Американская экспедиция на Марс случайно освобождает заточённое на планете древнее зло. Армия агрессоров обрушивается на Землю. Спешно добывая информацию о вторжении, Бэтмен и Супермен освобождают пленённого на военной базе марсианина Дж’онна Дж’онзза, который объясняет, что нападающие являются не марсианами, а их врагами из более далекого мира. В древней космической войне были фактически уничтожены обе расы. Он, последний из марсиан, лично опечатал гробницу имперцев в далеком прошлом. Теперь он телепатически вызывает героев, способных помочь в войне — Диану, Орлицу, Флэша и Зелёного Фонаря. Вместе они разрушают биомеханические установки и уничтожают владыку имперцев. Остановив вторжение, герои решают объединиться в Лигу Справедливости для защиты Земли от новых опасностей.

В далёком космосе вершится суд над Джоном Стюартом, он обвиняется в уничтожении населённой планеты по неосторожности. За ним прибывают и эскортируют на суд Охотники за людьми — одухотворенные роботы. Джон не оказывает сопротивления и признает вину, однако Лига отправляется вслед за ним и принимает участие в судебном процессе.

Пока Флэш тянет время в качестве адвоката, Супермен и Марсианский Охотник обследуют место катастрофы и выясняют, что спутник планеты по-прежнему вращается по своей орбите вместо того, чтобы стать странствующим небесным телом — планета не уничтожена, а всего лишь скрыта иллюзией. Разрушая голографическую установку, герои успевают оправдать Джона на грани казни. Но пока в рядах Фонарей была посеяна рознь, а их старейшины присутствовали на суде, планета-штаб Оа осталась с низкой обороной. Туда и устремляются Охотники, чтобы захватить власть, которая, как они считают, должна была принадлежать им исконно, ведь именно они были первой армией старейшин ещё до Фонарей. Но тех удаётся остановить. Отряд Фонарей приносит извинения Джону за то, что не верили в него, но он оставляет их без своего прощения.

В Атлантическом океане атомная подводная лодка подвергается атаке неизвестного противника, которым оказывается цивилизация Атлантиса (адаптированный для сериала образ Атлантиды). Лига Справедливости проводит под водой операцию по спасению экипажа, армия Атлантиса не мешает им в этом, однако не даёт забрать саму подлодку с ядерными боезарядами. В коротком разговоре король Аквамен объясняет, что люди суши с их подводным оружием стали представлять угрозу для его народа. По совету Супермена он решает обратиться с мирной речью в Конгресс США, является на заседание, но понимания там не встречает, а после выхода из здания подвергается покушению и оказывается в больнице. Лига находит снайпера — Дэдшота — и выясняет, что его нанял кто-то из самого Атлантиса. И в результате, возвращаясь домой, Аквамен обнаруживает, что это был его брат, Орм.

Орм совершает новую попытку убить короля и заодно младенца-наследника, но Аквамен спасает себя и сына, пожертвовав рукой (вместо руки чуть позже был приделан протез-крюк). В отличие от короля, который просто старался быть готовым к возможной войне с поверхностью, Орм настроен эту войну начать. На Северном полюсе, где находится климатическое оружие, происходит сражение за власть. Аквамену удаётся победить Орма, после чего тот падает в пропасть и погибает, в это время Бэтмен и Фонарь обезвреживают реактор системы. Аквамен возвращается на престол с осознанием, что был слишком увлечён обвинениями к врагам внешним, не замечая внутренних.

Ностальгия заставляет Чудо-женщину вернуться на родину — на остров Темискиру, но она обнаруживает свой дом в руинах, а всех амазонок — обращенными в камень. Сотворивший это колдун Феликс Фауст заставляет её собрать для него три артефакта, чтобы сложить из них ключ, и тогда он оживит амазонок. Это нужно Фаусту, чтобы обрести абсолютное знание, но ценой того, что тёмный бог Хейтс (Аид) будет выпущен из Тартара.

Лига помогает Диане собрать осколки, но при передаче ключа Фаусту устраивает ему засаду, которая не удаётся. Фауст освобождает Хейтса, и тот даёт ему абсолютное знание, но превращает в старика. У врат Тартара происходит сражение Лиги с Хейтсом и божество сбрасывают назад, при закрытии врат Фауст рассыпается в прах, а с восходом солнца оживают из камня все амазонки, заколдованные колдуном. Королева Ипполита щедро награждает героев за помощь, однако изгоняет Диану с острова за то, что она привела на него посторонних.

Орлица и Зелёный Фонарь, обеспокоенные отсутствием друзей, отправляются на их поиски, и случай сводит их именно с Дрейгой, который переживает драму своего поражения и милости Супермена к нему. В это время Монгул раскрывает Супермену тайну, что заставил Дрейгу оставаться верным гладиатором, потому что шантажировал его планетарной пушкой, направленной на его родную планету. Теперь он этим же способом заставляет Супермена принять его вызов и проиграть. Дж’онн, Фонарь и Орлица уничтожают пушку, а Дрейга, пробравшийся на арену, вступает в честный бой с императором и побеждает, пытается отдать корону Супермену как своему победителю, но тот оставляет её для Дрейги.

В Западной Африке существует укрытый от остального мира Город Горилл, представляющий собой высокоразвитую суб-цивилизацию. Расследуя странные преступления, совершенные людьми, которые ничего об этом не помнят, Флэш и Зелёный Фонарь знакомятся с Соловаром, начальником службы безопасности этого города. Он рассказывает, что за преступлениями стоит Горилла Гродд — непризнанный сумасшедший гений, который хочет уничтожить Город Горилл и безгранично властвовать над Землёй.

Гродд использует устройство, которое позволяет ему мастерски и беспрепятственно управлять умами других, с его же помощью заставляет Флэша украсть радиоактивные изотопы для своего проекта, затем захватывает человеческую военную базу и посылает ракеты на Город. Остальная часть Лиги Справедливости предотвращает катастрофу, а Флэш в личной схватке с Гроддом выводит из строя его телепатический шлем, и Гродд разрушает свой разум при новой попытке его использовать. Но затем разум возвращается к нему.

Амазонка Аресия, бежавшая с Темискиры, собирает группу приспешников Лютора. Она пытается уничтожить химическим оружием всё мужское население Земли, доведя идеологию амазонок до абсолюта, так как считает мужчин источником войн и всех прочих бед цивилизации. Она распыляет в воздухе аллерген, вводящий мужское население нескольких городов в состояние комы, а позже могущий привести к смерти. Вся мужская часть Лиги Справедливости также оказывается заражена.

Диана и Орлица выясняют подробности о прошлом Аресии — её ненависть проистекает из детства, когда её город и семья стали жертвами сначала войны, а потом и морских пиратов. Королева Ипполита лично покидает Темискиру и встречается с Аресией, чтобы уговорить её оставить безумный план, но та, понимая, что зашла слишком далеко, пленит королеву. Аресию не убеждает и история о том, чего она не знала, — после нападения пиратов её спас ценой своей жизни капитан корабля (мужчина) — он стал единственным мужчиной, похороненным на Темискире. Диане и Орлице приходится решить вопрос силой и они уничтожают самолёт Аресии, несущий ракеты с химическим оружием, при этом Аресия погибает. Герои раздают людям антидот, который успели создать Бэтмен и Дж’онн.

В результате аварии во время сражения с роботом Лютора 4 героя Лиги Справедливости случайно перемещаются в параллельный мир. Мир выглядит комично, напоминая фильмы 60-х гг. Они встречают там героев (похожих на них, но выглядящих более комично и несколько по-другому), которые называют себя Гильдия Справедливости. Зелёный Фонарь удивляется реальности их существования, потому что это герои комиксов из его детства. Пока две команды сражаются со злодеями этого мира, Марсианского Охотника мучают видения чудовищной катастрофы, произошедшей здесь в прошлом.

Зелёный Фонарь и Орлица обнаруживают могилы Гильдии Справедливости, что даёт им повод усомниться в истинности героев. Они посещают библиотеку, чтобы найти сведения об этом мире, но в книгах только пустые страницы. Найдя газету в разрушенном метро, они узнают, что Гильдия Справедливости погибла в ядерной войне 1961 г., и мир был уничтожен. Видения Марсианского Охотника показали, что то, что видят другие герои и обитатели этого мира — иллюзия. Она была создана Рэем - мальчиком, который сопровождал Гильдию Справедливости. В результате войны он превратился в ядерного мутанта и создал иллюзию. Лига Справедливости и Гильдия Справедливости побеждают его, но герои Гильдии исчезают, потому что после смерти Рэя иллюзия перестала существовать. Мир принимает свой естественный вид — постъядерные руины, но люди, пробудившиеся от иллюзии, изъявляют желание восстановить его, а герои Лиги возвращаются домой через портал в особняке Гильдии.

Лига Справедливости отправляет Лекса Лютора в тюрьму за контрабанду оружия, к тому же врачи обнаруживают у него рак, вызванный длительным воздействием куска криптонита, который он носил с собой в качестве оружия против Супермена. Однако в тюрьме он находит союзника Ультра-Гуманайта (говорящее гориллоподобное существо), и вместе они совершают побег. Лекс собирает команду злодеев, способную противостоять Лиге — Гепардица, Змей, Звёздный Сапфир, Соломон Гранди, Мрак, позже к ним присоединяется Джокер.

После первого сражения команд банда Лекса вынужденно отступает, бросая Змея, и тот оказывается в тюрьме. Бэтмен получает ранение, и это заставляет его почувствовать себя подавленным, так как он - единственный в команде, не имеющий суперспособностей. Не предупредив команду, он вмешивается в планы банды Лекса в одиночку и оказывается в плену, но благодаря уму и хитрости, выделяющим его среди других героев, находит выход. Находясь в кандалах, он провоцирует Гранди на агрессию к другим злодеям, соблазняет Гепардицу и подкупает Гуманайта, а после вызывает телепатически Лигу, обеспечивая таким образом лёгкую победу в новом столкновении. Лекс и Гуманайт снова оказываются в тюрьме, но последний счастлив, потому что передал полученные от Бэтмена деньги в поддержку оперного театра, концерты которого смотрит по телевизору в тюрьме.

Когда-то замок Камелот пал из-за предателя Джейсона Блада, открывшего врата силам зла ради порочной любви к ведьме Моргане Ле Фей. Преданный ей, умирая, он был проклят Мерлином и превращён в бессмертного демона Этригана. Спустя столетия Джейсон Блад просит помощи у Лиги Справедливости, чтобы помешать Моргане Ле Фей и её сыну Мордреду завладеть философским камнем, с помощью которого они намерены превратить мир в своё новое королевство.

Дж’онн пытается помочь Этригану обнаружить Ле Фей, но она оказывается сильнее и погружает Дж’онна в иллюзии о родной планете и семье. Ведомый порочной надеждой и лживыми обещаниями Ле Фей относительно возрождения Марса, он достает для неё камень, но уничтожает его, опомнившись в последний миг. Ле Фей отступает. Дж’онн хочет уйти из Лиги, но Джейсон Блад говорит, что он искупил свою вину. Дж’онн остаётся в команде.

Зелёный Фонарь встречает своего старого друга Рекса Мейсона, который работает в химико-промышленной компании и узнаёт, что его босс занимается ввозом опасных запрещённых веществ. Более того, Мейсон также встречается с дочерью босса и пытается с ней сбежать. Саймон Стэгг, отец девушки, угрожает ему, и позже, из мести и в целях эксперимента, похищает его и превращает в Метаморфо — суперчеловека, обладающего способностью копировать молекулярную структуру любого вещества. Манипулируя его чувствами, Стэгг внушает ему разочарование в жизни, в его возлюбленной и ненависть к Фонарю.

Происходит сражение Метаморфо и Лиги без явного победителя. Однако, разобравшись в чувствах, Мейсон присоединяется к героям и помогает им ликвидировать незаконную лабораторию. Стэгг, из-за аварии также ставший чудовищем, встаёт у них на пути, но герои побеждают его.

Бессмертный человек Вандал Дикий отправил себе в прошлое (во времена Второй мировой войны) информацию о ходе войны, планы технологий будущего и инструкции о том, что нужно изменить и как добиться захвата мира. Благодаря этому в прошлом он становится новым фюрером, а Гитлера пленит в криогенной заморозке. Вся Лига, за исключением Бэтмена, в тот момент возвращалась с задания в глубоком космосе и стала свидетелем волны изменений, произошедших во времени, но кольцо Фонаря их уберегло.

казавшись на изменённой Земле, принадлежащей нацистам и Дикому, Лига отправляется в прошлое, чтобы вернуть реальный ход событий. Зелёный Фонарь лишается силы своего кольца и вынужден сражаться с автоматом в руках, рядом с обычными американскими солдатами. Марсианин попадает в плен и использует это, чтобы разведать планы фашистов. Супермен и Орлица сотрудничают с вольным интернациональным отрядом лётчиков-освободителей. Чудо-Женщина знакомится со Стивом Тревором, агентом разведки, и вместе они узнают план о реактивных бомбардировщиках, летящих на Америку.

Флэш предупреждает военно-морской флот США об авиаугрозе. Объединенные силы героев и простых людей сокрушают заводы и армаду фашистов, самолёт Вандала Дикого терпит крушение в Атлантике. Однако по возвращении Лиги в своё время, немецкое командование принимает решение вернуть Гитлера из криогена — это предполагает, что далее война с Германией продолжилась в её естественном русле. Позже Диана навещает Стива в доме престарелых, и он сразу узнаёт её.