数万年前、邪悪なる闇の帝王ナイトメアが「魔獣」と呼ばれる生物兵器を作り出し、宇宙のいたるところに送り込み宇宙の征服を企てた。しかし魔獣を造るうちにナイトメアに反発するものが出てきた。そしてメタナイト卿をはじめとする自由と平和を愛する正義の心を持つ「星の戦士」達は、ナイトメアを滅ぼすため、「銀河戦士団」を結成して戦いを挑んだ。しかし、無尽蔵に繰り出される魔獣の前に戦士団は崩壊。わずかに生き残った星の戦士たちは宇宙の片隅に追いやられつつもナイトメアを倒す新たな方法を探していた。一方、ナイトメアは企業帝国「ホーリーナイトメア社」を設立し、組織的かつ効率的に魔獣を生み出し、宇宙各地の大から小の悪党や金を持てあます金持ち達に魔獣を売りつけるという方法で自らの勢力を拡大させていった。

そんなある日、宇宙のどこかで次世代の星の戦士「カービィ」が生まれた。そして、カービィはどこからか手に入れた宇宙艇の中で眠りにつきながらナイトメアに対抗する力をつけることになった。しかし、星の戦士の宇宙艇は自動的に魔獣のいる星に向かう機能があり、ポップスターの魔獣の存在をキャッチした宇宙艇はカービィを予定よりも200年早く目覚めさせ、何も知らない未熟な赤子同然のカービィは宇宙艇を操縦できず、そのまま「プププランド」に不時着してしまった。

不時着後カービィはプププランドに住むフームやブン達と友達になり、彼らの助けを借りながらナイトメアを打倒するために魔獣と戦うことになった。