Korytnačky sa dozvedajú o Technodrome a snaží sa ho nájsť. Splinter nájde Technodrom a nakoniec ho Shredder unesie. Keď Korytnačky nájdu Technodrom, Shredder povie korytnačkám, kto je zodpovedný za ich zmutovanie.

Vedec menom Baxter Stockman vytvoril robota určeného pre lov potkanov, zvaného Mouser. Shredder ho vo veľkom produkuje a programuje ho na lov najväčšieho potkana v New Yorku - Splintera. Shredder chce, aby bol Baxter mŕtvy, pretože toho vie príliš veľa. Michaelangelo sa dozvie o Krangovi.

Korytnačky preberajú to, čo zostalo z vybavenia Baxtera Stockmana, aby im pomohli sledovať Shreddera a Technodroma a vytvoriť korytnačku Van. Shredder otvára portál pre dimenziu X v nádeji, že získa nové zbrane. Namiesto toho prechádza The Nutrinos - tri dospievajúce hot-rodders a dvaja z Krangových militantných bojovníkov Stone, General Traag a jeden vojak.

Shredder vytvorí retro-mutagénnu zbraň, ktorá dokáže vrátiť akúkoľvek mutáciu a vyberie sa na korytnačky. Keď sa Donatello pokúša vytvoriť zdroj paliva pre vozidlo, ktoré tu The Nutrinos zanechali, Splinter a Turtle nakoniec dorazia na Technodrom práve včas, aby objavili Kranga v jeho novom tele.