтобы нести свет и возрождение планете.

Марсианин обнаруживает упоминание о живом пламени в древних источниках, а Киловог собирает углеродную бомбу для того, чтобы это пламя уничтожить. Тем временем Десперо наделяет силами армию и начинает вторжение в другие миры. Джон вступает в личную схватку с диктатором, а команда прибывает, чтобы взорвать бомбу и уничтожить пламя, но оно вступает в контакт с марсианином, и открывается, что сам Пиайтар обладает сознанием и никогда не являлся источником зла — это живая сила природы планеты, дремавшая долгое время, а Десперо своевольно использовал данную силу для установления собственной власти. Огонь объявляет свою мирную волю народу, лишает диктатора сил и уничтожает его армию, летящую к другим мирам. Природа планеты, находившейся в упадке тысячу лет, стремительно восстанавливается.

В параллельном мире, похожем на основной, существует та же команда героев, но они называют себя Лордами Правосудия. В этом мире некоторое время назад погиб Флэш, а Лекс Лютор был президентом, и он поставил мир на грань мировой войны. Лорды совершают нападение на Белый Дом, и Супермен убивает Лютора. Два года спустя Лорды управляют всей планетой, установив железный диктат закона и полицейский режим, при котором за малейший проступок и выражение недовольства можно попасть под арест, бродяги предположительно уничтожаются физически , психически нездоровые личности подвергаются принудительной лоботомии, демократия и свобода слова фактически отменены, американское правительство вынуждено запрашивать разрешение на проведение выборов, а репортёров вроде Лоис Лейн помещают под домашний арест с запретом на общение с кем бы то ни было на период проведения выборов.

Лига Справедливости возвращается в своё измерение. Там они заключают малоприятный, но необходимый в силу обстоятельств договор с Лексом Лютором — амнистия в обмен на его оружие. Оружием Лекса Лютора они лишают Лордов Правосудия их сил для того, чтобы помешать им захватить власть, а заодно избавить параллельную вселенную от их тирании. Это демонстрирует Лордам Правосудия всю наивность их представлений о возможности действий в параллельном мире и показывает, что уцелевший Лекс Лютор за эти 2 года шагнул вперёд и даже создал то самое оружие, которое победило Лордов Правосудия раз и навсегда. Дальнейшая судьба Лордов Правосудия не показана, но предполагается, что они потерпят поражение в своём мире, а к народу, отвернувшемуся от них навсегда, вернётся свобода. Тем временем Лекс, получив законное освобождение, решает не возвращаться в свою корпорацию, а заняться политикой.

Преследуя отряд военного преступника, четверо американских военных обнаруживают гробницу, спрятанный в ней артефакт и тела тех, кого искали. Плененный жадностью, один из военных изымает тёмный бриллиант с постамента. Им овладевают злые силы, и он уничтожает отряд, а затем направляется искать способы приближения конца света. Пытаясь использовать ядерные ракеты, он проникает на военную базу, но его останавливают, а артефакт вместе с его пленительной силой попадает к генералу. Теперь уже генерал начинает искать пути уничтожения человечества и узнает, что одними из опаснейших людей на планете являются члены Лиги. Тем временем Флэш умудряется дискредитировать себя и всю команду, сначала снявшись в нелепой рекламе, а затем приняв участие в ток-шоу. Притворяясь суперзлодеем, генерал провоцирует Чудо-женщину на бой, и в результате бриллиант достается ей.

Диану настигает старик Мофер — хранитель гробницы, но ему мешает Зелёный Фонарь. В итоге хранитель оказывается в сумасшедшем доме, но Флэш в беседе с ним узнает древнюю историю: в незапамятные времена люди воевали с враждебной цивилизацией змее-людей афидиан и победили, последние афидиане совершили ритуальное самоубийство и заточили свои жаждущие мести души в камень. Люди знали об опасности и воздвигли храм, хранящий артефакт от посторонних. Теперь же зло оказалось на свободе и более того — на станции Лиги.

Аквамен помогает Гранди уйти от столкновения с военными, в это же время на мирный океанский лайнер нападает морское чудовище. Супермен, Диана и Орлица спешат в Атлантиду, чтобы проверить свои опасения, не собирается ли Аквамен напасть на цивилизацию поверхности. В прошлую встречу он помогал Лиге, но то была помощь ради спасения своей страны, а не всего мира, поэтому есть основания его подозревать. Аквамена герои в городе не находят, а от холодно встретившей их королевы объяснений не получают. Позже они находят магическую башню, проникают в неё и становятся свидетелями того, как Доктор Фейт, Аквамен и Гранди совершают ритуал, для которого требуются соответственно могущественный маг, трезубец Посейдона и живой мертвец. Герои вмешиваются и сражаются с ними, но, победив, понимают, что напрасно вмешались — ритуалом противники пытались остановить пришествие древнего зла, которое однажды уже было изгнано с Земли.

Орлица знает этого бога — это Ихтхулту (пародия на Ктулху), ему поклонялся её народ до того, как на Танагаре установилась атеистическая идеология. Поскольку запечатать проход между мирами не удалось, а исправлять содеянное надо, объединенная команда отправляется в причудливый мир древних, чтобы там сразиться с божеством. Герои бьются с полчищами инфернальных чудовищ, а после встречают самого бога Ихтхулту. Ихтхулту удивленно узнает в Орлице танагарианку и устраивает ей расспрос, почему её народ перестал ему служить. Ответ в том, что он просил слишком большие жертвы за свои дары и не стоит веры в него.

Gorilla Grodd brings together a powerful team of villains, welding them together into a close-knit group. Meanwhile the League is plagued by it own internal problems and non-cooperation, leaving them vulnerable to attack.

The Secret Society take advantage of the League's break-up to bring them down until only Green Lantern remains to free his comrades. When he falls as well everything looks hopeless.

After Superman makes the ultimate sacrifice to save his fellow heroes, the Justice League and rest of the grieving planet must learn to live in a world without Superman.

Superman finds himself on a devastated future Earth with the man responsible - Vandal Savage.

In the ultimate reality show, the Joker pits the Justice League against the clock and against the Royal Flush Gang as the Justice League races to find and disarm all the bombs he's planted along the Strip in Las Vegas.

The League manage to defuse the Joker's bombs and defeat the four active members of the Royal Flush Gang...but the Joker has an Ace in the hole as he executes his real master plan.

The Justice Leaguers go their separate ways to celebrate the holiday season.

The Thangarians, Hawkgirl's people, arrive on Earth to aid them against the menace of the Gordanians. But all is not what it seems.

The League defeats the squad of hawkmen sent to kill them at the Batcave, but must now figure out how to stop the activation of the hypergate before it destroys Earth.