Gli agenti dei servizi segreti Lattimer e Bering salvano la vita del Presidente degli Stati Uniti e vengono ricompensati con un trasferimento nel segretissimo Warehouse 13. Qui incontrano Artie Nielsen, curatore del misterioso magazzino, che gli spiega il loro nuovo lavoro, che consiste nell'essere responsabili della raccolta di ogni oggetto sovrannaturale o inspiegabile che il Governo degli Stati Uniti ha mai raccolto. Devono preservare il magazzino, tenere sotto controllo gli oggetti al suo interno ed essere sempre alla ricerca di strani eventi che possano indicare la presenza di un nuovo oggetto da recuperare e catalogare.

Pete e Myka sono sulle tracce di un gruppo di rapinatori di banca in possesso di un'arma particolare. Intanto Artie esamina una falla nella sicurezza del magazzino.

Pete e Myka vengono mandati ad indagare in una città in cui gli abitanti sono sottoposti ad un lavaggio del cervello. Intanto Artie è confuso dai flussi di energia che attraversano il magazzino.

Una donna rapisce Artie, perchè lo ritiene responsabile della morte di suo fratello.

Il furto di una scultura conduce Myka e Peter ad una caverna indiana sacra che nasconde un antico segreto di creazione... e distruzione.

Peter e Myka devono proseguire l'incarico di un agente del passato.

Sulle tracce di una spada di un samurai data in regalo al Presidente, gli agenti si imbattono un cercatore di artefatti loro rivale.

A Las Vegas, Myka resta imprigionata in uno specchio, mentre lei e Peter cercano di recuperare un artefatto da una coppia di giocatori d'azzardo.

Mentre Pete e Myka indagano su una serie di suicidi collegati ad un artefatto alla prigione della Florida, Claudia ne usa uno al magazzino.

Mentre Pete, Myka e Claudia sono intrappolati nel magazzino, Artie è costretto a rispondere ai suoi superiori.

Myka si mette in viaggio per tornare a casa e far visita al padre morente.

MacPherson si impegna in un progetto per vendere segretamente gli artefatti del magazzino.