Malgré l’interdiction d’utiliser le satellite laser, le commandement en fait usage pour achever l’ennemi. Toutefois, un reste d’Adam persiste encore. Charge à 2B et 9S de l’achever une bonne fois pour toutes.

Une attaque massive des formes de vie mécaniques touche la base de la Résistance. 2B rejoint Lily et ses camarades pour les soutenir sur le front. Toutefois, les moyens pour lutter sont limités, le commandement n’étant pas très coopératif.

À peine 9S sauvé qu’une nouvelle mission attend 2B : éliminer Adam. Lorsqu’elle se rend aux coordonnées fournies par sa hiérarchie, elle fera face à des machines aux coutumes nouvelles et particulières.

9S est bloqué dans un espace de données qu’il n’explique pas. Très vite, il sera confronté à un ennemi redoutable, Adam, dont l’objectif est déjà défini. 2B ne tardera pas à partir à la recherche de son camarade.

2B et 9S rapportent à Contrôle leur récente confrontation avec A2, androïde considéré comme dangereux. Les deux unités sont chargées de la retrouver. 9S ne peut s’empêcher de vouloir connaître la raison de la désertion d’A2.

2B et 9S tombent sur Pascal et une autre machine. Cette dernière est perturbée, car sa sœur a disparu. Bien malgré 9S, les deux androïdes accompagnent Pascal pour retrouver la machine disparue dans la forêt.

2B, 9S et Lily sont en mission. La jeune résistante est troublée par des souvenirs de son passé. Elle en fera part à 2B, puisqu’elle avait justement rencontré un androïde du même type que cette dernière.

2B et 9S sont envoyés dans un village de machines, à la demande de la Résistance. Les deux androïdes seront surpris de voir une communauté de formes de vie mécaniques aussi avancée et non hostile. Ils échangeront ainsi avec un certain Pascal…

De retour au camp, 2B et 9S font leur rapport concernant leur précédent combat face à des robots bien avancés. Une nouvelle mission les attend : retrouver une unité YoRHa qui a disparu en laissant un message énigmatique.

2B et 9S rejoignent, avec Lily et son groupe, le camp de la Résistance. Ils y retrouvent Psycho, toujours prête à en savoir plus sur les machines. C’est à trois qu’ils se rendront dans le désert pour mener l’enquête confiée aux androïdes.

Le conflit fait rage sur Terre, entre les formes de vie mécaniques, qui évoluent, et les humains, aidés des androïdes. La Résistance, toujours sur le front, commence à se demander si la guerre prendra un jour fin.

Depuis l’invasion extraterrestre, l’humanité s’est réfugiée sur la Lune. 2B, une androïde parmi tant d’autres au service de l’humanité, est envoyée sur Terre. Sa mission : abattre le Goliath et récolter des informations.