Shawn e Gus indagano sulla scomparsa della figlia di una nota famiglia appartenente alla Triade Cinese.

Lassiter cerca di scaricare lo stress accumulato lavorando con i suoi nuovi partners, mentre Juliet segue le tracce di un assassino.

Shawn e Gus si occupano di un avvocato che crede di aver assistito a un rapimento da parte degli alieni. Per capire meglio su cosa stanno indagando chiedono aiuto a un vecchio amico d'infanzia, Dennis.

Gus e Shawn indagano su un caso di omicidio che porta alla scoperta di una frode.

Un ladro di auto viene assassinato e l'unico modo per risolvere il caso è lavorare sotto copertura. Purtroppo però Shawn si cala troppo nella parte del pilota di auto da corse.

Shawn e Gus danno una mano a due poliziotti in pensione che stanno indagando per scagionare il loro ex capo da un'accusa di omicidio.

Dei prigionieri diretti a Channel Island per scontare la pena, riescono a liberarsi e a nascondersi sul traghetto che li sta trasportando. Gus e Shawn aiutano la guardia carceraria che li aveva in custodia a ritrovarli.

Shawn si ritrova a competere con un esperto criminologo arrivato in città per aiutare la polizia a risolvere una serie di omicidi collegati alla donazione di organi.

Una spia viene accusata di un crimine che non ha commesso e decide di rivolgersi a Shawn e Gus per provare la sua innocenza.

Shawn e Gus tornano a Vancouver quando Desperaux scappa di prigione e chiede aiuto ai due per riabilitare il suo nome.

Shawn si trova a dover scegliere se andare a una festa con Gus o con Juliet, che gli ha regalato i biglietti a sorpresa. Tuttavia la questione passa in secondo piano quando si ritrovano coinvolti in un omicidio avvenuto proprio durante il party.

Mentre stanno aiutando il dipartimento con un caso, Shawn e Gus infrangono parecchie regole del codice e così il Capo Vick gli ordina di frequentare l'Accademia di Polizia per tre settimane per un corso intensivo sul regolamento.

Shawn comincia a chiedersi come sarebbe stata la città se lui non fosse mai ritornato dopo che per sbaglio fa licenziare Henry e il team da un caso molto importante.

Per salvare un orso polare ritenuto responsabile della morte del suo ammaestratore, Shawn decide di trovare il vero assassino.

La trilogia Yin/Yang giunge a una conclusione emozionante quando Shawn e Gus corrono a salvare una donna rapita da Yin. Solo che questa volta, sono costretti ad usare la conoscenza di Yang su Yin per risolvere il caso, permettendole di accompagnarli nell'indagine.