Die junge Emma wird von ein paar Männern verfolgt, doch in letzter Sekunde kommen ihr eine Frau und ein Mann mit unglaublichen Fähigkeiten zu Hilfe und bringen sie in Sicherheit. Der Wissenschaftler Adam Kane erklärt ihr, dass ihre Retter – Jesse und Shalimar – ihre Kräfte einem geheimen Genexperiment der Firma Genom X „verdanken“. Adam hat früher selbst für die Firma gearbeitet, versucht nun aber, die Mutanten zu finden und zu beschützen. Denn sein ehemaliger Partner Mason Eckhart will sie für seine kriminellen Machenschaften benutzen. Auch Emma sei Teil des Experiments gewesen und daher in großer Gefahr.

Im letzten Moment können Adam, Jesse und Shalimar Emma vor Mason Eckhart retten. Doch Eckhart hat noch immer Brennan in seiner Gewalt und setzt ihm ein elektronisches Kontrollgerät ein. Dieses Implantat verhindert, dass Brennan seine Kräfte einsetzt. Außerdem zwingt es ihn dazu, den Befehlen von Eckhart zu gehorchen – ansonsten erleidet er fürchterliche Schmerzen. Während Adam, Shalimar und Emma alles Erdenkliche versuchen, um Brennan zu finden, erhält dieser von Eckhart den Befehl, Jesse zu töten.

Die junge Mutantin Tina wird von zwei russischen Kriminellen bedroht, die im Besitz einer außergewöhnlichen Waffe sind. Jesse und Brennan können Tina gerade noch rechtzeitig zu Hilfe kommen, doch bei dem anschließenden Kampf wird Brennan angeschossen. Er verliert seine Kräfte, und auch sonst verschlechtert sich sein Zustand rapide. Adam sieht nur eine Möglichkeit, Brennan noch zu retten: Shalimar, Emma und Jesse müssen die Waffe finden, um durch sie die Wirkung umzukehren. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt.

Shalimar soll die „Wilde“ Donna überreden, zu ihrem eigenen Schutz in den Untergrund zu gehen. Als sie Donna aufsucht, trifft sie auf Richard, der auch ein „Wilder“ zu sein scheint. Shalimar fühlt sich sofort zu ihm hingezogen, aber dann stellt sich heraus, dass er als Wissenschafter bei Genom X arbeitet. Shalimar schleicht sich dort ein, um von Richard Antworten zu bekommen. Er erklärt ihr, dass er ein Serum entwickelt hat, mit dem man die genetischen Mutationen rückgängig machen kann. Er möchte, dass sie es beide testen, um endlich ein normales Leben führen zu können. Doch er ahnt nicht, dass das Mittel tödlich ist.

Ein Mutant, der sich Kilohertz nennt, fordert über alle Fernsehsender und Computer des Landes die Mutanten dazu auf, sich nicht mehr unterdrücken zu lassen und selbst die Macht zu übernehmen. Kilohertz ist anscheinend in der Lage, elektronische Systeme außer Kraft zu setzen, und besitzt somit eine ungeheure Macht. Adam und sein Team versuchen verzweifelt Kilohertz zu finden, um ihn aufzuhalten, bevor er völlig außer Kontrolle gerät. Aber auch Mason Eckhart hat Interesse an dem Mutanten. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt.

Ein unbekannter Virus breitet sich plötzlich rasant in der ganzen Stadt aus. Er befällt neue Mutanten, die daraufhin zuerst ihre Kräfte verlieren und schließlich sterben. Brennan hat sich bereits mit dem Virus infiziert, und die Wahrscheinlichkeit, dass sich Shalimar, Emma und Jesse ebenfalls angesteckt haben, ist sehr hoch. Adam macht sich sofort auf die Suche nach einem Gegenmittel, hat jedoch keinen Erfolg. So bleibt ihm nichts anderes übrig, als gemeinsam mit seinem Rivalen Mason Eckhart nach einem wirksamen Mittel zu suchen.

Ashley hat ihre Mutation verändert und ist nun unersättlich nach Energie. Da sie dadurch sehr gut als Waffe eingesetzt werden könnte, wäre Ashley für Mutantenjäger Cross besonders wertvoll. Ashleys Verlobter verrät Cross gegen Bezahlung, wo er die Mutantin finden kann. Im letzten Moment können Adam und sein Mutant X Team Ashley vor Cross retten. Aber die junge Frau kann nicht glauben, dass ihr Verlobter sie verraten hat, und verlässt trotz aller Warnungen die Zentrale. Dadurch gerät sie jedoch in größte Gefahr.

Jesse hat sich in die Computerhackerin Toni verliebt, die inzwischen aber bereits seit längerer Zeit ein ehrliches Leben führt. Indessen hat Mason Eckhart große Probleme mit dem Computersender „Proxy Blue“, der heikle Details über Genom X verbreitet. Er lässt Toni mit Hilfe von Kendra McAvoy entführen, damit die Spezialistin den Sender „Proxy Blue“ umprogrammiert. Während Jesse in größter Sorge um seine Freundin ist, bemerkt Adam, dass Toni sich in das System von Mutant X gehackt und Dateien gestohlen hat.

Der kleine Josh Valentine hat außergewöhnliche Fähigkeiten. Joshs Vater Corbin ist ein berühmter Astronaut und möchte seinen Sohn zu Mason Eckhart schicken, damit dieser Josh von seinen Fähigkeiten „heilt“. Doch Corbins Frau Lisa spürt, dass man Eckhart nicht vertrauen sollte. Daher lässt sie Josh zum Schein entführen, um ihn so vor den Plänen ihres Mannes zu beschützen. Trotzdem gelingt es Eckhart, Josh in seine Gewalt zu bringen.

Genom X führt eine Testreihe für ein neues Serum durch, das die körperliche Stärke verbessern soll. Als Testpersonen werden Soldaten einer Eliteeinheit benutzt, die jedoch nicht wissen, womit sie geimpft werden. Aber schon kurz darauf sterben während eines Einsatzes bis auf zwei Soldaten alle Versuchspersonen. Die beiden Überlebenden flüchten und finden schließlich Unterschlupf bei Mutant X. Adam und sein Team versuchen die beiden Männer vor dem Tod zu bewahren, doch Mason Eckhart will sie um jeden Preis wieder in seine Gewalt bringen.

Adam hat einen Sequenzer gebaut, der unkontrollierte Mutationen rückgängig machen kann. Das Gerät wird aber von einem Mutanten gestohlen, der sich anscheinend unsichtbar machen kann. Brennan und Jesse machen sich wegen des Diebstahls große Sorgen, und so ist das Team umso erstaunter, als Adam relativ gelassen reagiert. Misstrauisch stellen Brennan und Jesse weitere Nachforschungen an und finden schließlich heraus, dass es sich bei dem Dieb um Adams Exfreundin Danielle handelt, die den Sequenzer für ihre Tochter Catherine benötigt.

Brennan und Emma treffen sich mit Maddie Conlan, einer alten Freundin von Brennan. Doch die beiden ahnen nicht, dass es sich dabei um eine Falle von Mason Eckhart handelt. Brennan kann Emma und sich selbst gerade noch rechtzeitig in Sicherheit bringen. Aber niemand hat bemerkt, dass Emma von elektromagnetischen Wellen getroffen wurde, die eine Aufspaltung ihrer Gene bewirken. So entstehen zwei Emmas, die äußerlich vollkommen identisch sind und sich nur in ihrem Charakter unterscheiden. Es kommt bald zu einer gefährlichen Verwechslung.

Jesse trifft in einer Parkgarage zufällig auf seinen Vater Noah, der anscheinend verfolgt wird. Wenig später erhält Jesse einen Anruf seines Vaters, der ihm erklärt, dass er von seinem alten Arbeitgeber verfolgt wird, weil er Informationen über einen brisanten Fabrikunfall gesammelt hat. Adam ist allerdings misstrauisch und glaubt, dass Noah etwas im Schilde führt. Doch Jesse will von Adams Vorbehalten nichts wissen und begibt sich dadurch in große Gefahr.

Die neue Mutantin Charlotte Cooke wendet sich Hilfe suchend an Adam. Charlotte kann durch eine einzige Berührung die moralische Einstellung eines Menschen von Gut in Böse wandeln. Aber es stellt sich bald heraus, dass Adam Charlottes Vater ins Gefängnis gebracht hat, wo dieser Selbstmord begangen hat. Nun möchte sich Charlotte an Adam rächen und soll im Auftrag von Mason Eckhart Mutant X infiltrieren und zerstören. Sie hat Adam bereits durch ihre Fähigkeiten auf ihre Seite gezogen: Er ist plötzlich aggressiv, unberechenbar und offenbar sogar dazu bereit, seine Freunde zu verraten.

Seit einiger Zeit werden immer wieder Zufluchtsorte der Mutanten von Genom X-Agenten entdeckt und verwüstet. Als sich Adam und Emma die Überwachungsvideos ansehen, erkennt Emma darauf ihre alte Freundin Michelle wieder. Bei einem Treffen der beiden stellt sich allerdings heraus, dass Michelle für Eckhart arbeitet. Sie kann ihr Gehirn direkt mit Computern vernetzen und hat Eckhart so dabei geholfen, die Verstecke der neuen Mutanten aufzuspüren. Emma möchte Michelle in Eigenregie auf die richtige Seite zurückbringen. Doch als ihr Plan fehlschlägt, bringt sie sich und ihre Freunde in höchste Gefahr.

Adam wird von seiner alten Freundin Megan kontaktiert. Sie möchte, dass er ihrem Freund Griffin hilft, der ein neuer Mutant ist. Doch Adam ahnt nicht, dass Griffin die Fähigkeit besitzt, bei anderen Erinnerungen zu löschen und falsche einzusetzen. Als Adam bei Megan ankommt, gerät er sofort in einen Streit mit Griffin, und als er später aus einem komatösen Schlaf wieder erwacht, findet er sich neben Megans Leiche wieder. Griffin bedroht ihn mit einer Waffe und beschuldigt ihn, Megan ermordet zu haben.

Der Dieb Zack Lockhard wird von Genom X beauftragt, ein Fabergé-Ei zu stehlen. In dem Ei befindet sich ein Mikrochip, der einen genetischen Code beinhaltet, mit dem man den menschlichen Willen beeinflussen können soll. Brennan und Emma können Zack gerade noch aufhalten, und Shalimar ist alles andere als erfreut, in dem Dieb ihren Ex-Freund zu erkennen. Nun versuchen die Mutanten mit Lockhards Hilfe selbst das Fabergé-Ei zu stehlen. Doch auch Eckhart ist weiter fest entschlossen, das Ei in seinen Besitz zu bringen.

Shalimar und Brennan treffen sich mit dem neuen Mutanten Henry Voight. Er hat die Fähigkeit, die Gedanken anderer zu kontrollieren und seine Opfer in ihren Alpträumen gefangen zu halten. Brennan und Shalimar realisieren nicht, dass Henry für Eckhart arbeitet. Shalimar ist sein erstes Opfer: Er lässt sie glauben, dass sie Mutant X verraten hat. Auch Brennan, Jesse und Emma gehen Voight in die Falle: Die drei finden sich in einer Traumschleife wieder, in der sie mit ihren schlimmsten Alpträumen konfrontiert werden

Die neue Mutantin Lorna Templeton besitzt die Fähigkeit, sich Männer in kürzester Zeit komplett hörig zu machen. Sie ist – genauso wie Eckhart – auf der Jagd nach dem Computervirus „Anomite“. Eckhart könnte damit sämtliche Daten von Mutant X erlangen. Da es aber Lorna vor ihm gelingt, den Virus zu ergattern, versucht Eckart nun alles, um sie auf seine Seite zu ziehen. Als Brennan davon erfährt, macht er sich auf die Suche nach Lorna. Er kann die „Skorpionfrau“ tatsächlich aufspüren, doch sie versprüht ihr Gift, und Brennan verfällt ihr völlig.

Brennan und Jesse wollen sich aufgrund eines anonymen Hinweises mit einem neuen Mutanten in einem Lagerhaus treffen. Doch das Ganze erweist sich als ein weiteres Täuschungsmanöver von Genom X. Jesse und Brennan können zwar entkommen, aber damit ist die Gefahr noch nicht gebannt. Denn wenig später gibt die Reporterin Proxy Blue bekannt, dass sie den Kampf in dem Lagerhaus gefilmt hat. Daher habe sie nun genügend Material, um die Öffentlichkeit über die Existenz von Mutant X und Genom X zu informieren.

Gabriel Ashlocke, der erste von Genom X kreierte neue Mutant, verschwindet plötzlich. Das beunruhigt nicht nur Mason Eckhart, sondern auch Adam, weil er weiß, welche enormen Fähigkeiten Gabriel besitzt. Gabriel und seine Anhänger gründen eine neue Gemeinschaft – The Stand -, die Mutant X gegenüber feindlich gesinnt ist. Adam warnt alle, dass Gabriel extrem gefährlich ist und dass man ihm nicht vertrauen darf. Doch Gabriel verwendet seine Fähigkeit zu überzeugen und rekrutiert bei Mutant X ein neues Mitglied: Shalimar.