Als das „Mutant X“-Team im Geheimlabor eintrifft, in dem Shalimars Vater maßgeschneiderte Mutanten herstellt, erschüttert eine Explosion das Gebäude. Jesse, Brennan und Shalimar kommen heil davon, doch für Emma kommt jede Hilfe zu spät und von Adam fehlt jede Spur. Eckhart schlägt ihnen jedoch für Adams sichere Rückkehr einen Handel vor. „Mutant X“ erhält dabei Unterstützung von der hübschen Mutantin Lexa, die die Fähigkeit besitzt, sich unsichtbar zu machen.

Brannan und Shalimar gehen einem Tip von einem Informanten nach. Die beiden beobachten die Übergabe einer gefährlichen neuen Waffe, die eine hochgiftige Substanz enthält. Die Spur führt sie weiter in ein Casino, das von Kirsten Greg geleitet wird, die ebenfalls in die Sache verwickelt zu sein scheint. Das Mutant-X-Team muss den Handel mit dieser Substanz unbedingt verhindern, denn einige internationale Terroristen sind bereits hinter dem Präparat her.

Auf einer Militärbasis wurden Soldaten und Wissenschaftler mit einem gefährlichen Parasiten infiziert. Brennan, Shalimar und Lexa müssen schnellstens ein Gegenmittel finden. Die Zeit drängt, denn der kommandierende General Klein will die Basis mitsamt der Soldaten vernichten, um eine Ausbreitung der Seuche zu verhindern.

Das Mutant-X-Team muss einen Serienkiller schnappen. Dessen Morde weisen dieselben Muster auf, wie die von Lee Marke, einem Psychopathen, der bereits seit Jahren in einer Nervenklinik lebt. Shalimar bittet ihre Freundin Andrea um Hilfe. Diese hat telepathische Fähigkeiten und vermutet, dass der Mörder in die Gedankenwelt von Marke eindringen kann. Gemeinsam suchen sie den Killer in der Anstalt auf, doch der will nicht kooperieren.

In einem Nachtclub bekommt Lexa unbemerkt eine Droge verabreicht. Sie wird daraufhin aggressiv und bricht schließlich bewusstlos zusammen. Ihre Freunde vom Mutant-X-Team machen sich große Sorgen und beginnen zu recherchieren. Die fragliche Droge wurde entwickelt, um die Angriffslust von Mutanten zu kontrollieren; mit tödlichen Nebenwirkungen: Wenn sie nicht schnell ein Gegenmittel finden, droht Lexa der sichere Tod.

Dr. Palance, Leiter einer psychiatrischen Klinik, bittet das Mutant-X-Team, eigenartige Vorkommnisse zu untersuchen. Die Anstalt wurde nach einem verheerenden Brand erst vor kurzem wiedereröffnet, und nun scheint es dort zu spuken: In den Fluren des neuen Gebäudes werden manchmal die Stimmen singender Kinder wahrgenommen. Auch Brennan und Lexa wiederfahren bald unerklärliche Dinge.

Das Mutant-X-Team soll den gefährlichen Supermutanten Kristoff, der mit seinen Anhängern im Wald lebt, schnappen. Doch auf dem Weg zu ihrem Einsatz wird das Flugzeug des Teams beschossen. Shalimar wird hinauskatapultiert und landet verletzt im Wald. Kristoffs liest sie auf und heilt ihre Verletzungen. Allmählich erkennt Shalimar, dass der gefürchtete Mutant völlig harmlos ist. Was die beiden nicht ahnen: In Kristoffs Anhängerschaft wurde längst ein Spion eingeschleust.

Brennan und Shalimar geraten in einen riesigen Heuschreckenschwarm. Sie bringen eines der Insekten zu einer Wissenschaftlerin, die Erschreckendes herausfindet: Die Heuschrecken wurden genetisch manipuliert und könnten innerhalb kurzer Zeit sämtliche Getreidevorräte der Erde vernichten. Auf der Suche nach dem Verantwortlichen stößt das Mutant-X-Team auf einen dubiosen Agrarkonzern.

Nachdem Jesse und Brennan ein Computergame gespielt haben, passieren im Versteck des Mutant-X-Teams sonderbare Dinge. Plötzlich bricht Feuer aus und das Sicherheitssystem erkennt Shalimar und Lexa als Eindringlinge. Es stellt sich heraus, dass hinter all diesen Vorkommnissen ein querschnittsgelähmter Mutant steckt, der mit dem Team noch eine Rechnung offen hat.

Mehrere Mutanten wurden bereits Opfer von skrupellosen Organhändlern. Auch Lexas Zwillingsbruder Leo, der die Fähigkeit hat, sich in andere Personen zu verwandeln, gerät ins Visier der Gangster. Drahtzieher ist Charles Carter, ein telekinetisch begabter Mutant, dessen Körper nach einer Herztransplantation das neue Organ nicht annehmen möchte. Leos Herz könnte ihn vor dem Tod bewahren.

Lexa trägt einen neuen Auftrag an Brennan heran. Die Mutantin Samantha Bennett hat Lexa versprochen, dass sie hunderte Menschenleben retten kann. Für nähere Informationen soll sich das Team mit ihr in der Firma Broder Biochem treffen. Als Brennan auf Samantha trifft, erklärt sie ihm, dass sich in dem Gebäude eine Bombe befindet. Brennan gelingt es zwar, die beiden Wachen auszuschalten, doch er kommt zu spät und die Bombe explodiert. Plötzlich findet er sich in der Mutant X-Zentrale wieder. Ist er in der Zeit zurückgereist? Hat er nun mit Samanthas Hilfe die Möglichkeit, die Explosion zu verhindern?

Brennan und Shalimar versuchen einen Flugzeugabsturz aufzuklären. Doch Mitarbeiter der Regierung sind bereits vor Ort und schaffen Leichen in silbernen Anzügen aus dem Wrack. Bei der Absturzstelle treffen sie auf Eddie Boyle, der früher als Reporter gearbeitet hat. Seit er einen Mann gesehen hat, aus dessen Händen Strom geflossen ist, hat er sein Leben der Suche nach Aliens verschrieben. Er ahnt jedoch nicht, dass es sich bei diesem Mann nicht um einen Alien gehandelt hat, sondern um Brennan. Aus schlechtem Gewissen versucht Brennan Eddie zu helfen, den Flugzeugabsturz aufzuklären.

Lexa soll im Auftrag des Dominion ein Gemälde stehlen, in dem ein Code versteckt sei, der in den falschen Händen großen Schaden anrichten könne. Aber der Diebstahl misslingt, weil Lexa von Randall Blake ausgetrickst wird, einem Mutanten, der auch hinter dem Bild her ist. Beim zweiten Versuch gelangen Jesse und Lexa an das Gemälde – doch dann taucht wieder Blake auf. Es zeigt sich, dass der Code auf drei verschiedene Bilder verteilt ist und dass man sie alle braucht, um ihn zu benutzen. Da eines der Bilder bereits in Blakes Besitz ist, muss Lexa auf der Suche nach dem dritten Bild gezwungenermaßen mit Blake zusammenarbeiten.

Das Mutant X-Team erfährt, dass Mitglieder des Dominion entführt und versteinert worden sind. Der Kidnapper fordert Geld und droht alle zwölf Stunden eine Geisel umzubringen. Als Entführer steht bald Keith Burstyn fest, der sich am Dominion rächen will. Zeitgleich meldet sich der für tot gehaltene Adam bei Shalimar. Er erklärt ihr, dass er seinen Tod vortäuschen musste, um einem Verfolger zu entkommen. Adam glaubt, dass dieser auch der Geiselnehmer ist. Doch was hat Burstyn mit dem Vorfall zu tun? Wird er nur von jemandem benutzt? Die Lage spitzt sich zu, als auch Brennan in die Gewalt des Kidnappers gerät.

Vier Männer stehlen den Inhalt eines Bankschließfaches, das auch den Schlüssel zu einem Safe des Dominion enthielt. Da sich in dem Dominion-Safe Dokumente zu einem brisanten Forschungsprogramm befinden, wird das Mutant X-Team beauftragt, diesen Schlüssel sicherzustellen. Als sich Brennan das Überwachungsvideo der Bank ansieht, erkennt er in einem der Räuber seinen früheren Partner Cole. Deswegen beschließt er, die Viererbande zu infiltrieren, um den Schlüssel an sich zu nehmen und dann selbst die Dominion-Unterlagen zu stehlen. Doch Brennan gerät dabei schnell zwischen die Fronten.

Das Mutant X-Team wird Zeuge, wie ein junger Mann ermordet wird und unmittelbar nach seinem Tod plötzlich um 50 Jahre altert. Jesses Nachforschungen ergeben, dass der Mann im 2. Weltkrieg einer Spezialeinheit namens „Tomcat“ angehört hat. An der Truppe wurden Tests mit einem Serum vorgenommen, das den Alterungsprozess stoppen sollte. Es zeigt sich, dass auch Jesses Großvater William Mitglied dieser Kampfflieger-Spezialeinheit war. Er ist jetzt der letzte Überlebende der Einheit und schwebt deswegen in größter Gefahr.

Jesse und Brennan werden in einer Bar plötzlich von einer Gang attackiert. Schließlich fällt ein Schuss, und Jesse bekommt die Kugel ab, die eigentlich Brennan gegolten hatte. Kaum hat das Team Jesse in die Mutant X-Zentrale gebracht, erhält Lexa einen Anruf von dem mysteriösen Schützen. Er erklärt, dass die Kugel in Jesses Körper mit Sprengstoff gefüllt ist. Falls ihm das Team nicht hilft, die Mutantin Laurel Brooks zu finden, droht er, die Munition explodieren zu lassen. Ein dramatischer Wettlauf gegen die Zeit beginnt.

Shalimars Freundin Britney verschwindet spurlos aus einem Nachtclub. Das Lokal gehört Nolan Blackledge, der früher für Genom X tätig gewesen ist. Shalimar und Lexa beginnen sich in dem Club umzusehen und finden heraus, dass Nolan in der Lage ist, Menschen zu klonen. So kann er für seine reichen Kunden „Frauen nach Wunsch“ erzeugen. Plötzlich werden Shal und Lexa von Unbekannten überrumpelt und zu Nolan gebracht, der die beiden ebenfalls klont und die Kopien zu Mutant X schickt. Doch Brennan und Jesse erkennen den Austausch zunächst nicht.

Ein Mutant, der vor einer Bestie auf der Flucht ist, ruft Brennan an und warnt ihn vor der „Prophezeiung“. Als Brennan und Shalimar sich auf die Suche nach dem Anrufer machen, werden sie attackiert und im letzten Moment von der Mutantin Riley gerettet. Gemeinsam versuchen sie den Angreifer ausfindig zu machen. Ihre Recherchen ergeben, dass es sich bei dem Wesen um einen fanatischen Anhänger des bereits verstorbenen Ashlocke handelt. Das Geschöpf hat es sich zur Mission gemacht, aus Ashlockes DNS ein Kind zu schaffen, das noch mächtiger sein soll als Ashlocke selbst.

Der Mutant Tony LaPorta arbeitet in einem Zirkus, in dem viele Mutanten beschäftigt werden, und will aus ebendiesem flüchten. Lexa erfährt von Tony, dass dieser vom Dominion verfolgt wird. Während Brennan und Shal in dem Zirkus als Artisten anheuern, um sich dort unauffällig umsehen zu können, findet Jesse heraus, dass Mutanten überall dort verschwinden, wo der Zirkus gastiert. Nach intensiven Recherchen macht das Team eine schockierende Entdeckung: Der Zirkusdirektor Devlin arbeitet offenbar für Mason Eckhart und soll in dessen Auftrag möglichst alle existierenden Mutanten töten.

Lexa wird von ihrem Dominion-Kontaktmann aufgefordert, noch einen letzten Auftrag im Zusammenhang mit Mutant X auszuführen: Sie soll ihm Jesse ausliefern. Denn laut Dominion haben alle Mutanten „Verfallsdaten“, aber Adam suche schon seit Jahren nach einem Weg, diese auszuschalten. Bei Jesse sei ihm dies offenbar gelungen, denn er hätte laut seiner Akte vor zwei Wochen sterben müssen. Lexa weigert sich, Jesse auszuliefern, übergibt Dominion jedoch Adams Forschungsunterlagen. Da Dominion dies nicht genügt, nehmen sie Lexa gefangen. Jesse, Brennan und Shal wollen Lexa befreien und bitten Adam um Hilfe.