L'équipe doit faire face à la destruction de l'entrepôt et à la mort tragique de trois de leurs amis : Steve Jinks, madame Frédéric et HG Wells. Pete, Myka, Artie, Leena et Claudia doivent décider s'ils vont utiliser un artefact dangereux et risquer la mort pour rétablir la situation...

Pete et Myka enquêtent à Philadelphie au sujet d'hallucinations de groupe : les personnes touchées croient voir un monstre

Une horrible créature a été aperçue dans un bar de Philadelphie. En réalité, une personne se fait passer à tabac. Dans le même temps, Adrian et Artie tentent de retrouver l'astrobale de Magellan tandis que Pete et Myka partent à la recherche d'un artefact manquant : un tuyau qui permet de contrôler le temps...

Steve est sauvé par Claudia et réintègre l'équipe. Pete et Myka sont envoyés à Devils Lake afin de retrouver un artefact de Walter Sykes...

Alors que Claudia rencontre madame Frederic pour discuter de son avenir en tant que gardienne de l'Entrepôt, Artie et Steve enquêtent sur les vols qui y ont eu lieu. De leur côté, Pete et Myka partent à l'étranger pour en savoir plus sur un joueur de hockey qui guérit miraculeusement. Y'a-t-il un artefact derrière tout cela ?

Tandis que Steve cherche une solution pour se passer du métronome, et ainsi éviter de faire du mal à Claudia, Pete et Myka découvrent que le miroir de Lewis Caroll a été remis en circulation puis brisé - mais pas avant d'avoir causé la folie d'une jeune femme, possédée par la personnalité criminelle d'Alice. Les deux agents la retrouvent, mais se rendent compte qu'Alice a conservé un éclat du miroir, et pourrait s'être tranférée dans n'importe qui. Le même soir; Artie a un rendez-vous amoureux avec Vanessa, mais la soirée tourne court quand il est informé de la situation, et qu'il reconnait Alice dans la serveuse. Après de multiples changements d'identité, Alice est enfin maîtrisée. Suite à ces événements, Artie décide de rompre avec Vanessa pour la protéger, mais elle lui répond qu'elle l'attendra. Steve finit par avouer à Claudia le lien qui les unit. De retour à l'entrepôt, Artie se met en colère contre la confrérie, sans s'apercevoir que Leena a tout entendu.

Pete et Myka enquêtent sur certains habitants de Dalton, en Virginie-Occidentale, qui développent d'inquiétants symptômes, comme s'ils commençaient à rouiller. Après avoir éliminé plusieurs suspects, ils réalisent que le responsable involontaire de ces évènements est un métallurgiste et boxeur, ancien marine blessé par un engin explosif improvisé lors de son engagement en Irak. L'explosion a eu lieu au musée national de Bagdad, qui contenait un artefact issu de la Bataille des Thermopyles dont des fragments se seraient logés dans son corps. L'artefact, qui lui procure une force exceptionnelle, s'est activé quand il a sauvé son père d'un accident. Pendant ce temps, s'inspirant de l'histoire de Schumann qui aurait réussi à se débarasser de l'emprise du métronome, Claudia et Steve se rendent à la maison de ce dernier où il réussit à s'en libérer avec l'aide de sa mère. À l'entrepôt, Artie, Leena, H.G. et Mme Frédéric tentent de trouver un moyen de stopper Frère Adrian. À l'insu d'Artie, cette dernière confie l'astrolabe à H.G. pour qu'elle le dissimule.

Claudia découvre que des artefacts ont été envoyés par frère Adrian aux adresses de son frère, de la soeur de Myka et de l'ex-femme de Pete. Chacun se rend sur place pour corriger la situation. Le parchemin d'ambre de Pline l'Ancien a transformé Joshua en statue d'ambre, le cordon de soie de Mehmed II pousse Tracy à tenter d'assassiner Myka, et le tatouage d'Ignati Grinevitski transforme Amanda, puis Pete, en bombe vivante. Pendant ce temps, Steve et Mme Frédéric, en mission secrète au Vatican pour enquêter sur la confrérie, découvrent que Frère Adrian n'a jamais quitté l'Italie. Il s'avère qu'Artie a subi le contrecoup de l'utilisation de l'astrolabe, qui a déclenché chez lui une crise psychotique le poussant à imaginer les supposés actes nuisibles de frère Adrian, alors que lui-même les commettait. Au paroxysme de son délire, il finit par tuer Leena.

Pete sent que quelque chose se trame autour de l'Entrepôt et recherche Artie avec Myka. Ils découvrent alors le corps de Leena.

Alors qu'une maladie touche des centaines et bientôt des milliers de personnes dans le monde et qu'Artie est inconscient après avoir été attaqué par Claudia, Madame Frederic, Pete et Myka sont à la recherche d'un artefact qui pourrait ramener à la vie l'orchidée chinoise et arrêter l'épidémie mondiale...

Pete et Claudia enquêtent sur une série d'accidents tels que des séismes ou des glissements de terrain. Myka et Steve, eux, tentent d'aider Artie à s'habituer à l'absence de Leena...

Pete et Myka se retrouvent coincés dans un roman policier des années 40 à la recherche d'un artefact. Ils doivent mener l'enquête dans une époque dont ils ne maîtrisent pas tous les codes. Pendant ce temps, Artie, Steve et Claudia tentent de retrouver un voleur de voitures...

Pete et Myka se rendent à Las Vegas pour enquêter sur des meurtres qui ont eu lieu dans le monde de la magie. Claudia et Jinks recherchent un artefact utilisé pour truquer des courses hippiques, tandis qu'Artie recontre la nouvelle gérante de l'auberge...

H.G. Wells est de retour pour demander de l'aide à Pete et Myka concernant un artefact qui oblige les criminels à avouer leurs actes. Pendant ce temps, le reste de l'équipe doit faire face à des séismes au sein même de l'entrepôt. Ces mystérieuses secoussent menacent sérieusement le bâtiment...

Pete, Myka se rendent dans une prison après une évasion. Steve s'aperçoit que le policier en charge de l'enquête n'est autre que son ex petit-ami. Artie, quant à lui, est devenu sourd. Claudia tente de l'aider...

Pete et Myka s'infiltrent dans une banlieue afin d'enquêter sur une série de mystérieux incidents. Une fois sur place, ils découvrent rapidement que l'un des habitants est animé par un vif désir de vengeance. Pendant ce temps, Claudia et Artie ont une autre mission, celle d'aider un jeune scientifique...

Pete, Myka et Artie partent à la recherche d'artefacts volés par des pirates il y a de cela des siècles. Ils doivent faire équipe avec Charlotte Dupres...

Pete, Myka et Charlotte partent pour le Luxembourg, sur les traces de Paracelsus et Nick. Ces derniers ont volé un artefact dans le but de «débronzer» Claudia. Une fois sur place, l'équipe de l'entrepôt rencontre le mari de Charlotte, le comte de Saint-Germain...

L'équipe poursuit ses efforts pour capturer Paracelsus avant qu'il ne devienne immortel. De son côté, Steve apprend qu'Artie a caché des informations sur sa vie au reste de l'équipe...