Zack und Cody helfen einem Spion einen Mikrochip wieder zu erlangen auf dem ein geheimes Rezept für Light-Mayonnaise gespeichert ist.

London verkuckt sich in den Zauberer an Bord. Doch dann findet sie heraus, dass er nur trickst und nicht zaubert!

Um seinem Chemielehrer zu zeigen, dass er doch nicht so schlecht ist wie dieser glaubt, bastelt Zack eine Stinkbombe. Zur Strafe muss er nachsitzen. Nun kommt Miss Tutweiller auf die Idee, dass wenn man ihm einen Job gäbe, bei dem er Verantwortung übernehmen muss, er vielleicht vernünftiger werden würde. Sie schicken ihn zu Kirby, der ihn zum Fluraufseher macht. Zack nimmt seine Aufgabe sehr ernst – zu ernst. Bei den kleinsten Kleinigkeiten werden Jugendliche zum Nachsitzen verdonnert. Er wird immer unbeliebter und gibt irgendwann auf.

Cody soll seine Lehrerin in Hauswirtschaft vertreten und begeistert seine Schüler mit seinen Kochkünsten. Als Bailey merkt, dass die anderen Mädchen in ihrer Klasse ein Auge auf ihn werfen, wird sie eifersüchtig und versucht mit Woody seine Aufmerksamkeit zurück zu gewinnen. Da es ihr nicht gelingt, wird Bailey so wütend, dass sie sich mit einer Schülerin prügelt. Als Cody sie auf ihr merkwürdiges Verhalten anspricht, sagt sie ihm wie sauer sie ist. Als Cody ihr erklärt, dass sie die einzige für ihn ist, vertragen sich die beiden wieder.

Mister Tipton möchte, dass Londons Schulnoten besser werden. Dafür soll Mosbey sorgen. Dieser hat wenig Hoffnung, dass ihm das gelingt. Doch dann schreibt London plötzlich gute Noten. Was Mosbey nicht ahnt: Bailey hat mit Cody gewettet, dass sie London zu einer Superschülerin macht. Doch Bailey arbeitet mit einem Trick: Sie gibt London ein magisches Parfum, das angeblich intelligent macht. Ab sofort schreibt London gute Noten.

London und Bailey fahren nach Thailand um Londons Großmutter zu besuchen. London ist geschockt zu sehen, dass sie wie eine arme Bäuerin lebt und versucht deren Lifestyle zu ändern.

Zack hat wieder einmal vergessen, seine Hausaufgaben zu machen, und geht heimlich an Codys Datenbank, um sich einen alten Aufsatz von ihm zu „borgen“. Er ahnt jedoch nicht, dass sein Bruder eine „Diebstahlsicherung“ in den Aufsatz integriert hat – und zwar einen Absatz, in dem steht, dass er Angst von Bananen habe. Zack gibt also unbekümmert den Aufsatz ab und wird prompt von Miss Tutweiler zum Schulpsychologen geschickt. Dieser möchte seine Bananenphobie behandeln.

Cody, Zack, Bailey, London und Woody verstecken sich auf einem der Rettungsboote der SS Tipton, dabei löst Woody ungeschickterweise den Notabwurfhebel. Die fünf treiben im Rettungboot ab, und keiner auf der SS Tipton bemerkt das Unglück. Auf einer Insel gestrandet beweist Zack, dass er geschickt mit dieser Ausnahmesituation umzugehen weiss, was Bailey beeindruckt. Doch von Eifersucht angestachelt, ist es Cody, der den Weg zurückfindet.

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Zack ist überrascht, als er erfährt, dass er einen neuen Mitbewohner hat, der ein berühmter Rapper war, bis er in die Pubertät kam und seine Stimme tief wurde.

Jordin Sparks kommt an Bord der S.S. Tipton und Zack, Cody und Marcus versuchen, einen Song für sie zu schreiben. Als einer der Londoner Yay Me! Wettbewerb darf einer ihrer Fans ein paar Tage mit ihr auf dem Schiff verbringen, aber Londons Fan ist ein bisschen verrückt.

Zack and Cody receive a $200 check from their parents for their 16th Birthday, but have an argument about how to spend it. During the argument, they both wish they were an only child and once the ship enters the Bermuda Triangle, their wish comes true.

Zack, Marcus, and Woody create a fake beauty pageant so they can meet girls. When Mr. Moseby learns of their plans, he punishes them by forcing them to see it through. Meanwhile, Bailey enters the pageant to try to beat London and hires Cody as her coach, but gets mad at him when he becomes too controlling.

Zack and Cody talk to Mayor Ragnar when the boat docks in Sweden, and they are shocked to learn that their ancestors were scoundrels and not heroes like the twins originally thought. Meanwhile, Moseby gets help from Marcus to find the missing screw for his nightstand, but they accidentally get stuck in a furniture store.

Esteban boards the boat to get married, however his mother doesn't approve of his future wife.

Cody creates a web of lies to cover the fact that he didn't do his homework and it gets out of hand. Mr. Moseby and Zack get handcuffed together when their fighting gets worse.

After Mr. Moseby forbids the gang from playing football, they become interested in fantasy football.

Cody tries to find out who stole a valuable book.

While searching through an archaeological site in South America, Zack awakens the spirit of an ancient princess.

When London's father gives her one million dollars to find an invention to market, she enlists her friends to come up with a unique invention and offers them the cash as a prize. At first everyone comes up with their own ideas, but then they combine their resources, wreaking havoc on the ship with their multifunctional robot.

The gang all have dreams of being characters in three different fairy tales; Hansel and Gretel, Snow White, and Jack and the Beanstalk.

When Mr. Moseby leaves to go to a reunion, Zack and Marcus decide to throw a party on the sky deck with models. Janice and Jessica, from the Boston Tipton, come aboard the ship as models and while Janice tries to draw Zack's attention, Cody believes Bailey is jealous of Jessica. Meanwhile, to distract the modeling agent from discovering the party, Woody pretends to be a male model named Woodlander.

Cody wants to buy earrings for Bailey, but Zack insists he bargain with the cashier for a better price. Meanwhile, London, Bailey, Marcus, and Woody discover a magic lamp that contains a genie willing to grant wishes, causing them to argue over which wishes should be granted.

The SS Tipton is going straight in the path of endangered blue whales motivating Zack, Cody, Bailey, and Marcus to try their best to change the ship's course. They lock themselves into the engine room hoping the whales will safely pass, however they discover it's not as easy as it seems. Cody begins to faint due to heat exhaustion, Marcus becomes desperate for water, and Zack loses it and tries to break free. Eventually, Kirby and Mr. Moseby break into the engine room to attempt to stop them, but after seeing the whales on Cody's laptop, they decide to go along with plan.

While producing a news show for Ms. Tutweiller's class, each of the kids find their own set of problems. Zack and Bailey clash as co-anchors, Cody makes a shocking discovery linked to London during his investigative reporting, Kirby reminisces about the good ole days, while London is having trouble with the green screen.

Centuries in the future, Starship Tipton resident prankster Zerk (Zack's great-great-great-great-great grandson) plays a joke on feuding aliens and because of it, they vow to destroy the starship. The kids must travel to the future to save their descendants and fix the problem before it's too late. Meanwhile, London discovers that she has a great-great-great-great-great grandson, Rome, and that the Starship Tipton belongs to her family.

Bailey bets London $1 million dollars that she cannot go on one week without insulting her, so London asks Mr. Blanket for help to try not to insult Bailey. When Bailey loses the bet, London insults her one million times. Meanwhile, Cody attempts to avoid the assaults of a seagull after not permitting the seagull to eat fries.

Cody and Bailey are planning to celebrate their one year anniversary when the SS Tipton docks in Paris. Cody asks London to help him make his date perfect. However, a big misunderstanding begins when Bailey sees Cody with London (who were just practicing the date) and mistakes her as the "hideous French girl". The next day, the day of the anniversary, Cody sees Bailey with another guy, Jean Luc, who was just trying to cheer her up. Bailey and Cody start arguing about the misunderstanding, and decide it would be better if they broke up. Meanwhile, Zack and Woody are pursued by art thieves.

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