Черепашки-ниндзя отправили каменных солдат и Нейтринов в Измерение Икс, а вместе с ними Кренга и Шреддера. Но Шреддер предпринял попытку вернуться на Землю и отомстить черепашкам. Но теперь им руководит Кренг...

Продолжение серии Невероятное превращение черепашек в лилипутов. Используя первый осколок "Глаза Сарната" Шреддер превращает безобидную амебу в жуткое растение-мутанта. Черепашкам снова приходится спасать человечество.

Продолжение серии Нападение растений. Теперь в руках у Шреддера уже 2 фрагмента инопланетного кристалла. Подсоединив новый обломок к компьютеру, злодей обращает против них всю электронику в городе...

История с глазом Сарната дошла до кульминации. После нескольких месяцев упорных поисков, Шреддеру удается-таки собрать все осколки "Глаза Сарната". Теперь злодей способен усилием мысли превращать любой предмет во что угодно. Это значит, что он уничтожит Черепашек-ниндзя. Черепашкам придётся лезть из кожи вон, чтобы остановить Шреддера и забрать Глаз Сарната.

Шреддер узнал, что черепашки страстно любят пиццу. Он положил в пиццу яйца жутких монстров из Измерения Икс. Вот только пиццы попадали не к черепашкам, а к обычным людям...

Эйприл получила от Шреддера редкий цветок Одукку, аромат которого способен вызвать глубокую кому и даже смерть. Пока Черепашки пытаются найти противоядие смертоносному растению, Бакстер Стокман попадает в Измерение Икс, где, в результате несчастного случая, превращается в муху-мутанта.

Шреддер который раз повторяет попытку с мутагеном! Теперь для уничтожения черепашек он создал четырёх огромных лягушек-панков. Но встретившись с черепашками, они изменили свой образ жизни!

Донателло осчастливил Сплинтера: с помощью остатков мутагена он делает Сплинтера человеком! Однако с человеческой внешностью Хомато Йоши (Сплинтеру) не долго жить! Ведь Шреддер всё ещё в деле!

Проникнув в компьютерную сеть полицейского управления Нью-Йорка, Шреддер подчиняет себе роботов-полицейских нового поколения. Чтобы остановить их, Черепашки вынуждены объединиться с "РЕКСом-1" - единственным роботом, не подвергшимся козням Шреддера.

Из Измерения Икс возвращаются Нейтрины, которые остановили Кренга, — Даск, Зак и Калла. Теперь они пытаются спасти черепашек.

Экранизация комикса Боба Кейна: после несчастного случая Эйприл мутировала в женщину-кошку. Шреддер решает воспользоваться этим против Сплинтера, зная, чего боятся крысы...

Устав от бесконечных провалов Шреддера, Кренг решает вернуться на Землю, и не один, а с Технодромом и прочими злыми воинами. Черепашкам придётся сделать всё, чтобы вернуть Технодром в Измерение Икс!