Dennis Ryland står inför rätta tillsammans med andra statstjänstemän. Tom och Diana undersöker en radikal gruppering inom de 4400 som kallar sig för Nova-gruppen. Isabelle har växt upp till en ung kvinna och upptäcker att hon har ovanliga krafter.

Tom och Diana försöker med Gary Navarros hjälp att spåra T.J. Kim, en av de 4400 vars särskilda förmåga fick en man att sticka ner Dennis.

Gary Navarro har arresterats efter att ha försökt mörda Dennis Ryland, på annat håll försöker Isabelle att begå självmord.

T.J. Kim har mördats och Tom anklagas för mordet, medan Shawn och Isabelle blir vänner.

Tom och Diana fortsätter sitt sökande efter kidnapparen som riktat in sig på 4400-barn.

Tom plågas av mardrömmar på grund av det avtal han ingått. På 4400-centret lider Shawn av psykiska problem som Daniel Armand, en medlem ur Nova-gruppen, ligger bakom.

Tom och Diana är på jakt efter Gary Navarro, en medlem ur Nova-gruppen.

Tom känner sig ensam i sitt hus eftersom Alana är på rymmen och Kyle fortfarande är i fängelse. Men när en budbärare dyker upp på hans trappsteg med kakor från Diana piggas han genast upp. När han senare tackar henne personligen för gåvan visar det sig att hon inte alls har skickat några kakor.

Kevin närmar sig sanningen om 4400 och blir tvungen att bege sig på flykt. Tim och Diana vänder sig till Tess Doerner för att be om hjälp. Shawn räddar livet på sin idol, rocklegenden Nick Crowley.

Tom och Diana undersöker en rad grymma mord där alla tecken pekar på en konspiration som går ända upp till regeringsnivå. En man vid namn Jordan Collier dyker oväntat upp på Isabelle och Shawns bröllop.

Jordan Collier medverkar i en tv-intervju om människans framtid. Allting tyder på att han hjälpt 4400-medlemmar fly från fängelset. Dessutom uppdagas det att Isabelle arbetar med Dennis Ryland.

Tom och Diana försöker sätta stopp för Jordan Colliers planer att rädda framtiden. Om de inte lyckas kommer kaos utbryta i hela världen.