Pete cerca di abituarsi ad un nuovo partner mentre indaga una serie di bizzarre morti a Denver. Le ultime parole delle vittime conducono gli agenti ad un vecchio amico. Intanto Artie e Claudia cercano di fermare una tempesta di fulmini nel Magazzino.

Pete e Myka cercando di trovare un artefatto capace di far perdere la testa alle sue vittime... letteralmente. Intanto Steve e Claudia vanno a Boston per trovare il coltello di Typhod Mary, che può trasferire malattie e ferite da una persona all'altra.

Artie e Claudia si uniscono con la dottoressa Vanessa Calder ed Hugo Miller per occuparsi di un artefatto che ha creato un virus per computer che trasforma le persone in argilla. Intant Pete e Myka si risvegliano nel Magazzino, nudi e senza memoria della notte passata insieme, così cercando di ripercorrere i loro passi e scoprire cosa è accaduto a Steve.

L'ex moglie di Pete, Amanda, gli fa una visita per dirgli che si sta per risposare e inavvertitamente tocca un manufatto che trasforma tutti quelli intorno a lei in schiavi fedeli.

Pete e Myka sono costretti a lavorare fianco a fianco con Helena per avere notizie di un manufatto in cui lei si è imbattuta nella Londra del secolo scorso.

Gli agenti e Claudia lavorano con Douglas Fargo per liberare dei giocatori intrappolati in una realtà virtuale.

Pete aiuta Myka a catturare un pericoloso killer, l'uomo che ha ucciso il suo precedente partner. Nel frattempo Artie, Claudia e Steve interrogano un cane che è un testimone prezioso.

Un'organizzazione misteriosa lancia un attacco sui Reggenti delle Warehouse, intrappolandoli in un grattacielo. Myka e Artie cercano di salvarli mentre Pete e Claudia scoprono il manufatto responsabile.

Artie manda Myka e Claudia a Portland per indagare sulla scomparsa di una persona colpita da un raggio luminoso partendo da una giovane, Megan Reese. Jinks è stato allontanato dal magazzino dalla signora Frederic dopo il suo comportamento nell’interrogatorio di Stukowski mentre Pete cerca di riprendersi dalla notizia che sua madre è una reggente.

Artie manda Pete e Myka ad indagare su un caso di aggressione da parte di un uomo ai danni di due fidanzatini appartatisi in un bosco. Claudia ottiene due giorni di riposo ma presto viene richiamata al magazzino per l’identificazione di un potenziale artefatto che può trasformare le persone in affamati cannibali.

Sykes rivela il suo piano di vendetta sui Reggenti e riesce a mettere le mani sul Braccialetto di Collodi, un piano che costerà a uno degli agenti la sua vita.

Pete e Myka sono alla ricerca di una Warehouse segreta e dimenticata mentre i piani di Sykes si avvicinano sempre di più alla loro terribile conclusione.