Промицин объявлен вне закона, но его всё равно можно достать. В НКОУ новый начальник. Шон все ещё в коме. Обычный школьник становится главой Религии (в честь себя). Сможет ли НКОУ остановить его?

Кайл вкалывает Шону дозу промицина. Шон выходит из комы. Его младший брат, Дэни, сообщает ему, что хочет попробовать промицин. Диана ищет свою сестру Эйприл. Ради этой цели она возвращается в агентство. Люди умирают от своих самых жутких страхов. Смогут ли Том и Диана узнать, кто стоит за всем этим? Кто же этот таинственный человек со способностями?

Пожилая женщина Одри Паркер, вколов дозу промицина, обрела способность путешествовать невидимой и наблюдать за жизнью окружающих людей. Параллельно она ведёт блог о своих путешествиях и мыслях. Блог не нравится правительству, так как его общее содержание призывает к принятию промицина.

Шон решил открыть свой фонд исцеления в здании бывшего центра 4400. В день открытия Шон обещает исцелить всех больных, пришедших на открытие. Кайл обнаруживает, что странная девушка Кесс является его способностью. Она уговаривает Кайла прийти на перекресток, где он становится свидетелем судьбоносной аварии.

Сестра Дианы Эприл после укола промицина обрела дар выпытывать у людей правду: все, кому она задает вопросы, отвечают ей правду, какой бы она ни была. Но правда может быть очень опасной, особенно если шантажировать крупную корпорацию. Диана и Том помогают Эприл разобраться с её проблемами.

Том тайно проверяет Кайла на промицин, результат положительный. Тому не удаётся поговорить с сыном, так как Кесс («девушка-способность» Кайла) предупреждает его о том, что отец в курсе инъекции, и советует ему уехать из Сиэтла. На месте, указанном Кесс, Кайл встречает Кольера. Поселение, в котором он оказался — это место, где живут люди со способностью 4400, сделавшие инъекцию промицина и прячущиеся от полиции.

Кайл показывает Кольеру книгу и список имён тех, кто должен сделать инъекцию промицина для «торжества добра». В конце списка Том Болдуин. Шону предложили баллотироваться на выборы в Городской Совет.

Марко находит человека из 4400, который пишет сценарии, основанные на реальных событиях, и снимает по ним фильмы. Но последний сценарий — о 4400. Смогут ли Диана и Том узнать весь сюжет фильма?

Кольер объявляет всему миру, что люди со способностями начинают строительство «Города Обетованного». Вашингтон высылает отряд «улучшенных солдат». Но Джордан забирает их способности и расширяет границы «своих владений».

Ричард похищает Изабэль и с помощью способности делает её вновь ребёнком. Шизофрения Тес прогрессирует и она захватывает кафе. Шон лечит её, а Кевин Бурхофф заявляет, что практически открыл способ, как определить: опасен ли промицин для конкретного человека.

Том становится меченым (бывшим Мэтью). Ричард понимает, что ошибался, когда хотел сделать Изабэль вновь маленькой. Он возвращает все назад. «Том» ловит его и сажает в тюрьму. Также он похищает Изабэль и говорит ей, что она должна вернуть свои способности.

Беркофа похищают, чтобы он не мог работать над тестом совместимости с промицином. «Том» вводит промицин Изабэль и она возвращается в «Город обетованный» со своими старыми способностями. Компьютерная корпорация «Юбиэнт» одного из меченых несёт серьёзные финансовые убытки. «Том» убивает человека со способностями, который это делал, и всё налаживается, но меченые принимают решения переселить главу «Юбиэнт» в Джордана Кольера.

Диана и Мэган узнают, как можно убить в Томе другую личность. Изабэль выкрадывает Кольера. Дени (брат Шона) проходит тест и принимает промицин. Диана стреляет в «Тома».

Тома избавляют от другой личности, он идёт спасать Кольера. Изабэль заставляют убить Кайла, но она убивает одну из меченых и умирает сама. Способность Дени — заражать людей промицином. Много человек погибает, но ещё столько же приобретают способности. Шон теряет всю семью.