모두가 ′러브′를 주고받고 시각 정보 디바이스 ′데코′를 사용하는 정보 도시 톰소여 섬에 사는 소녀 베리는 괴인 0를 잡는 게 꿈이다. 그녀는 모습이 투명한 핵을 만나 괴인 0라고 착각하게 된다. 그녀는 핵을 쫓고, 둘은 초재현공간으로 이동하게 된다. 핵은 그곳에 있는 존재야말로 괴인 0라고 한다.

베리와 핵은 무사히 초재현공간에서 탈출하지만 ′유령′인 핵은 특수부한테 쫓기게 된다. 베리는 초재현공간에서 일어난 일이 꿈이었는지, 게임이었는지, 현실이었는지 혼란스러워한다. 그러다가 그녀는 부모님의 일이 어제 일어난 일처럼 사람들이 불안을 느낄 만한 사실 관련 데이터를 삭제하는 일이라는 걸 알게 되고, 가출해서 핵을 찾아나선다.

핵의 동료 핀을 만난 베리는 그로부터 주민 등록 기록이 없는 이 섬의 ′유령′들에 관한 설명을 듣는다. 둘은 힘을 합쳐 0 현상을 일으킨 범인으로서 재판을 받게 된 핵을 구해내는 데 성공한다.

재판 도중에 도주한 베리는 폭발에 휘말려 죽었다고 알려져 핵과 마찬가지로 유령이 됐다. 4개월이 지난 지금, 베리는 핀이 0 현상을 조사하기 위해 만든 탐정 사무소에서 지내고 있다. 한 남성 의뢰인이 탐정 사무소를 찾아와 자신의 실종된 아바타를 찾아달라고 하자, 베리는 그를 돕기 위해 마을에서 정보를 찾아보기 시작한다.

유령 탐정단은 데코피디아에 기재된 ′누에′라는 동물 관련 거짓 정보를 올바르게 수정해 달라는 의뢰를 받는다. 하지만 그들은 누에에 관련된 의외의 사실을 알게 된다.

베리는 왓슨이 맛있기로 소문났지만 위치조차 알려지지 않은 라멘 포장마차에 관해 조사하는 걸 돕는다. 결국 베리, 핵과 왓슨은 AI가 운영하는 라멘 포장마차를 찾게 되지만, 그곳에서 긴기라를 맞닥뜨리게 된다.

유령 탐정단은 하늘에서 구식 인공위성과 데이터가 담긴 코어가 떨어질 거라는 정보를 얻고, 고객 센터보다 먼저 손에 넣기 위해 힘을 합친다. 한편, 베리는 핀이 뭔가 숨기고 있다는 사실을 눈치챈다.

베리와 핵은 핀의 과거를 간접 체험한다. 어릴 적에 변두리 동네에 살던 핀은, 쓰레기 정화 시설의 시스템이 고장 나 사람들이 병들고 있다는 사실을 알아냈다. 핀은 그 사실을 고객 센터에 알리려고 했으나, 고객 센터는 도와주긴커녕 동네 사람들의 미등록 데코 장치만 압수해 갔다. 이러한 핀의 과거를 알게 된 유령 탐정단은 핀을 찾아 나선다.

괴인 0 누명을 쓰게 된 유령 탐정단은 고객 센터의 추적을 피하며 진짜 괴인 0의 은신처가 있는 마크 트웨인으로 향한다

무사히 마크 트웨인에 도착한 베리, 핵과 핀은 괴인 0의 위치를 조사하기 시작한다. 하지만 핀은 마크 트웨인에 있는 건 괴인 0가 아니라 인정션 조라는 사실을 알게 된다.

부모님과 행복하게 사는 소녀 앞에 베리가 나타난다. 베리는 소녀를 ′핵′이라고 부르지만, 소녀는 베리를 피하려고만 한다.