Во время процесса по делу Денниса Райланда и его сообщников одна из вернувшихся, Ти Джей Ким, используя способность, тяжело ранит его. Образуется группа «Нова», собранная из вернувшихся, которая начинает методично уничтожать всех, кто был замешан в деле об ингибиторе промицина. Том и Диана привлекают к делу одного из 4400 — Гэри Наваро, умеющего читать мысли. Гэри пускает их по ложному следу, сотрудничая с группой «Нова». Вскоре его обман раскрывается. Группа «Нова» на весь мир объявляет о том, что через пять дней начнётся новая эра — эра вернувшихся. Шон, обманутый группой «Нова», сдаёт их, Том и Диана арестуют Ти Джей Ким. В назначенный день группа «Нова» за одну ночь выращивает огромные гектары пшеницы на месте пустыни, утверждая тем самым, что они могут быть и миролюбивыми.

Во время процесса по делу Денниса Райланда и его сообщников одна из вернувшихся, Ти Джей Ким, используя способность, тяжело ранит его. Образуется группа «Нова», собранная из вернувшихся, которая начинает методично уничтожать всех, кто был замешан в деле об ингибиторе промицина. Том и Диана привлекают к делу одного из 4400 — Гэри Наваро, умеющего читать мысли. Гэри пускает их по ложному следу, сотрудничая с группой «Нова». Вскоре его обман раскрывается. Группа «Нова» на весь мир объявляет о том, что через пять дней начнётся новая эра — эра вернувшихся. Шон, обманутый группой «Нова», сдаёт их, Том и Диана арестуют Ти Джей Ким. В назначенный день группа «Нова» за одну ночь выращивает огромные гектары пшеницы на месте пустыни, утверждая тем самым, что они могут быть и миролюбивыми.

На глазах свидетелей Том Болдуин заходит в комнату допросов к Ти Джей Ким, а когда он уходит, девушку обнаруживают мёртвой. НКОУ организовывает арест Тома, но сам Том не помнит, чтобы он убивал свидетеля, и решает спасаться в бегах. Тем временем доктор Беркоф вводит себе промицин, от чего очень страдает, а Изабель пытается научиться всему, что должна уметь взрослая девушка, в этом ей помогает Шон.

У Майи обнаруживается младшая сестра, которой уже за шестьдесят (она родилась в 1951 году). Но Диана не доверяет незнакомой женщине и требует доказать родство. Пока приходят тесты ДНК, женщина таинственно исчезает а вместе с ней исчезает Майа. Через некоторое время обнаруживается пропажа ещё нескольких детей со способностями. Диана и Том пытаются отыскать детей, изучая туманные записи в дневнике Майи.

Центр 4400 подвергся нападению со стороны группы Нова. Шон сошёл с ума и травмирует себя и других. Способности Изабель доходят до максимума, и она готова их использовать, чтобы найти обидчиков возлюбленного и отомстить. НКОУ пытается отыскать членов группы Нова, но успевают лишь на место, полное разрушений: Изабель оказывается на шаг впереди. Тем временем Алана ищет водителя, который 9 лет назад сбил насмерть её мужа и ребёнка.

НКОУ охотится за последним членом группы Нова — телепатом Гари Наваро, но в последний момент кто-то предупреждает его. Все улики показывают, что это сделала Алана, тем самым становясь соучастницей. Том в нерешимости.

Несколько человек, принявших новый наркотик Blink, кончают жизнь самоубийством. Том и Диана получают посылки с печеньем, подписанные именем напарника. Внезапно Том начинает видеть своего давно усопшего отца, а Диана — своего бывшего любовника. Им предстоит найти посыльного, доставившего печенье с наркотиком, и попутно разобраться со своими видениями. Изабель твёрдо решилась выйти замуж за Шона в ближайшее время, но Шон начинает бояться свою всемогущую невесту.

Кевин Беркоф изуродован воздействием промицина, на него нападают спецслужбы, но его способность к регенерации позволяет ему выжить. Выясняется, что Тесс использует свою способность управлять людьми, чтобы приводить ночами к Беркофу Диану, которой тот вводит промицин. Шон спасает известного музыканта — хронического алкоголика, от приступа. Он предлагает Шону окунуться в мир шоубизнеса и отправиться с ним на гастроли. Ричард Тайлер пытается развить свои способности к телекинезу.

Находят несколько обезображенных трупов. НКОУ подозревает в убийствах одного из людей со способностями. Все жертвы оказываются из числа пострадавших от врачебной ошибки, в результате которой в их хромосомах развилась мутация Старзла, позволяющая им заводить от пришельцев детей со способностями. НКОУ выходит на след сошедшего с ума солдата, обколотого промицином из правительственной программы по улучшению солдат. Шон раскуривает сигару, позволяющую увидеть будущее, но будущее его не радует. Он пытается изменить настоящее.

Оборванец, прервавший свадьбу Шона и Изабель, оказывается Джорданом Кольером, не помнящим себя. НКОУ пытается вернуть ему память. Тем временем Майа предсказывает Диане свадьбу с Бэном — парнем Эйприл. Кольер даёт показания и Кайла освобождают из тюрьмы. Кольер противостоит Изабель и выгоняет её из центра 4400.

Членам группы Нова удаётся сбежать. В НКОУ предполагают, что они будут покушаться на Райланда. Планы по развитию центра 4400 у Шона и у Кольера различаются, и они вступают в конфликт друг с другом. У Дианы роман с Бэном, ей предстоит объясниться с Эйприл.

Группа Кольера похищает правительственные запасы промицина с целью бесплатно распространить его среди всех желающих. Дэвон Мур, работница центра 4400, первая принимает промицин, но погибает. Оказывается, укол промицина в половине случаев приведёт к получению сверхспособностей, а в половине — к мучительной смерти. Теперь у НКОУ появился ещё один повод, чтобы не допустить распространение промицина. Изабель пытает Шона, чтобы узнать где хранится похищенный промицин, и тот впадает в кому. Том, Диана, Ричард Тайлер и другие должны объединиться, чтобы вступить в схватку со всемогущей Изабель.