Alors que les tortues sont au cinéma, Shredder interrompt une conférence de presse afin de s'emparer d'un nouveau médi-laser. Il s'agit du seul appareil qui permet de ramener le Technodrome sur Terre...

Les tortues participent à une émission télévisée pour convaincre les humains de leurs bonnes intentions. Pendant ce temps, Krang vole un robot et du Solarbenite dans un entrepôt militaire...

Tandis que les tortues préparent l'anniversaire d'Irma, Shredder extrait un isotope d'Exaboron d'une météorite qui s'est écrasée sur Terre. Krang utilise cette substance pour élaborer un rayon Eélargisseur...

Shredder donne des armes laser ultra-modernes au gangster Tony Vivaldi, dit «le Boucher», et à ses acolytes. Shredder veut que le Boucher trouve la statue du Hamster maltais à son image, dans laquelle est cachée la formule du fuel ultime pour le Technodrome...

Krang a inventé un appareil modificateur de gravité qui fait planer tous les gens de la ville, y compris les tortues...

Deux imposantes électrodes ont un effet étonnant sur les vieux ennemis. L'esprit de Splinter se retrouve dans le corps de Shredder, et inversement...

Burne est en quête d'un bon reportage. Il souhaite prouver à April qu'il est capable de trouver des scoops, après l'avoir accusée de ne pas être compétente...

Lors d'un alignement de la Terre, de la Lune et des étoiles, Shredder vole des Cristaux de Capsidium. Krang espère qu'en focalisant la lumière générée par cette rencontre sur les cristaux, un courant d'énergie soulèvera le Technodrome des entrailles de la Terre...

April écrit un article sur les problèmes que posent les rats en ville. Le roi des rats se venge et la kidnappe. Splinter et les tortues tentent de la libérer...

Les tortues voyagent au centre de la Terre et découvrent un monde préhistorique, perdu et intact. Cet habitat souterrain est toujours vivant grâce à un objet en cristal qui rayonne comme un soleil...

L'empereur Aleister et sa fille, la princesse Mallory, viennent du royaume de Malacuria, où se trouve un vaste dépôt de lydium 90, la plus puissante source d'énergie du monde. Krang ordonne à Shredder de kidnapper Mallory, qui se trouve être le sosie d'April...

Dans un laboratoire militaire expérimental où se déroule la démonstration d'un super laser, la foule est surprise par l'arrivée de MACC, un robot de l'année 2399. Celui-ci, qui a visionné trop de westerns, s'exprime comme un cow-boy...

Krang détecte l'existence d'un métal étrange qui pourrait l'aider à conquérir la Terre. Or ce métal se trouve sur une épée ninja que les tortues ont acheté à Splinter...

Krang tente de liquider les tortues en propulsant de l'eau dans l'écorce de la Terre, grâce à une puissante pompe à eau. La pompe assèche rapidement l'océan.

Leonardo ne supporte plus le stress lié à sa position de leader et quitte la bande. Pendant ce temps, Krang et Shredder utilisent leur siphon solaire afin de détourner l'énergie du soleil...

Après avoir reçu un coup sur la tête, Leonardo devient confus. Il se prend pour d'Artagnan et s'imagine que les autres Tortues sont les trois mousquetaires...

L'ordinateur DUMP 1000 du nouveau système ultra-moderne de traitements d'ordures, est programmé par Shredder pour capturer les tortues...

A l'aide du synthétiseur holographique, Shredder crée un sosie de Michelangelo. Il le programme dans le but d'envahir le territoire des vraies tortues...

Donatello et Rocksteady sont atteints par des ondes et se retrouvent dans un vaisseau spatial. A l'intérieur, ils font la connaissance de Nikto, un petit extra-terrestre qui voyage avec ses parents...

Le Polarisoid, un touriste extra-terrestre en visite sur Terre, sème la panique avec son appareil photo qui avale tout ce qu'il prend en photo...

Dans le but de voler l'énergie nucléaire d'un sous-marin, Krang crée un philtre d'amour qui engendre le mal d'amour chez toutes les tortues de la bande, sauf Donatello...

La Mouche, alias Baxter Stockman, revient avec un plan diabolique dans le but d'exterminer tous ceux qu'il juge responsables de sa transformation...

Casey Jones a décidé de faire sa propre loi en ville, mais les tortues sont accusées de ses méfaits...

A l'aide d'un appareil hypnotique, Shredder transforme tous les P-DG de la ville en zombies. En fait, le plan vise à extraire le Technodrome du centre de la Terre...

Afin de repérer, puis détruire le camp des tortues, Shredder ouvre une pizzeria. Lorsque les tortues commandent une pizza, Shredder y cache un détecteur déguisé en anchois...

Krang met au point des sosies cybernétiques de Rocksteady, à la différence près que ceux-ci sont largement plus forts que l'original...

Afin de remplacer Shredder, Krang engage Lotus, une ninja mercenaire qui n'est intéressée que par l'argent qu'elle peut en retirer...

Shredder tente d'obtenir de l'aide du spectre de Shibano-Sama, un grand guerrier qui a vécu il y a plusieurs centaines d'années, afin d'anéantir les tortues...

Les quatre tortues se rendent dans le sud des marais, afin de venir en aide à leurs amis les grenouilles et Napoléon Bonafrog, qui ont des ennuis...

C'est l'anniversaire de Michelangelo, mais ses amis font comme si de rien n'était. Vexé, ce dernier quitte la troupe...

Le téléporteur de Shredder crée de l'interférence et gêne la réception transdimensionnelle de Donatello. C'est ainsi que Usagi Yojimbo, un lapin samouraï du 14e siècle, apparaît dans l'écran des tortues...

Agatha Marbles, tante d'April et célèbre détective, aide les tortues dans leur poursuite de Don Turtelli, le voleur de kimonos...

Shredder fomente un plan machiavélique pour obliger Usagi le lapin à détruire les tortues...

Krang crée Metalhead, un robot sosie des tortues, programmé pour les détruire...

Tête de Cuir, l'alligator cajun, descend dans les égouts à la poursuite des tortues, et tombe face au roi des rats. Ce dernier a récemment volé un camion citerne rempli de poison, qu'il a l'intention de changer en gaz hypnotique...

Shredder capture Irma et crée un robot à son effigie qu'il programme pour détruire les Tortues. Ce robot sème bientôt la panique en ville et les Tortues doivent parvenir à le neutraliser...

Le gangster Don Turtelli et son cousin magicien, le Magnifique Boldini, volent la célèbre émeraude Tortellini...

Les tortues montrent leur album à Zach, la «cinquième tortue», et à son frère Walt...

Michelangelo mange un cookie, piégé à l'anti-mutagen par Shredder. Il se transforme rapidement en un être humain qui ne pense qu'à faire la fête...

Les Neutrinos sont de retour sur Terre, à la recherche du Grybyx, l'animal favori de Kala, une petite créature qui peut se transformer en monstre à volonté...

Krang réalise que le Technodrome n'a presque plus d'azote liquide, sa principale source d'énergie. Il existe une formule en dimension Z, qui permet de transformer du pétrole en azote liquide...

Shredder, un démon vêtu de noir et maître en arts martiaux, fait régner la terreur sur la ville. Seule une bande de quatre joyeuses tortues a le courage de l'affronter.

Afin de se venger d'avoir été transformé en mouche, Baxter livre un cristal de Borellium à Krang et Shredder pour leur Technodrome, qui peine à se propulser...

Le Technodrome risque de perdre toute sa puissante. Shredder tente par tous les moyens de remédier à cette situation dramatique pour son propre avenir...

Grâce aux cellules de fuel des missiles, Krang et Shredder font démarrer le Technodrome et l'amènent au centre de la Terre, dans l'espoir de conquérir la planète...

Envoyée en reportage, April O'Neil est menacée par Rocksteady. Secourue par Donatello, Raphaël, Michelangelo et Leonardo, les jeunes tortues ninja, elles les suit dans leur demeure souterraine...