En regardant des cassettes vidéo d'anciennes batailles, Raphael voit une personne mystérieuse qui les espionne. Un seigneur de guerre extraterrestre nommé Dregg envoie ses TechnoGansters pour voler tout l'or de la Terre. Les Tortues les trouvent en train d'attaquer le bâtiment de la Réserve fédérale et sont dépassées, jusqu'à ce qu'une personne mystérieuse arrive. De retour à la Tanière, Donatello annonce que le mutagène est instable et qu'il aura des effets inconnus sur elles. Ils trouvent alors la personne mystérieuse dans les égouts et il se révèle être Carter, qui est à la recherche de Splinter. Pendant ce temps, au Copcor Building, April assiste à l'inauguration des nouveaux robots chargés de faire respecter la loi : les Intimidators.

Hi-tech dirige un groupe de technogangsters sur un cambriolage dans un laboratoire gouvernemental. L'objet de leur quête ? Un accélérateur de protons, mais les Tortues et Carter les attendent. Les Tortues sont en colère contre Carter car, une fois de plus, il n'a pas joué le jeu de l'équipe. Carter est furieux de leurs critiques et s'en va sur sa moto. De retour au repaire, tandis que Leonardo ne parvient pas à localiser le Dreggnaught avec leur équipement de repérage, Donatello continue de s'inquiéter des résultats de ses tests sur le mutagène instable. À l'improviste, April les contacte pour les informer que Dregg a atterri sur Terre et qu'il prépare une conférence de presse. Les Tortues se précipitent pour rejoindre April au parc, où elles entendent Dregg annoncer ses intentions amicales et offrir au monde son convertisseur moléculaire, un appareil qui réduira la pollution à zéro.

Dregg engage un chasseur de primes extraterrestre nommé Medusa pour aider à capturer les Tortues. Les Tortues doivent combattre cette nouvelle menace. Pendant ce temps, Carter se rend compte qu'il est plus une gêne qu'une aide. Pendant ce temps, une limace extraterrestre, appelée Slorr, éclot et commence à terroriser la ville.

À l'aide d'un émetteur hypnotique, Dregg perturbe toutes les chaînes de télévision de la ville avec un signal hypnotique, qui devient permanent après 20 minutes. Après que les Tortues aient détruit son émetteur, Dregg décide de reproduire le mutagène des Tortues afin de rendre son Gang Techno invincible.

Un nouvel ennemi apparaît sous la forme de Chronos, obsédé par le temps, qui a plongé la ville dans le chaos en raison du dysfonctionnement de toutes les horloges. Les Tortues, April O'Neil et Carter pourront-ils l'arrêter avant qu'il ne soit trop tard ?

Dregg prévoit de construire un bouclier stellaire, un dispositif qui, selon lui, protégera la Terre des envahisseurs extraterrestres hostiles. Pendant ce temps, les Tortues, avec l'aide d'April et de sa mini-caméra, espèrent démasquer Dregg pour l'imposture qu'il est. Les Turtles découvrent également que Dregg a construit une réplique androïde de Cater.

Un être interdimensionnel appelé Doomquest vient sur Terre pour essayer d'obtenir un puissant cristal de Lord Dregg. Les tortues découvrent que leurs mutations instables commencent à leur faire perdre leur intelligence lorsqu'elles se transforment en leurs nouvelles formes. Finalement, April parvient à révéler au monde entier les véritables intentions de Lord Dregg.