Les agents des services secrets Lattimer et Bering sont transférés dans le top secret entrepôt 13. Ils y rencontrent Artie Nielsen, le responsable du mystérieux entrepôt qui leur explique qu'ils sont dorénavant responsables d'objets surnaturels collectés par le gouvernement. Pour leur première mission, ils sont envoyés en Iowa pour enquêter sur un artefact appartenant à un étudiant qui a agressé sa petite amie en récitant une incantation en italien.

Pete et Myka doivent enquêter sur des braquages de banques ayant lieu à Chicago. Les braqueurs hypnotisent leurs victimes grâce à un artefact.artefact. Artie, quant à lui, doit faire face à une tentative de piratage de l'Entrepôt.

Myka et Pete se rendent à Unionville où certains habitants ont des comportements excessifs. Ils doivent trouver rapidement ce qui provoque de tels excès pour sauver la vie des personnes concernées.

De son coté, Artie s'occupe des problèmes de courts circuits dans l'entrepôt.

Artie est enlevé par Claudia, pirate de l'Entrepôt et sœur d'un de ses anciens étudiants disparu douze ans plus tôt. Elle est convaincue que son frère n'est pas mort, mais seulement coincé dans une autre dimension par un artefact sur lequel il travaillait. Elle demande de l'aide à Artie. Lattimer et Bering se lancent à sa recherche.

Des sculptures représentant les quatre éléments et dont la légende dit qu'elles formeraient une carte menant à une grotte sacrée sont dérobées. Un artefact amérindien serait impliqué dans ces vols. Lattimer et Bering, aidés d'Artie et de Claudia, enquêtent. Leurs soupçons se tournent vers deux collectionneurs rivaux : Gilbert Radburn et Jeffrey Weaver.

Une explosion a lieu dans un commissariat de Saint-Louis faisant six morts. Lattimer et Bering se rendent sur place et découvrent le corps d'un ancien agent de l'Entrepôt. Au cours de leur enquête, ils rencontrent son ancienne partenaire qui leur révèle le côté sombre de l'Entrepôt.

A Washington, un sabre japonais ayant la capacité de rendre son possesseur invisible est dérobé sous les yeux de Lattimer et Bering. Tandis qu'Artie se lance à la poursuite du voleur, qui ne serait autre qu'un ancien membre de la section, son passé resurgit.

Le miroir de Lewis Carroll, une boule disco du Studio 54… L’inventaire dans la Warehouse 13 crée quelques tumultes, alors que Pete et Myka doivent partir à Las Vegas pour retrouver un artefact en possession d’un couple de voleurs.

Quand quatre prisonniers se suicident en peu de temps dans une prison de haute sécurité, Artie envoie Pete et Myka enquêter.

Pendant que Pete, Myka et Claudia sont coincés dans l'entrepôt, Artie se voit obligé de répondre à ses supérieurs.

Le père de Myka, Warren reçoit un livre datant du XIXème siècle. Il est intrigué jusqu'au moment où la lettre lui rentre sous la peau. Myka chasse MacPherson qui semble s'amuser ouvertement avec Pete et celle-ci quand on lui annonce que son père est en train de mourir.