Черепахи узнают как сильно ослаб Сплинтер, он пострадал во время битвы с Шреддером.

Черепахи смотря тв-шоу узнают, что телеведущий изображает своих героев, как угрозу для общества. Черепахи воздерживаются публично очистить своё имя, чтобы победить Крэнга и его новое роботизированное оружие.

Ирма случайно становится гигантской, и её естественно неуклюжий характер делает её опасной для города. Черепахи и Эйприл О'Нил скрывают её и ищут лечение.

Гангстеры cметают весь антиквариат в городе. И когда они украли большую часть наших героев, Донателло и Эйприл выясняют причину. Может во всем виноват Шреддер?

Черепахи взлетают, когда Шредер изобретает устройство изменяющее гравитацию. Вскоре она распространяется на поверхности и влияет на весь Нью-Йорк.

Шреддер и Сплинтер меняются телами, когда устройство случайно активируется во время битвы между черепахами и их врагами. Шреддер планирует обмануть черепах и покончить с ними. Черепашки и Сплинтер пытаются заманить Шреддера, чтобы Сплинтер вернул своё тело.

В середине летней жары, кто-то разрушает все кондиционеры и захватывает все фреоны города. В то же время, Вернон и Берн ищут черепах, но находят что-то еще.

Мальчик по имени Зак изо всех сил старается помочь черепахам, но с некоторыми не так оптимальными результатами. В конце концов, он показал себя очень полезным для команды черепах.

Загадочный человек обитает в канализации, имеет возможность держать крыс под своим контролем. Может ли Сплинтер сопротивляться его силе, или он уничтожит черепах под воздействием крысиного короля?

Живой динозавр блуждает по городу и исчезает внезапно, черепахи следуют за ним, следы ведут в большое отверстие, где они обнаруживают шокирующие откровение: Земля, где бродят динозавры. Между тем Шреддер, Бибоп и Рокстеди здесь же пытаются собрать кристалл, необходимый для зарядки Технодрома Крэнгом. Черепахи обнаруживают, что кристалл это жизненная сила для всех динозавров, они должны получить его обратно, прежде чем все они будут уничтожены.

Император Алистер из Малакурии прибывает в США с образцом Малакуриан 19, Крэнг понимает что это способ подачи питания на Технодром, который имеет постоянные нарушения энергоснабжения. Чтобы отпраздновать отношения между Малакурией и США, император принимает бал-маскарад в Нью-Йорке, но его дочь Мэллори пробирается за ночь в город. Эйприл принимают за принцессу Мэллори, на маскараде также появляется Шреддер, Бибоп и Рокстеди, которые планирует похитить принцессу Мэллори, чтобы получить Малакуриан 19.

Робот воин, известный как мобильный бронированный компьютеризированный боец, перемешается от 400 лет из будущего в 20-е века в Нью-Йорк. Он дружит с черепахами, но Шреддер и Крэнг ищут его, чтобы переманить на свою сторону, при помощи перепрограммирования.

Шреддер получает во владение древний меч ниндзя, который создан из металла космического происхождения, что позволяет проходить сквозь измерения.

Крэнг и Шреддер придумали план, чтобы избавиться от черепах из канализации, город затоплен водой из океана.

Обеспокоенный тем, что Шреддер скоро выиграет, Леонардо сомневаясь в своём руководстве, принимает решение уйти на некоторое время. Между тем, Крэнг и Шреддер забирают солнечную энергию от солнца для двойной цели питания Технодрома и для создания на Земле ледникового периода. Без Леонардо, три других черепахи попытаются сорвать Шреддеру планы, принимая решения по очереди как лидеры, но каждый понимает, что они должны преодолеть свои собственные недостатки, такие как: Рафаэль не может принять решение, Микеланджело становится все более серьезным, а Донателло необходимо все анализировать даже самые очевидные факты.

Шишка на голове Леонардо, заставляет его думать, что он находится в семнадцатом веке во Франции, а его товарищи мушкетеры.

Шреддер перепрограммирует новый суперкомпьютер для сбора городского мусора, чтобы собрать черепах. Но когда Шреддер не устанавливает определение черепах ниндзя, суперкомпьютер собирает черепах всех видов! Черепахи из города любой формы и размера не являются безопасными для Шреддера.

Шреддер считает, что он Микеланджело после компьютерного сбоя.

Инопланетяне похитили Донателло и Рокстеди.

Визит на землю пришельца с фотокамерой приводит к хаосу. Шреддер и Эйприл попадают во внутрь камеры иностранца, потому что она делает больше, чем просто снимки.

Шреддер и Крэнг изобретают любовный напиток, который заставляет Леонардо, Рафаэля и Микеланджело влюбится в Ирму, а Рокстеди в Эйприл. Донателло создает антидот.

Бакстер Стокман возвращается, чтобы отомстить черепашкам и Шреддеру. В это время наши герои пытаются остановить план Шреддера, выкачать воду из подземного резервуара.

Нетерпеливый паренек вызывает переполох в городе, в то время как Шреддер и Крэнг берут под контроль все машины в городе. Может быть, этот новый "герой" может помочь черепашкам.

При аварии поездов, смешиваются два компонента из разных поездов и получается мутаген, из лужи с мутагеном пьют два быка. В результате получается мутагеновый монстр.

Корпорация «Чернила осьминога» похищают работников других корпораций. Кейси Джонс помогает черепахам раскрыть, кто стоит за новой волной корпоративной преступности.

Michaelangelo gets a job as a pizza delivery boy. But who's his new boss?

Shredder orders Rocksteady and Bebop to place the mesmerizer atop the Channel Six News Building Tower.

Krang hires a female Ninja, Lotus, to replace Shredder. Lotus has agreed to help Krang locate the Turtles in exchange for 100 pounds of gold.

Krang and Shredder have been defeated once too often by the Turtles. Shredder takes Rocksteady and Bebop up to the Earth's surface and to the Asian-American Cultural Center where the burial urn of an ancient noble warrior and founder of the Foot Clan, Shibana-Sama, is on display.

While Raphael is reliving the past, via the Turtles' photo album, their frog friends in the Florida Swamps are being terrorized by a mutant alligator known as Leatherhead.

Today is Michaelangelo's birthday and the other turtles plan a surprise party.

Thanks to a run-in with General Traag from Dimension X, the Turtles discover that Krang is experimenting with his dimensional portal again.

April's Aunt Agatha, a detective, visits her at Channel Six News and asks to meet the Turtles. Meanwhile, Michelangelo and Leonardo encounter two crooks, Bruce and Rodney, who are stealing kimonos from all over town.

In an effort to rid himself of the Turtles, Shredder with the help of Rocksteady and Bebop kidnap Obento, caretaker of the Far East Animal Society then blackmail Usagi Yojimbo into destroying the Turtles.

While the Turtles are suffering from turtle pox, a disease that affects only mutant Turtles, Krang has developed a robotic turtle that he calls Metalhead.

Leatherhead has come to the city searching for the Turtles. While crawling through the sewers he encounters the Rat King who charges him with trespassing.

Rocksteady and Bebop, on Shredder's orders, kidnap Irma. As soon as April discovers Irma has been abducted, she contacts the Turtles.

Zach and his brother Walt visit the Turtles. As they leave, Walt takes a map that could guide Shredder to the lair if it happens to fall into the wrong hands.

Shredder tries to trick the Turtles into eating cookies made with anti-mutagen. Michelangelo, wanting to be a human, tries one of the cookies and it mutates him into a teenager.

An affectionate, cuddly creature from another world shows up on Earth, with the ability to move objects by mental power. It turns out to be an escaped pet of the Neutrinos.

While searching for a device to transform crude oil into liquid hydrogen, Krang accidentally brings Mr. Ogg from Dimension Z to earth.

The Turtles are frustrated that they let Shredder slip away from them again. They feel like giving up, and wish they had never been born.

A team of archaeologists stumble upon a temple of unknown origin buried near the Turtles' lair. Before they can investigate further, they are frightened off by Baxter Fly, who explores the temple himself.

In a last ditch attempt to gain power for the Technodrome, Krang Sends Rocksteady and Bebop to steal a newly created set of energy modules from a hi-tech science lab located at Fort Charles.

Now successfully re-energized, The Technodrome begins moving towards the surface. Krang sends for a miniaturizer from Dimension X. With it he can shrink anyone and anything that stands in his path.

The Technodrome suddenly surfaces. The Turtles barely get out of its way in time before Shredder begins firing lasers