Nachdem Myka (Joanne Kelly) dem Warehouse-Team den Rücken gekehrt hat, wird Pete (Eddie McClintock) ein neuer Partner zur Seite gestellt: Steve Jinks (Aaron Ashmore) kommt vom ATF, eine dem US-Justizministerium unterstellte Bundesbehörde zur Bekämpfung von Alkohol-, Tabak- und Waffenschmuggel. Der Neue hat die besondere Gabe zu erkennen, wenn jemand lügt. Während Pete mit seinem neuen Kollegen nach Denver abkommandiert wird, bekommt es der Rest des Teams im Warehouse mit einem tödlichen Paar Statuen zu tun. (Text: Sky)

Wieder vereint folgen Pete (Eddie McClintock) und Myka (Joanne Kelly) der Spur eines Artefaktes, dass Alzheimer auslöst. Die Menschen, die damit in Kontakt kommen, fangen plötzlich an sich zurück zu entwickeln: vom Erwachsenen zum Jugendlichen und dann zum Kind, bis sie alles aus ihrem Leben vergessen haben – und schließlich vergessen, wie man atmet. Claudia (Allison Scagliotti) bekommt derweilen ihren ersten, eigenen Fall zugewiesen: Gemeinsam mit Steve (Aaron Ashmore) soll sie ein besonderes Messer finden und aus dem Verkehr ziehen. (Text: Sky)

Artie (Saul Rubineck) und Claudia (Allison Scagliotti) treffen Vanessa Calder und Hugo Miller, um einen Computervirus zu erforschen, der den Menschen befällt. Derweil wachen Pete (Eddie McClintock) und Myka (Joanne Bering) gemeinsam in einem Bett auf – beide sind nackt. Was ist zwischen den beiden passiert? Viel Zeit bleibt nicht, dieser Frage nachzugehen, denn Steve (Aaron Ashmore) ist verschollen. (Text: Sky)

Petes (Eddie McClintock) Ex-Frau Amanda (Jery Ryan) taucht unvermittelt auf. Sie will neu heiraten und fordert den Ring ihrer Großmutter zurück. Doch sie hat ein gefährliches Artefakt aus dem Warehouse 2 im Gepäck: eine ägyptische Statue von Königin Hatschepsut. Jeder der diese berührt wird zu ihrem Sklaven. Claudia (Allison Scagliotti) und Steve (Aaron Ashmore) besuchen ein riesiges Schauspiel zum Sezessionskrieg. Dort suchen sie den Flachmann von General Grant, bevor einer der Schauspieler davon trinkt. Doch nahezu jeder auf dem Feld hat eine Flasche in der Hand. (Text: Sky)

Das Horn von Jericho, ein Artefakt aus dem 19. Jahrhundert, sorgt für zahlreiche Verwüstungen und könnte mit seinen zerstörerischen Kräften ganz Pittsburgh zerstören. Um die Stadt zu retten, müssen Pete (Eddie McClintock) und Myka (Joanne Kelly) mit der Holo-Repräsentation von Helen (Jaime Murray) zusammen arbeiten, die schon einmal die Kraft des Artefakts bändigen konnte. (Text: Sky)

Fargo (Neil Grayston), ein Einwohner Eurekas, ist in der virtuellen Realität eines Videospiels gefangen. Um ihn zu befreien, müssen Claudia (Allison Scagliotti) und Pete (Eddie McClintock) das Game spielen. Artie (Saul Rubinek) und Steve (Aaron Ashmore) untersuchen einen seltsamen Zwischenfall in einer Kunstgalerie. Dort entdecken sie ein seltenes Artefakt: ein verlorenes Meisterwerk von Van Gogh. (Text: Sky)

Myka (Joanne Kelly) begegnet in einer Menschenmenge dem Mörder ihres alten Kollegen. Sie folgt ihm, doch er kann entkommen. Auch als sie ihn ein zweites Mal aufspürt, gelingt ihm die Flucht. Anscheinend ist er im Besitz eines Artefakts, mit dem sich die Zeit einfrieren lässt. (Text: Sky)

Einige der ‚Regents‘ vom Warehouse verschwinden spurlos. Anscheinend steckt die Doppelagentin Sally (Ashley Williams) dahinter. Ihr Ziel ist ein Hochhaus in Atlanta, das sich jedoch als tödliche Falle entpuppt. Während Sally die Flucht gelingt, werden Artie (Saul Rubinek) und Myka (Joanne Kelly) dort eingeschlossen. Pete (Eddie McClintock) kann einen von Sallys Komplizen stellen, doch dieser tötet sich selbst. (Text: Sky)

Nachdem Petes (Eddie McClintock) Mutter Jane (Kate Mulgrew) aufgetaucht ist, erfährt er mehr über die Umstände ihres Verschwindens. Sie hat sich vor Jahren von ihrer Familie losgesagt. Was Pete nicht wusste: Auch sie arbeitet für das Warehouse. Claudia (Allison Scagliotti) und Myka (Joanne Kelly) sind auf dem Weg nach Portland, um einen seltsamen Vorfall zu untersuchen, bei dem ein Mann nach einem Lichtblitz förmlich verdampft ist. (Text: Sky)

Zombie-Kannibalen fallen über eine Kleinstadt her. Pete (Eddie McClintock) vermutet, dass ein Artefakt dahinter steckt und versucht mehr über die Epidemie zu erfahren. Dabei wird er von einem der Zombies gebissen, doch das scheint zunächst keine Auswirkungen zu haben. Claudia (Allison Scagliotti) wird derweil von einem Rockstar zum Probespielen eingeladen. Außerdem versucht sie nach wie vor verzweifelt Steve (Aaron Ashmore) zu erreichen. (Text: Sky)

Winzige, sich selbst fortpflanzende Roboterspione, so genannte Naniten, haben das Warehouse befallen. Anscheinend steckt Walter Sykes (Anthony Michael Hall) dahinter, der versucht ein bestimmtes Artefakt in seine Hände zu bekommen. Pete (Eddie McClintock) und Myka (Joanne Kelly) stoßen in einer High School auf eine Frau, die genau wie Helen (Jaime Murray) aussieht, doch sie nennt sich Emily Lake. (Text: Sky)

Pete (Eddie McClintock) und Myka (Joanne Kelly) reisen nach Hong Kong, um Sykes (Anthony Michael Hall) zu stoppen. Dort erwartet sie ein tödliches Schachspiel gegen einen Computer, bei dem sie keinen falschen Zug machen dürfen. Als es Myka gelingt, den Schachcomputer zu schlagen, öffnet sich ein Portal zum Warehouse. Sykes kann dabei die Kontrolle über Pete gewinnen und geht mit ihm durch das Portal, das er anschließend hinter sich verschließt, so dass keiner mehr hindurch kann. (Text: Sky)

Mitten in der Weihnachtszeit findet sich Pete (Eddie McClintock) in einem Albtraum wieder, als er im Warehouse aus Versehen die Kraft eines Artefakts auslöst. Er landet in einer Parallel-Welt, in der ihn niemand zu kennen scheint. Myka (Joanne Kelly) behauptet, nie für das Warehouse gearbeitet zu haben. Claudia (Allison Scagliotti) ist in der Psychiatrie und Arti (Saul Rubinek) im Gefängnis. Um in seine eigene Welt zurückzukommen, muss er ins Warehouse einbrechen und das Artefakt finden, das ihn in die Parallel-Welt gebracht hat. (Text: Sky)