처음으로 괴물과 싸운 빨간 로봇 샤이니가 우주로 날아간다. 하지만 지구에 다시 돌아와 새로운 로봇 선더를 만나보니 그동안 많은 것이 달라진 것 같은데?

사악한 카이주와 싸우는 건 가장 용감한 로봇만이 할 수 있는 일! 그래서 선더는 샤이니를 기지로 데려오고, 이곳에서 어린 발명가 앨릭스와 크리드 대령이 샤이니의 기술을 테스트한다.

선더와 싸울 능력이 있다는 것을 증명하러 나선 샤이니. 몇 가지 기술을 선보이자 앨릭스는 샤이니에게 단독 임무를 한번 줘보기로 한다.

선더의 그늘에 가려지는 게 불만인 샤이니. 방위대 기술 병장의 도움을 받아, 무시무시한 카이주에 맞서 싸우는 능력을 키우기로 한다.

카이주 진드기가 샤이니와 선더를 공격하자 앨릭스와 크리드는 급하게 벌레 퇴치 팀을 부르고. 한편, 외계인 스파이가 본부에 침입한다.

샤이니와 선더는 머리가 둘 달린 카이주와 싸우기 위해 지구 반대편으로 향한다. 그러나 스파이가 임무를 방해하고 기지를 장악하려 하는데.

카이주와의 전투 후 지구에 불시착한 10대 천재 외계인에게 반한 앨릭스. 하지만 샤이니, 선더, 크리드는 이 외계인이 지구에 온 이유가 의심스럽다.

샤이니는 앨릭스가 부모를 찾는 데 도움이 되는 단서를 제공한다. 바네사와 외계인 오버로드는 파괴적인 공중전 계획에 박차를 가한다.

앨릭스와 세상을 구하기 위해 나서는 샤이니와 선더. 스타페이스 박사, 크리드와 힘을 합쳐 위대한 형제의 힘을 발휘하기로 한다.