Диана официально удочеряет Майю, у которой уже 4 месяца не появляются видения. Кольер умело использует исцеляющий дар Шона. Одна из вернувшихся, Тесс Доэрнер, страдающая шизофренией и проходящая лечение в психиатрическом центре, рисует странные картины, похожие на чертежи какой-то башни. Внезапно другие пациенты приступают к сооружению этой конструкции во дворе больницы. Через некоторое время к ним подключается и персонал больницы. Тесс считает что это устройство поможет ей вернуться обратно в будущее, но у башни совсем другое назначение, НКОУ пытается помешать строительству.

Тем временем Ричард и Лили Тайлеры ищут убежище, вдобавок ко всему прочему их преследуют воинственно настроенные религиозные фанаты.

Гари Наваро, из числа 4400, внезапно начинает слышать мысли окружающих. НКОУ пытается использовать его в своих целях. Ричард и Лили начинают опасаться способностей своей дочери.

Трент Аппельбаум, вернувшийся, обладает чудесным свойством: отпивший из его бутылки начинает стремительно терять излишний вес. Такая способность заинтересовала коммерсантов, однако потеря пары килограмм не единственное последствие для организма людей контактировавших со слюной Аппельбаума.

Хэзер Тоби, учительницу школы искусств, одну из 4400, обвиняют в якобы жестоком обращении с детьми. Делом интересуются агенты НКОУ. Оказывается, ученики Хэзер за несколько дней достигают совершенства в различных направлениях искусства, но не всем родителям нравятся такие перемены в детях. Одновременно с тем, Шон знакомится с бездомными наркоманами, попутно решая нужно ли исцелять всех нуждающихся, или же свою способность следует держать в секрете. Ричард и Лили Тайлеры вновь вынуждены бежать, но у них появляется шанс обрести надёжное убежище.

Майя предсказывает смерть Джордана Кольера. Диана вынуждена раскрыть секрет Майи руководству. Силы НКОУ брошены чтобы предотвратить предсказанную гибель.

Проснувшись однажды утром, Том обнаруживает что мир вокруг него изменился. В новом мире не было никакого светящегося шара и 4400 пришельцев, Кайл успешно поступил в медицинский колледж, а в доме Тома живёт женщина, Алана Марева, по утверждению окружающих, два года как жена Тома. Коллеги Тома уверены, что его фантазии относительно пришельцев — последствия перенесённых им пыток. Однако новоиспечённая жена Тома также утверждает что она «не из этого мира». Тому предстоит выяснить какой из миров реален и выбрать: прожить всю жизнь в новом мире, или же найти путь обратно.

Пока Кайл и Алана привыкают друг к другу, а Эйприл пытается использовать возможности Майи для заработка, Том и Диана идут по следу Джен Бэкер — одной из 4400. Джен проснулась утром с воспалившимися волдырями на руках и обнаружила что все люди в окрестностях мертвы. В НКОУ её считают переносчиком инфекции. Попутно Диана ищет способ не выдавать руководству дневник Майи.

Эдвин Майуя после возвращения обнаруживает в себе дар исцелять генетические отклонения у плода ещё во время беременности. Слава о целителе быстро распространяется, привлекая внимание Центра 4400, НКОУ и общественности. Однако с прошлым Эдвина оказывается не всё так гладко. В то же время Кайл начинает вспоминать где он был и что делал во время своих помрачнений, а уборщик здания, с крыши которого стреляли в Кольера помогает составить фоторобот убийцы, похожий на Кайла. Всё это пугает Кайла.

НКОУ идёт по следу убийцы Кольера. Кайл пытается спрятаться, а Том узнаёт секрет Кайла.

У Майи поднялась температура и появилась странная сыпь на коже. Диана отводит дочь в медицинский центр НКОУ, но в это время в управлении НКОУ начинаются странные вещи: сначала все получают электронные письма с угрозами, а затем все мужчины как будто сходят с ума и начинают вести себя агрессивно.

Диана обнаруживает что из истории болезни Майи пропадает пятая страница, а затем чудесным образом возвращается с вычеркнутыми строками. Такая же болезнь охватывает сотни человек из числа вернувшихся. На должность начальника НКОУ временно возвращается Дэннис Райланд и пытается уговорами или силами собрать всех пришельцев в карантине.

Скрывающиеся вернувшиеся пытаются найти лекарство от болезни. НКОУ пытается силой изолировать всех пришельцев. Том и Диана, знающие правду о болезни, оказываются меж двух огней.