Pete e Myka sono addolorati per quanto accaduto ad Artie, ma ben presto avranno una felice sorpresa: Artie è vivo, poiché si è salvato dall'esplosione mediante l'utilizzo dell'artefatto "fenice", che permette di salvarsi da morte certa uccidendo però un'altra vita.

Mentre Claudia e Leena cercano di riappacificarsi, Artie manda Pete e Myka a Detroit, dove delle strane scene si presentano nei luoghi in cui erano avvenute tentate rapine.

In una città vicina al magazzino 13 si verificano strani avvenimenti: la veterinaria della zona, Kelly Hernandez, avvista soldati che sembrano essere marines della seconda guerra mondiale, mentre nel negozio di ferramenta dove Claudia si era recata a ritirare alcune sue vecchie cose, il suo gestore, un ragazzo di nome Todd, finisce in mezzo ad un duello.

A Milano, durante una sfilata di moda una donna anziana muore dopo aver urlato qualcosa alle modelle. Una delle modelle inoltre, risulta misteriosamente scomparsa. Artie invia quindi Pete e Myka ad indagare.

Un tecnico della Global Dynamics, Douglas Fargo, viene inviato dai reggenti al magazzino 13 per un aggiornamento al sistema informatico. Cercando di installare i nuovi componenti si attiva però un sistema di sicurezza segreto, ideato dall'ex ingegnere del magazzino Hugo Miller, che prende sotto controllo il magazzino.

A Londra, in un museo, Pete e Myka sono impegnati nel recupero di un particolare bastone da passeggio in grado di generare dei terremoti.

Dopo che Pete è rimasto vittima del telegrafo allucinogeno, Artie decide di tenerlo al magazzino e di mandare in missione Claudia al suo posto con Myka. In tale missione, le due indagano su una particolare squadra di wrestling.

Dopo aver recuperato un artefatto, un fermacarte con la forma di un grifone, Pete e Myka si preparano a trascorrere un week-end normale, lontano dal loro lavoro.

L'ex capo di Pete e Myka, Daniel Dickinson, viene trovato ucciso a Washington, nel quartier generale dei servizi segreti. L'agente Katie Logan che indaga sul caso, contatta la squadra del magazzino, poiché anche se non è a conoscenza della loro attività, sa che sono loro ad occuparsi dei casi "strani".

Mentre Artie si continua a mostrare molto irritato per la presenza di H. G. Wells, che ora si fa chiamare semplicemente Helena, al magazzino 13 si presenta l'ex agente Rebecca.

In Egitto tre giovani archeologi muoiono improvvisamente in seguito ad un processo di automummificazione spontanea.

Il team del Magazzino 13 prova a rintracciare il traditore scoprendo sulla loro pelle quanto sia potente l’artefatto con cui si troveranno a confrontarsi. Nel frattempo Claudia riflette sul suo futuro nella squadra e Peter si troverà a dover scegliere tra Kelly e la missione.

Al magazzino 13, in occasione del Natale arriva Joshua, il fratello di Claudia, mentre Pete e Myka sono in proncinto di ritornare alle loro case. Tuttavia Artie assegna loro un nuovo caso e si dovranno intrattenere.