Das Warehouse-Team hat mit dem Verlust von Steve Jinks (Aaron Ashmore), Mrs. Frederic und H. G. Wells zu kämpfen und sieht sich mit dem zerstörten Warehouse konfrontiert. In dieser verzweifelten Situation müssen sich Myka (Joanne Kelly), Artie (Saul Rubinek), Leena (Genelle Williams) und Claudia (Allison Scagliotti) entscheiden, ob sie bewusst ein gefährliches Artefakt für ihren eigenen Nutzen verwenden und damit womöglich tödliche Konsequenzen riskieren. (Text: Sky)

Pete (Eddie McClintock) und Myka (Joanne Kelly) werden nach Philadelphia geschickt um ein Artefakt zu finden, das seltsame Halluzinationen hervorruft: Die Betroffenen sehen Monster und attackieren in ihrem Wahn unschuldige Menschen. Artie (Saul Rubinek) sucht währenddessen nach mehr Informationen über das Unheil, das er entfesselt hat. Claudia (Allison Scagliotti) fordert das Schicksal heraus, als sie versucht Steve (Aaron Ashmore) zurückzubringen. (Text: Sky)

Pete (Eddie McClintock) und Myka (Joanne Kelly) brauchen die Hilfe des restlichen Teams, als sie sich auf die Jagd nach den vielen Artefakten aus Walter Sykes’ Arsenal begeben. Sie finden alles, wonach sie suchen, aber innerhalb des Teams kommt es zu Komplikationen. Steve (Aaron Ashmore) entdeckt eine merkwürdige Nebenwirkung des Metronoms: Jeden Schmerz, den er empfinden müsste, fühlt stattdessen Claudia (Allison Scagliotti). (Text: Sky)

Pete (Eddie McClintock) und Claudia (Allison Scagliotti) helfen einem alten Freund: Hugo Millers (Rene Auberjonois) Neffe und einige seiner Schulfreunde stehen unter dem Einfluss von Murmeln, die bei der Lösung von Aufgaben helfen, den Nutzer aber auch gewalttätig machen. Myka (Joanne Kelly) und Steve (Aaron Ashmore) untersuchen zudem den Fall eines Musikers, der mit Hilfe eines Artefakts den Schmerz anderer Menschen auf sich nimmt. Dadurch lässt er sich zu wunderbaren Melodien inspirieren, kommt dem Tod aber immer näher. (Text: Sky)

Pete (Eddie McClintock) und Myka (Joanne Kelly) versuchen herauszufinden, was hinter den scheinbar übermenschlichen Kräften eines Eishockeyspielers steckt. Sie finden heraus, dass sich eine verliebte Anhängerin mit Hilfe von Erkennungsmarken aus dem Zweiten Weltkrieg die Verletzungen des Sportlers wegwünscht. Aber die Marken erfüllen auch andere Träume: Pete hofft insgeheim eine Familie mit Myka zu gründen und prompt ist sie im neunten Monat schwanger. Artie (Saul Rubinek) und Steve (Aaron Ashmore) versuchen zu verhindern, dass weitere Artefakte aus dem Warehouse verschwinden. (Text: Sky)

Artie (Saul Rubinek) macht sich auf den Weg zu seinem monatlichen Date mit Dr. Vanessa (Lindsay Wagner). Kaum ist er weg, bemerken Pete (Eddie McClintock) und Myka (Joanne Kelly), dass Alice Lidell (Stephanie Barrett) aus Lewis Carrolls Spiegel fliehen konnte. Der sollte sich im Dark Vault befinden, tauchte aber plötzlich in Iowa auf. Dort ging er zu Bruch und die befreite Alice nahm Besitz von einem Mädchen. Mit Hilfe einer Scherbe spiegelt sie sich nun von Körper zu Körper und erreicht schließlich das Restaurant, in dem Artie und Dr. Vanessa gerade ihr Date haben… (Text: Sky)

Pete (Eddie McClintock) und Myka (Joanne Kelly) untersuchen plötzliche Wachstumsschübe, die bei mehreren Personen auftreten. Nachforschungen ergeben, dass die Betroffenen alle an der Testreihe eines großen Pharmaunternehmens teilnehmen. Myka und Pete müssen die Tests stoppen, bevor sie Menschenleben kosten. Steve (Aaron Ashmore) und Claudia (Allison Scagliotti) decken einen Teil von Arties Geheimnissen auf und helfen ihm bei der Suche nach seinem Bruder Adrian (Brent Spiner). Sie finden ihn in einem verlassenen Haus, wo er eine tödliche Falle vorbereitet hat… (Text: Sky)

Pete (Eddie McClintock) und Myka (Joanne Kelly) sollen herausfinden, warum einige Arbeiter einer Fabrik in West Virginia ‚rosten‘. Die Antwort steckt in der Brust eines Betroffenen, dem Ex-Marine Cody (Pooch Hall). Steve (Aaron Ashmore) und Claudia (Allison Scagliotti) begeben sich derweil auf eine Reise in Steves Vergangenheit, um ihn von dem Metronom zu befreien. Unterdessen wollen Leena (Genelle Williams), Mrs. Frederic (C.C.H. Pounder) und H.G. Wells (Jaime Murray) von Artie (Saul Rubinek) die Wahrheit über Bruder Adrian wissen. (Text: Sky)

Adrian (Brent Spiner) scheint seine Drohung wahrzumachen, denn die Liebsten von Claudia (Allison Scagliotti), Pete (Eddie McClintock) und Myka (Joanne Kelly) werden von gefährlichen Artefakten bedroht: Petes Ex-Freundin (Jeri Ryan) verbrennt innerlich, nachdem eine wandernde Tätowierung auf ihrem Rücken auftaucht. Pete hilft ihr und befindet sich daraufhin selbst in Lebensgefahr. Steve (Aaron Ashmore) und Mrs. Frederic (C.C.H. Pounder) finden während ihrer Recherchen im Vatikan heraus, dass Bruder Adrian (Brent Spiner) gar nicht hinter den Angriffen auf das Warehouse stecken kann… (Text: Sky)

Steve (Aaron Ashmore) und Mrs. Frederic (C.C.H. Pounder) suchen im Vatikan gemeinsam mit Bruder Adrian (Brent Spiner) nach einem Weg um Artie (Saul Rubinek) zu heilen. Denn die Benutzung des Astrolabs hat zu einer Persönlichkeitsspaltung geführt, die das Gute in Artie immer weiter verdrängt. Der böse Artie will unterdessen mit Hilfe eines speziellen Dolchs den Behälter einer chinesischen Orchidee aufbrechen. Einmal entfesselt, würde die Blume die Menschheit mit dem tödlichen Schweißfieber infizieren. Das Team begibt sich daraufhin auf die Suche, um Dolch und Orchidee vor Artie aufzuspüren. (Text: Sky)

Das Warehouse-Team befindet sich in seiner bisher größten Krise: Nachdem Claudia Artie mit einem historischen Fundstück niedergestochen hat, liegt dieser im Koma. Claudia und Jinks hoffen mit Hilfe eines magischen Artefaktes, das das Eindringen ins Unterbewusstsein eines Menschen erlaubt, Artie zu retten. Unterdessen versuchen Mrs. Frederic, Pete und Myka die Weltbevölkerung vor einer mittelalterlichen Seuche zu retten. (Text: Sky)

Artie wird zwar des Mordes an Leena freigesprochen, doch sein schlechtes Gewissen plagt ihn trotzdem. Um die sorgengeplagte Claudia abzulenken, nimmt Pete sie mit nach Oregon, wo ein Mann bei lebendigem Leibe vergraben wurde. (Text: Sky)

Während Pete und Myka versuchen mit Hilfe eines Artefaktes Energiebälle zu absorbieren, werden sie in das Manuskript eines Krimiromans gezogen. Schnell stellen die beiden fest, dass sie die Geschichte bis zum Ende durchspielen müssen, um wieder nach Hause zu gelangen. (Text: Sky)

Myka und Pete lösen einen Mord in Las Vegas, bei dem Menschen buchstäblich vom Himmel fallen. Artie trifft unterdessen die neue Besitzerin des Bed & Breakfasts Abigal Chow. Sie soll ihm bei der emotionalen Verarbeitung des Mordes an Leena helfen und ihn aus seinem Loch holen. (Text: Sky)

H.G. Wells bittet Pete und Myka um Hilfe. Sie sollen ein besonders mysteriöses Artefakt untersuchen. Währenddessen versuchen Artie, Abigail, Claudia und Steve herauszufinden, wodurch die anhaltenden Erdstöße im Lagerhaus ausgelöst werden. Der Schlüssel zur Lösung des Problems ist Claudia, da das Gebäude sie braucht und ihr das durch Lichtblitzen mitzuteilen versucht. (Text: Sky)

Pete, Myka und Steve untersuchen einen Gefängnisausbruch, bei dem die Mauer der Strafanstalt scheinbar mit Lava durchschmolzen wurde. Bei ihren Ermittlungen trifft Steve auf seinen Ex Liam, der in dem Fall als U.S. Marshall tätig ist. Unterdessen erleiden Arties Überraschung Party-Pläne für Claudias Geburtstag einen herben Rückschlag, als er anfängt dröhnende Musik in seinem Kopf zu hören. (Text: Sky)

Während die beiden einen Auftrag im Warehouse erledigen, gesteht Steve Abigail, dass er ein mulmiges Bauchgefühl hat. Pete und Myka haben es unterdessen mit einem Artefakt zu tun, dass in einem spießigen Vorort für Unruhe sorgt. Artie und Claudia suchen nach einem Jungen namens Nick, der über außergewöhnliche mathematische Fähigkeiten verfügt. (Text: Sky)

Myka versucht Pete von ihrer Krebserkrankung zu erzählen und Artie begibt sich auf die Suche seines Lebens. Er will die von einem Piraten geklauten Artefakte finden. Dabei trifft er zusammen mit Pete nicht nur auf Charlotte, die ebenfalls hinter dem Schatz her ist, sondern auch auf eine Rauchgestalt, die den Schatz des Piraten bewacht. Im Warehouse freundet sich Claudia unterdessen mit Nick an, der sie hintergeht und damit in Lebensgefahr bringt. (Text: Sky)

Claudia (Allison Scagliotti) ist immer noch eine Bronzestatue und fängt langsam an auseinander zu bröckeln. Unterdessen beginnt der verrückte Erfinder des Philosopher’s Stone, Paracelsus (Anthony Stewart Head), seinen Racheplan an seiner Familie und dem Warehouse -Team in die Tat umzusetzen. (Text: Sky)

Paracelsus (Anthony Stewart Head) nutzt die persönlichen Probleme des Warehouse-Teams gegen sie. Er erklärt Pete (Eddie McClintock), dass nur er Mykas (Joanne Kelly) Krebserkrankung heilen kann und erlangt so die Kontrolle über das Warehouse. Gelingt es dem Team ihr zu Hause wieder zurück zu gewinnen? (Text: Sky)