Unter einem falschen Vorwand trainiert Shredder einige Ninjas. Sein Plan: die Ninjas sollen – in Turtleskostümen – Verbrechen begehen, und so die wahren Turtles in Verruf bringen. Doch das lassen die Turtles natürlich nicht zu...

Die Turtles helfen Sanos, einem Außerirdischen. Er erzählt ihnen, dass drei Teile eines Kristalls dem Finder große Macht verleihen wird. Dumm nur, dass Shredder die Turtles belauscht und selbst nach dem Kristall sucht...

Die Turtles im Kampf gegen eine außerirdische Pflanze, die immer weiter wächst. Da hat Michelangelo einen Plan, wie man die Pflanze vernichten kann. Inzwischen wird April O’Neil von Shredder gefangengehalten...

Shredder gelingt es durch den Supercomputer OMNUS, dass alle Maschinen ferngesteuert werden. Diese Stärke nutzt der „Schrottfresser“ auch gleich dazu, die Turtles in Bedrängnis zu bringen. Doch die Turtles wären nicht kampferprobt, wenn sie sich nicht dagegen zur Wehr setzen könnten...

Shredder gelingt es, die Augen von Sanos an seinem Helm zu befestigen. Damit hat er alle Macht die er braucht, um das Portal zur Dimension X zu öffnen. Doch bevor es dazu kommt, können die Turtles herausfinden, welches Metall nicht von den mächtigen Augen des Sanos angegriffen werden kann...

Shredder bringt Werbezettel für Pizzen unter die Leute. Klar, dass auch die Turtles davon erfahren. Doch die auf der Tombola verlosten Pizzen haben es in sich...

Hätte April bloß vorher gewusst, was es mit der Pflanze auf sich hat, bevor sie daran schnupperte. Kurze Zeit später fällt sie in Ohmacht. Nur eine andere kostbare Pflanze kann ihr Leben retten. Doch diese Pflanze ist im Besitz von Shredder. Die Turtles kämpfen um Aprils Leben...

Krang schickt ein Mutationsgen aus der Dimension X zu Shredder. Leider landet es in Florida. Shredder macht sich sofort auf in den Sumpf, findet aber nur mutierte Frösche vor. Kurzerhand überredet er sie, gegen die Turtles zu kämpfen...

Splinter hat die Chance, wieder zu einem normalen Menschen zu werden. Doch nach einem Spaziergang im Park beginnt die Kraft des Serums nachzulassen. Shredder beschäftigt sich mit einem neuen Weg, dass Technodrom aus der Dimension X zu holen...

Shredder gibt nicht auf. Er erschafft eine Roboterarmee, die die Stadt New York angreifen und die Turtles vernichten soll. In einem Vergnügungspark kommt es zum entscheidenden Kampf...

Die Turtles bekommen Besuch aus der Dimension X: die fliegenden Teenager. Diese warnen die vier Schildkröten vor einem neuen, finsteren Plan von Shredder. Gemeinsam mit April können sie den Plan vereiteln...

April sucht nach Informationen und landet im Geheimversteck von Shredder. Durch einen dummen Zufall wird sie in der Teleportationsmaschine mit einer Katze gekreuzt. Shredder verlangt von ihr, Splinter aufzuspüren und zu vernichten. Ob die Turtles diesen finsteren Plan noch rechtzeitig verhindern können?