Казак Алеха Кречет отправляется на чужбину, чтобы исполнить обещание, данное погибшему в схватке с нагайцами отцу. Ему надо добраться до Елеонской горы и поклониться мощам Богоматери. Добравшись до границ Дикого поля, молодой казак прибивается к торговому каравану, следующему в Стамбул. В пути он спасает от смерти хозяина каравана, на который нападают башибузуки. Тем временем в Стамбуле европейские посланники «нашептывают» османам мысль о походе на Русь. Чтобы избежать войны, Годунов отправляет в Порту посла Данилу Исленьева с грамотой для султана Мехмеда. Визирь султана, Хасан, будучи в сговоре с англичанами, заинтересованными в войне, дает поручение похитить дочь Исленьева…

Узнав о похищении Анны, Годунов понимает, что в его окружении завелся османский лазутчик. Тем временем английский посланник лорд Трэвел продолжает подбивать визиря Хасана на войну с Россией. Спасая Алеху от мести башибузуков, полковой мулла Байзид делает его янычаром Али. Алеха удручен – казак не хочет быть рабом турецкого султана и не намерен предавать свою веру! Однако Байзид объясняет непокорному русскому, что другого способа остаться в живых у него нет… Янычара Али определяют в конвой, сопровождающий карету армянской невесты султана Лилит. Прибыв в Стамбул, Исленьев пытается добиться личной встречи с султаном: он еще не знает о похищении дочери. Анну на шхуне везут в Порту. После неудачной попытки побега, девушку доставляют в Трапезунд…

Караван с армянской княжной прибывает в Трапезунд. Лилит помещают вместе с Анной. Получив известие о прибытии дочери Исленьева в Порту, визирь Хасан направляет за ней отряд. Узнав об этом, визирь султана Мурад, давно конкурирующий с Хасаном и желающий помешать его планам, направляет в Трапезунд своего военачальника Реджепа-пашу. Алеха рад знакомству с русской девушкой Анной: они оба пленники и оба не хотят с этим мириться. Янычар Арслан украдкой смотрит на армянскую княжну — молодых людей объединяет общая родина, которой их насильно лишили. Люди Хасана требуют выдать им Анну. Полковой мулла Байзид, отвечающий за безопасность невест султана, приказывает янычарам готовиться к схватке… Тем временем Исленьев в Стамбуле встречается с сирийским монахом Климентием, поддерживающим связь с Годуновым.

Визирь Хасан, узнав, что Анну доставили не к нему, а в гарем, подбивает к бунту дервишей. Алеха-Али случайно узнает, что цель бунта — выкрасть русскую наложницу. Визирь Мурад предлагает Али стать его «глазами и ушами» в гвардии султана. Али соглашается, потому что только так он может прокрасться в гарем и увидеть Анну. Али и Арслана определяют в охрану дворца султана Топкапы. Полковой мулла Байзид, проникшись уважением к крепкому духом русскому янычару, добивается для него покровительства матери султана. Служка Никодим сообщает монаху Климентию, что среди вновь привезенных рабов находится пленник из Московии. Климентий, понимая, что русский пленник Серафим – посланник Годунова, пытается освободить его. Племянник Хасана Гафур-паша подсказывает дяде, каким образом можно шантажировать русского посла…

Алеха-Али спасает сирийского монаха после неудавшегося побега рабов. Климентий открывает казаку свою миссию – он пытается предотвратить войну России и Порты. Алеха готов помогать ему. Тем временем в Москву прибывает посол Турции, выступающий на стороне Хасана и англичан. Он сообщает русскому царю о том, что Порта готовится к войне против русских. Годунов очень надеется на переговоры Исленьева и султана Мехмеда. Любимая наложница султана Зульфия хочет разыграть «пешку-Али» в своих целях, но русский янычар несговорчив. Гафур-паша требует у Исленьева грамоту царя взамен на освобождение дочери. Исленьев оказывается перед непростым выбором. На Али поступает тайный донос с обвинением в организации бунта дервишей. Али уводят в камеру, ему предстоит суд…

Наемники Гафура-паши убивают Исленьева. Алеха, оказавшись на месте преступления, прячет тело посла в подземном монастыре: нет тела — нет послания русского царя — нет повода для войны. Константинопольский Патриарх под давлением Годунова соглашается признать Московский патриархат.

Анну переводят в Мраморные покои. Годунов разоблачает предателя, доносившего османам. Турецкий посол с подачи Хасана сообщает султану о том, что русские готовятся к войне. Лорд Трэвел поручает своему секретарю доставить на корабль ларец с документами. Сафие-султан требует, чтобы султан женился: Мехмед выбирает русскую наложницу.

Анна получает тайное послание от своего отца. Узнав от Лилит о назначенной «Исленьевым» встрече, Алеха понимает, что это ловушка. Он сообщает Реджепу-паше о том, что невесте султана угрожает опасность, и тот решает устроить засаду на псевдопосланника.

Алеха пробирается в гарем и просит Зульфию вывести Анну из Топкапы. Тем временем в Москве зреет заговор против Годунова, однако царь Федор Иоаннович отказывается в него верить. Годунов понимает, что действия заговорщиков могут привести к неизбежному противостоянию с Великой Портой.

В Москве неспокойно. Султану Мехмеду докладывают о неизлечимой болезни русского царя. Гафур-паша, поддерживая связи дяди с англичанами, пытается убедить султана в том, что столкновение с русскими в данных условиях станет победоносным. Но Мехмед не торопится с решением.

Реджеп-паша и Гафур-паша обыскивают затерянный монастырь, в котором укрывались Алеха и Анна, но не находят беглецов. Федор Иоаннович умирает. Московский Патриарх передает Годунову грамоту, написанную царем перед своей кончиной. Годунов показывает ее боярам и занимает трон.