El TMNT recoge los informes de un robo, y los autores coinciden con las descripciones de Shredder, Krang, Bebop y Rocksteady. Krang le dice a Shredder que el sitio de la Feria Mundial de 1964 sería un escondite adecuado, el pabellón que muestra el Salón de la Ciencia aún puede contener equipos ideales para su uso en la toma del mundo. Al ver el robo, los TMNT siguen el rastro dejado por los villanos y llegan a la feria mundial justo cuando sus enemigos obtienen el control del Salón de la Ciencia, pero antes de que se acostumbren a él, son disparados por ¡El actual residente del Salón, Berzerko! Shredder logra escapar, pero las Tortugas capturan a Krang. Cuando Berzerko escucha la dimensión x el nombre del dictador mencionado, ordena a sus ciber drones que revivan a Krang de sus captores. Berzerko se revela como Drakus, creador del Technodrome. Después de haber sido traicionado por Krang, Drakus ahora tiene venganza en su mente. Y él tiene planes para el malvado cerebro.

Creyendo que Shredder y Krang se han apoderado del Salón de la Ciencia, ahora que Berserko está fuera de servicio, las Tortugas se dispusieron a investigar, solo para ser repelidas por Bebop y Rocksteady. April pudo capturar la batalla en cinta, pero teme que no convenza a Burne de la inocencia de las tortugas. Mientras tanto, Burne ha creado una línea directa para que las personas que llaman usen si ven a esas tortugas "" malvadas "" ... las responsables de la destrucción del edificio de noticias Channel Six. Dentro del Salón de la Ciencia, Shredder teme que las Tortugas eventualmente encuentren una forma de ingresar al edificio y deben detenerse ahora, a cualquier costo. Krang sugiere que Shredder no se preocupe por el equipo que dejó Berserko, ya que cree que podrá restablecer las comunicaciones con el Technodrome (que todavía está en la Dimensión X) y tenerlo a su disposición una vez más. Sin embargo, Shredder no está convencido y decide buscar un viejo amigo en las alcantarillas.

Después de derrotar a un misterioso grupo de ninjas en la Central Eléctrica Emeryville, las Tortugas decodifican parte de un mapa que pudieron liberar de los posibles ladrones. Desafortunadamente, las únicas palabras que pueden entender son: "" EMERYVILLE "" y "" GREEN POWER "". Mientras tanto, Vernon en Channel Six News continúa informando que son esas tortugas "miserables" las responsables de todos los crímenes ninja que ocurren en toda la ciudad. Las tortugas se apresuran a la acción. Pero antes de que puedan salir de las alcantarillas, son atacados por el coronel Wesley Knight de las Fuerzas Armadas de los EE. UU. Y su grupo de élite de soldados, una unidad especial creada para cazar al TMNT. Sin embargo, las Tortugas escapan, demostrando ser más de lo que el Coronel Knight había esperado.

¡Los TMNT reciben a los ladrones enmascarados que secuestran una joyería, solo para ser arrestados por el crimen! Antes de que las tortugas puedan ser reservadas, son rescatadas por dos mutantes: AMOK y OVERDRIVE. El robo de joyas no es el único crimen del que se culpa a las tortugas. La gente se ha desvanecido en toda la ciudad, provocando más enojo en la máquina verde. Sin embargo, esto no impide que las tortugas hagan lo que mejor saben hacer, y cuando se enteran de un robo en el museo histórico, corren para evitar que se lleven los bienes. Pueden hacerlo, pero en la batalla aseguradora, Michangelo se cae del techo del museo. Otro mutante lo rescata: RAPTOR Finalmente, se revela la identidad de los nuevos mutantes, Raptor, Amok y Overdrive forman parte de un escuadrón de mercenarios mutantes de alta tecnología llamado H.A.V.O.C, y quieren que la máquina verde se una a su organización.

Mientras inspecciona la Base militar donde se aloja el TRANSFORMADOR DE FLUJO, sabiendo que puede deformar el tiempo y el espacio, las Tortugas reflexionan sobre lo que Titanus querría con él. De repente, notan una variedad de personal militar que lo carga en un camión y sale de la base. Las tortugas necesitan saber hacia dónde se dirige para evitar que Titanus le ponga las manos encima, por lo que April elige seguirlo, mientras que las tortugas optan por librar a las calles del H.A.V.O.C. mutantes Eso es hasta que KRAKUS, un policía del futuro, llega y piensa que las Tortugas están ligadas con Titanus, las sacude para obtener información. Mientras tanto, April continúa rastreando el Flux Transformer mientras se descarga del camión militar en un tren, y luego en el "" medio de la nada "", se eleva por aire en un helicóptero.

Mientras investigan el robo de un telescopio raro, el Astro-Viewer, las Tortugas descubren extrañas huellas que se alejan del Centro Nacional de Exploración Espacial. Mientras tanto, en el Salón de la Ciencia, después de instalar el Astro-Viewer en un vano intento de crear un portal dimensional, Krang descubre un StarFighter alienígena que vuela muy cerca de la Tierra. Es capaz de entrar en su transmisión y descubre que recientemente han derrotado a sus enemigos y ahora tienen posesión de la Estrella de Fuego, lo que los convertirá en los maestros indiscutibles del universo. Krang está entusiasmado con esta información. Hasta ahora, siempre había pensado que el Firestar era solo una leyenda. Parece que la Firestar contiene el poder de mil soles. Krang cree que es su destino gobernar el cosmos, no solo esas criaturas. Krang derriba al alienígena StarFighter con sus láseres.

A pesar de la interferencia de las tortugas, Shredder, Bebop y Rocksteady instalan con éxito un transmisor de energía dentro de la estación de relé de potencia y escapan ilesos. De vuelta en la guarida, las Tortugas discuten sobre de quién es la culpa de que Shredder y compañía se hayan escapado nuevamente. Splinter sugiere que pasen menos tiempo tratando de obtener Shredder y más tiempo haciendo cosas buenas, lo que confunde a las tortugas. Mientras tanto, en el Salón de la Ciencia, Krang activa su nuevo portal dimensional, gracias a la instalación de Shredder del Transmisor de Energía en la Estación de Retransmisión de Energía, dándole acceso a la Dimensión X. Después de que el equipo de Donatello registra un aumento de energía que emana del Salón de la Ciencia , se dispusieron a investigar, solo para encontrar el lugar vacío y el Portal Dimensional encendido.