佐倉ゲンキは、「モンスターファーム」が大好きな小学5年生。ゲンキは「モンスターファーム」のゲーム大会「モンスター甲子園」に出場し優勝する。後日、優勝賞品であるシリーズ最新作「モンスターファーム200X」がゲンキのもとに贈られてきた。ゲンキはさっそくゲームを起動させるが、プレイ中に突然テレビの中に吸い込まれてしまう。

ゲンキが吸い込まれた先には、「モンスターファーム」に登場するホリィとスエゾーがいた。そこはゲンキが大好きな「モンスターファーム」の世界だった。そこに、ゲームに登場するモンスター、ブラックディノが走ってきた。しかし、どこか様子がおかしい。ゲームでは決してブリーダーを襲わないモンスターが、あろうことか人間に牙を向けてきたのだ。

からくもブラックディノをまいたゲンキは、ホリィとスエゾーから衝撃の事実を聞く。悪の魔王「ムー」により、イイモン（善いモンスター）がワルモン（悪いモンスター）に変えられてしまい、この世界はそのワルモンによって支配されていたのだ。しかし、伝説のモンスター「火の鳥」が誕生すれば、すべてのワルモンはイイモンに戻るという。

モンスターを悪用するムーを許すことができないゲンキ。彼はホリィたちと共に、「火の鳥」の円盤石を探す旅に出ることを決意したのだった。途中、ゲンキたちはさまざまな壁にぶつかったり、モンスター及びムーとヒノトリの出生の秘密や、発達しすぎた科学によって身を滅ぼした古代人達の様々な業の過去を知ることになるが、何事にも屈しない「勇気」、仲間たちとの「友情」、そして「ガッツ」で、数々の試練に敢然と立ち向かっていく。