Na kraju druge sezone Myka odlazi iz Skladišta i Pete se sada pokušava prilagoditi novom partneru, bivšem agentu ATF-a, Stevenu Jinksu (A. Ashmore) dok zajedno istražuju seriju ubojstava u kojima su žrtve ubijene kao glavni likovi Shakespeareovih tragedija. Pritom stanu na put ljubomornoj agentici FBI-a Sally Stukowski, pa će u lovu na artefakte protiv sebe imati i FBI.

Pete i Myka traže artefakt zbog kojega ljudi doslovno polude. Steve i Claudia su u Bostonu gdje traže nož Tifusarke Mary, koji prenosi bolesti i ozljede s jednog čovjeka na drugog. Iako je Claudia u početku nepovjerljiva prema Steveu, otkriva njegovu sućutnu stranu i osobu koja bi joj mogla postati prijatelj.

Artie i Claudia udružuju se s dr. Vanessom Calder i Hugom Millerom kako bi pronašli artefakt koji pomoću kompjutorskog virusa pretvara ljude u glinu. Pete i Myka bude se goli u krevetu, ali ne sjećaju se da su zajedno proveli noć. Pokušavaju otkriti što se dogodilo Steveu.

Peteova bivša žena Amanda dolazi u posjet kako bi Peteu rekla da se ponovno udaje i slučajno aktivira artefakt koji svakoga koga dotakne pretvara u njezina roba. Claudia i Steve se pokušavaju ubaciti u uprizorenje Građanskog rata kako bi pronašli čuturu generala Granta.

Pete i Myka opet se moraju udružiti s Helenom kako bi pronašli Jošuinu trubu koju agenti Skladišta traže još od 19. stoljeća i ta pustolovina zbog Helene stvara dodatnu napetost između Petea koji Heleni ne vjeruje i Myke koja je uvijek na njezinoj strani.

Pete, Myka i Claudia zajednički pokušavaju osloboditi Douglasa Farga iz virtualnog svijeta igrice koju je on osmislio prema pravom Skladištu 13 i u kojem su virtualni igrači pravi agenti Skladišta. Steve i Artie u međuvremenu nastoje ukrasti Van Goghovu sliku koja je za sobom ostavljala krvavi trag. Pritom nalete na agenticu FBI-a Sally Stukowski i s njom se nadmudruju ne znajući da je ona smislila đavolski plan koji uključuje sliku i Skladište i da sve to radi za svog tajanstvenog poslodavca koji nema veze s FBI-em.

Pete pomaže Myki da uhvate opasnog zločinca koji je ubio Mykina bivšeg partnera. Claudia i Steve vraćaju se kući s opasnim artefaktom kad ih pogodi strelica i oni padaju u nesvijest. Bude se, artefakt je nestao, a čudni pas im liže lica. Zovu Artieja i on im kaže da dovedu psa kojega treba ispitati kao svjedoka u krađi artefakta.

Tajanstvena organizacija napada regente Skladišta i hvata ih u smrtonosnu stupicu u neboderu. Dok ih Myka i Artie pokušavaju izbaviti odande i odvesti u sigurnost, Pete i Claudia traže artefakt koji je sve to omogućio.

Dok Claudia i Myka istražuju slučaj žene koja može u prah pretvoriti svakoga tko je naljuti, Pete je okupiran sam sobom... Zapravo svojom majkom koja mu je cijeli život krila podatak da je regentica i od koje sada traži objašnjenja...

Dok se Myka i Pete bore s pošasti zombija u Ithaci, još žešće kad i agenti pokazuju znakove da su zaraženi (jedan zombi ugrizao je Petea, a Myka kasnije napada Petea iskešenih zuba), Claudia muku muči sa svojim problemima. Stalno naziva Stevea koji je otpušten iz Skladišta i na crnoj je listi svih državnih službi za borbu protiv krimainala, sve dok se on ne izdere na nju da ga ostavi na miru. I sama je jadna jer joj je kip artefakt u Skladištu poručio da će noćas umrijeti...

"Emily Lake" prvi je dio zadnje epizode treće sezone "Skladišta 13". Kad Claudia u Skladištu pronalazi nanite, male robotske špijune koje je podmetnuo Sykes kako bi doznao tajnu dosjea Atlas 66, Myka želi krenuti na teren kako bi osobno onesposobila Sykesa. Ali Jane kao regentica zabranjuje agentima da se miješaju jer su regenti već pokrenuli svoj plan... Ipak, Pete i Myka istražuju na svoju ruku i opet nailaze na H. G. Wells. Ali nju za svoje mračne planove traži i Sykes.

2. dio finala treće sezone Agenti su ipak krenuli u potragu za Sykesom i za njim jure diljem svijeta. Iz prošlosti je ponovno iskrsnula Helena G. Wells kao naivna učiteljica koju Sykes otima. Tu je i Jinks koji se udružio s njihovim najgorim neprijateljem, a kad ga nalaze mrtva u Sykesovu skloništu, otkrivaju da im je Jinks pomagao sve do svoje smrti...