La distruzione del magazzino ha conseguenze disastrose: il vaso di Pandora, che era contenuto al suo interno, sprigiona tutta la sua potenza portando il caos sulla Terra. Il team cerca di affrontarela perdita di Steve Jinks, Mrs. Frederic e H.G. Wells. La situazione è disperata e Pete e Myka, Artie e Claudia devono decidere se usare o meno un pericoloso manufatto per i loro scopi personali.

Pete e Myka indagano su un caso misterioso che ha a che fare con persone in preda alla rabbia che hanno delle allucinazioni.

A cache of Walter Skyes' stolen artifacts turn up and all six agents go into the field to recover them. Artie unexpectedly reveals his secret to Leena, while Steve begins to realize the downside of the metronome that brought him back to life.

Pete e Claudia stanno lavorando con Hugo per rintracciare un manufatto mortale che si trova nella scuola del nipote di quest'ultimo. Myka e Steve indagano su un manufatto che sta uccidendo un musicista a New Orleans.

Pete e Myka si occupano di un giocatore di hockey che sembra guarire miracolosamente dalle ferite riportate durante le partite. Claudia viene invitata a un pranzo misterioso con la Signora Frederic. Artie e Steve scoprono che qualcuno sta rubando i manufatti dal Magazzino.

La squadra di Warehouse 13 scopre che qualcuno ha rubato lo specchio di Lewis Carroll dal deposito. Di chi si tratterà? E chi potrebbe essere interessato a questo tipo di merce?

Myka e Pete stanno affrontando una potente compagnia che spaccia droga e che non sembra avere buone intenzione. Tra le sostanze che vende questa compagnia ci sarebbe anche una pillola che farebbe diventare più alte le persone. Nel frattempo Artie, Steve e Claudia riescono a scovare Fratello Adrian nel suo nascondiglio.

Pete e Myka si recano a Dalton, in Virginia per occuparsi del caso di un uomo che ha cominciato ad arrugginire. I due scoprono che la vittima, Cody Bell, ha dei frammenti di un manufatto incastrati nel petto sin da quando era un marine. Dopo aver salvato suo padre, lo shrapnel si è attivato. Steve viene finalmente liberato dal Metronomo. Artie, Leena, H.G. e Mrs Frederick lavorano fianco a fianco per fermare Fratello Adrian.

Adrian manda dei manufatti mortali alle famiglie e amici degli agenti del Warehouse 13. Mrs Frederic e Steve scoprono la verità sui trascorsi di Artie e Adrian (e della sua Fratellanza) grazie ad un viaggio in Vaticano.

La battaglia contro il potere terribile che ha consumato Artie Nielsen arriverà ad una conclusione devastante: scopriremo qual è il male che ha scatenato Artie usando l’astrolabio di Magellano e come Eddie, Myka, Claudia e Steve daranno la caccia al loro capo per evitare che scateni una minaccia ancora maggiore contro l’umanità.

Se Pete, Myka, Claudia e Steve non riusciranno a invertire il danno fatto da Artie, che ha infettato il mondo con il letale virus pandemico contenuto all’interno dell’Artefatto della orchidea blu. l'intero pianeta sarà vittima della piaga più virulenta sin dai tempi della peste nera. Purtroppo il team sta già manifestando i primi sintomi della malattia e il tempo è contro di loro.

Pete e Claudia sono diretti in Oregon per investigare su una serie di incidenti avvenuti durante alcuni eventi sismici, che hanno interessato il Parco Nazionale; nel frattempo, Artie avrebbe intenzione di ritornare al suo lavoro, ma sembra che il Warehouse non approvi la sua decisione ed ha in mente altri piani per lui.

Pete e Myka si ritroveranno catapultati in un romanzo noir ambientato negli anni quaranta e mentre cercano di seguirne la trama , dovranno svolgere la loro missione, ovvero riuscire a recuperare un prezioso artefatto. Nel frattempo, nel mondo reale, Artie, Steve e Claudia saranno impegnati a dare la caccia ad un misterioso ladro di auto fantasma.

Pete e Myka si dirigeranno a Las Vegas, dove dovranno investigare su una serie di omicidi che sono legati al mondo dell’illusionismo. Nel frattempo, Claudia e Jinks saranno impegnati nella ricerca di un artefatto che viene utilizzato per truccare le corse dei cavalli, mentre Artie conosce la nuova proprietaria del, Abigail Cho.

L’affascinante Helena G. Wells ritorna sulla scena per aiutare Pete e Myka, che sono impegnati nel recupero di un artefatto che sta estorcendo ad una serie di criminale delle confessioni più o meno veritiere; intanto il resto della squadra si dovrà occupare di una serie di strani terremoti che stanno avvenendo all’interno del Warehouse.

Due detenuti riescono ad evadere dallo prigione di stato di Ark, grazie ad un evento vulcanico che favorirà la loro fuga. Nel tentativo di rintracciare i due pericolosi evasi, Pete, Myka e Steve si ritroveranno a collaborare con un ufficiale dell’esercito americano, che scopriremo essere l’ex ragazzo di Steve. Nel frattempo, Artie è colpito dalla sordità e Claudia fa del suo meglio per aiutarlo.

Pete e Myka saranno impegnati in un’indagine in un piccolo centro residenziale che si trova in periferia, dopo che uno degli abitanti del luogo mostra dei chiari sintomi di influenza da parte di un misterioso e versatile artefatto; intanto, Artie e Claudia dovranno aiutare un adolescente che soffre di visioni pericolose mentre Steve e Abigail dovranno ripulire il Warehouse.

Claudia e Steve vengono messi in allarme quando un intruso penetra nel Warehouse e rimangono sconvolti quando scoprono che si tratta di Paracelsus, che è ancora in vita. Nel frattempo, Pete, Myka e Artie vanno a caccia di alcuni artefatti che erano stati rubati secoli fa dai pirati e per ritrovarli si coalizzeranno con la misteriosa Charlotte DuPrix, ma quest’alleanza metterà tutti in pericolo.

la squadra del Warehouse dovrà affrontare le terribili conseguenze della visita di Paracelsus al Warehouse, che ha trasformato Claudia in una statua di bronzo ed ha rubato l’unico oggetto che possa riportare la ragazza alla normalità. Oltre a dare la caccia a Paracelsus, gli agenti del Warehouse dovranno gestire le conseguenze della trasformazione di Claudia, che sembrano influenzare sia il Warehouse che la signora Frederick.