Preživjela ekipa pokušava shvatiti užasnu realnost uništenja Skladišta 13 i skupiti snage da nastavi dalje, bilo s nekim novim Skladištem ili na ostacima staroga.

Pete i Myka odlaze u Philadelphiju po artefakt koji izaziva čudne halucinacije, ljudi se boje čudovišta i napadaju i ubijaju nevine. Artie traži podatke o zlu koje je oslobodio, a Claudia iskušava sudbinu pokušavajući oživiti Stevea uz neočekivanu pomoć.

Pete i Myka trebaju pomoć ostatka ekipe dok su u potrazi za ostatkom artefakata iz Sykesova arsenala. Steve otkriva nuspojavu metronoma: sve što njemu nanosi bol osjeća i Claudia. Artie, pod utjecajem palica za golf Bobbyja Joensa slučajno spomene da je on spasio svijet, ali da nitko to neće znati, što zabrinjava Leenu jer takav bijes još nije vidjela kod njega.

Pete i Claudia udružuju se s Hugom, genijalcem s kojim su surađivali već nekoliko puta. Sad su u potrazi za artefaktima koji utječu na Hugova nećaka i njegove prijatelje u školi. Myka i Steve istražuju slučaj artefakta koji polako ubija džez glazbenika. Steve otkriva Myki učinak metronoma na Claudiju.

Pete i Myka istražuju slučaj hokejaša koji se čudesno i trenutačno oporavlja od teških ozljeda u igri. Gđa Frederic poziva Claudiju na ručak. Artie i Steve otkrivaju da netko krade artefakte izravno iz Skladišta. Gđa Frederic odlazi u posjet svom postarijem unuku u starački dom.

Netko je ponovno ukrao zrcalo Lewisa Carrolla iz Skladišta i omogućio psihotičnoj Alice Lidell da ponovno pobjegne. Ekipa je traži prije nego što osvetoljubiva Alice ubije nekoga među njima. Artie i dr. Vanessa su zajedno izašli, ali romantična se večer prekida kad Artie saznaje za Alicein bijeg. Claudia saznaje za nusefekt njezine upotrebe metronoma da oživi Stevea.

Steve i Claudia otkrivaju djelomično istinu o Artieju i pomažu mu da nađe brata Adriana u napuštenoj kući koja je, otkrivaju, smrtonosna zamka. Moćni direktori farmaceutske tvrtke stvorili su pilule pomoću kojih ljudi rastu. Myka i Pete ih moraju spriječiti u toj nakani prije nego što se ljudi protegnu do pucanja tijela. Tvrtka slučajno saznaje za postojanje Skladišta pa direktor tvrtke radi pritisak na senatora, a to onda izaziva reakciju regenata. Vraća se H. G. Wells, otkriva Artiejevu istinu, suočava se s njim i kaže mu da je obavijestila gđu Frederic.

Pete i Myka odlaze u Zapadnu Virginiju da istraže slučaj čovjeka koji je počeo hrđati. Claudia i Steve odlaze u posjet Steveovoj majci koja ga napokon oslobađa utjecaja metronoma. Artie, Leena, H. G. i gđa Frederic zajedno istražuju kako bi se riješili brata Adriana.

Da bi Artieja prisilio da obrne učinak astrolaba, brat Adrian šalje smrtonosne artefakte Mykinoj trudnoj sestri, Peteovoj bivšoj ženi i Claudijinu bratu. Dok se agenti žure u pomoć svojim voljenima, gđa Frederic i Steve odlaze u Vatikan gdje otkrivaju nevjerojatnu istinu o Artieju i Adrianu, posljedica čega je pogibija jednog člana ekipe Skladišta.

Rascijepljene ličnosti nakon što je upotrijebio astrolab, Artie smišlja plan puštanja smrtonosnog virusa koji bi mogao pobiti pola čovječanstva. Jedini lijek je kineska orhideja. Steve i Claudia odlaze u Berlin u potragu za njom, a Pete i Myka su u Pragu gdje traže bodež kojim Artie želi pustiti u svijet virus. Sad se cijela ekipa bori protiv Artieja, ali ne uspijevaju i on oslobađa virus.

Artie je u komi iz koje ne želi izaći jer bi se morao suočiti s Leeninom smrti. Jane Lattimer uz pomoć sata Sigmunda Freuda povezuje Claudiju i Stevea s Artiejevom podsvijesti. Gđa Frederic, Myka i Pete traže artefakt koji će oživiti kinesku orhideju, jedini lijek protiv smrtonosnog virusa. Najvažnija osoba u tom procesu je grof iz 16. stoljeća i profesor s Columbije koji ga sada utjelovljuje.

Regenti opraštaju Ariteju i daju mu Leeninu videoizjavu. Pete i Claudia putuju u nacionalni park u kojem je dobro odjeveni biznismen nađen pokopan vertikalno u šumi. U Skladištu Myka i Steve drže Artieja na oku dok on pokušava svladati popis Leeninih zadataka uključujući i spremanje novih artefakata.

U djelomično crno-bijeloj epizodi Pete i Myka su zatočeni u nedovršenom detektivskom romanu iz 1940., i tu nalaze više nego što su se nadali. Steve, Claudia i Artie traže lopova koji krade klasične modele automobila iz zaključanih prostora.

Artie upoznaje psihoterapeutkinju koja mu pomaže da se izvuče iz depresije zbog Leene. Myka i Pete odlaze u Las Vegas u kojemu s neba padaju trupla i uvučeni su u svađu dva mađioničara. Claudia i Steve odlaze u London istražiti slučaj konja koji svoje džokeje bacaju u komu. Artie upoznaje Charlotte Dupres koja ima svoje planove.

Pete i Myka ponovno se susreću s H. G. Wells kad ih ona moli za pomoć u traženju artefakta kakav ni ona još nije vidjela. Artie, Abigail, Claudia i Steve pokušavaju otkriti uzrok potresima unutar Skladišta.

Pete i Myka odlaze u zatvor iz kojega su nedavno pobjegli robijaši kad je vanjski zid bio probijen tekućom lavom. Steve otkriva da je savezni šerif koji istražuje taj slučaj njegov bivši prijatelj. Artiejev plan da pripremi najbolju proslavu rođendana za Claudijin 21. rođendan propada kad on ogluši.

Kad stanovnici otmjene ograđene zajednice počinju obolijevati od tajanstvenog svestranog artefakta, Myka i Pete istražuju. Artie i Claudia istražuju postojanje mogućeg artefakta nakon što 15-godišnji beskućnik dobiva napadaje u kojima postaje matematički genij nakon čega slijede napadaji koji su opasni po život. Steve i Abigail pokušavaju popraviti vodovodne instalacije u Skladištu, a Myka prima porazne vijesti tijekom redovnog sistematskog pregleda.

Artie, Myka i Pete odlaze u Buffalo u potragu za izgubljenim artefaktima. Pridružuje im se Charlotte Dupres. Claudia pomaže Nicku da se privikne na normalan život, ali nije sve tako jednostavno. Steve je pretrpan papiroloigijom i sumnja na Nicka koji, čini se, laže o svemu. Claudia i Steve napokon otkrivaju razlog čudnog Nickovog ponašanja, ali tek kad mu Claudia slučajno pomogne u odbrončavanju zlog alkemičara i pritom pobronča sebe. Myka se bori da Peteu prizna istinu o svojoj bolesti.

Ekipa traži zlog alkemičara koji je pobrončao Claudiju i ukrao artefakt koji može preokrenuti proces. Dragocjeno vrijeme prolazi i očito utječe na gđu Frederic i Skladište.