בפרק הפותח את העונה השניה, דיאנה שצוותה לסדרת שותפים לא מתאימים, מצליחה לפרוץ את נוקשות הבירוקרטיה ולהשיב אליה את טום, וזאת במקביל לתהליך האימוץ הרשמי של מאיה.

טום ודיאנה מחליטים שעליהם לסייע לאנשים בביה"ח לחולי נפש לבנות את המתקן לפי התכניות ולראות מה יקרה; דיאנה מגלה שמאיה כותבת יומן, ומתפתה לבסוף לעיין בו.

גארי נבארו, שחקן פוטבול בליגה חוזר לאחר היעדרות של 30 שנים, ומגלה כי הוא מסוגל לשמוע את המחשבות של כל הסובבים אותו - דבר המטריף את דעתו.

איש מכירות כושל, מגלה לפתע שמשהו ברוק שלו גורם לאנשים לרזות חיש מהר. הוא עושה עסקה עם חברה מסחרית, אך בהמשך מתבררות ההשלכות המלאות של התופעה. בתפקיד אורח: נעה תשבי.

מורה למוסיקה בבית ספר מואשמת בהתעללות בילדים. טום ודיאנה מגיעים למקום לחקור את המקרה ומגלים שהיא אמנם גילתה כשרונות חבויים של הילדים, אך הדבר מדאיג מאוד הורים אחדים.

מאיה רואה חיזיון על מותו של ג'ורדן קולייר. אובדני ההכרה של קייל מפריעים לחייו האישיים של טום. דיאנה מתבקשת למסור את הימן של מאיה לידיי הרשויות.

טום מתעורר בוקר אחד ומוצא את עצמו בעולם אחר, שבו שיבת ה-4,400 מעולם לא התרחשה. הוא מוצא עצמו נשוי לאשה שאינו מכיר, בנו קייל עומד ללמוד רפואה ומעולם לא היה בתרדמת ושון לא נעלם.

אחת מה-4,400 מתגלה כנשאית של נגיף כלשהו, שבמצבי רוח קיצוניים יוצא החוצה והורג את כל מי שנמצא בקרבתו ונעלם כעבור שעה; אלנה מבקרת בבית של טום ויחד הם מספרים לקייל מה קרה בעולם המקביל.

באחד מבתי החולים בארה"ב מתגלה אח, מהגר מרואנדה, המסוגל לרפא מומים בעוברים בטרם לידתם. עד מהרה מתברר כי האיש הוא רופא שנמלט מרואנדה לאחר שהשתתף בפשעי מלחמה.

בניסיון לאתר את רוצחו של ג'ורדן קולייר, מובילים מספר רמזים לקייל. כעת ניצב טום בפני סיטואציה לא נעימה המחייבת אותו לבחור בין החוק למשפחתו.

זהו יום הולדתו של ג'ון קולייר, ומגיע מידע על כוונה לבצע פעילות טרור. קייל מוטרד מכך שחפים מפשע יואשמו ברצח של קולייר. מאיה חוטפת זיהום מסתורי ומקבלת טיפול.

בדומה למאיה, נתקפים רבים מה-4,400 במחלה מוזרה הגורמת לאיבוד יכולות שונות; אלנה מתבלבלת בין העולם הדמיוני שיצרה לטום והעולם האמיתי; ברקוף מגלה לטום ולדיאנה מידע חשוב על המחלה.

מצבה של מאיה מחמיר ודיאנה מאיימת על ד"ר האדסון באקדח. לילי בורחת עם איזבל וריצ'רד מתחנן בפניה שתחזור. מארסדם צפוי לתקופת מאסר ממושכת - מה שמביא את אליסון ליצור קשר עם קייל.