Amikor egy titokzatos idegen tárgy megtámad egy hatalmas hadihajót az óceánon, az FBI azonnal Dr. Molly Anne Caffrey-hez, egy kontingencia-elemzőhöz fordul, aki hasonló krízishelyzetekről már számos tanulmányt írt. Arra kérik, hogy ő legyen a vezetője annak az általa összeállított Vörös Egység nevű csapatnak, akik eme kényes üggyel foglalkoznak. Így lesz a Vörös Egység tagja Nigel Fenway mikrobiológus, Lucas Pegg csillagászati mérnök és Arthur Ramsey alkalmazott matematikus. A hajóra érvén pedig a csapatot iszonyatos látvány fogadja.

Gunnerson megjelenik Molly házában, hogy megölje őt, amikor is Molly-nak sikerül megmenekülnie, miközben a férfi rejtélyes módon eltűnik. Gunnerson különös szavait visszafelé lejátszva aztán ijesztő üzenet fültanúi lesznek a Vörös Egység tagjai. Lucas letagadja, hogy neki is hasonló álmai lettek volna, mint Cavennaugh-nak és Dr. Caffrey-nek. Molly szerint vélhetően a legénység többi eltűnt tagja is életben lehet, s az elsődleges szempont, hogy megtalálják és elszigeteljék őket. Lucas a kamerán található felvétel hangjának elemzése közben furcsa dologra figyel fel.

Gunnerson lőtt sebei ugyan begyógyultak, ám a férfi egy kómához hasonló állapotban fekszik, immár napok óta. A hajó legénységének egy újabb tagja bukkan fel, amikor segélyhívás érkezik egy gyorsétteremből. A férfit nem sokkal később holtan találják eltorzult arccal, de kiderül, hogy az illető mégsem a hajón dolgozott. Molly újra álmodik, ezúttal egy maszkos férfiról, aki mutatni akar neki valamit. Ezután pedig gyilkosság történik.

Egy skizofrén férfi eltűnik a pszichiátriai intézetből. Molly és Cavennaugh megdöbbentő rajzokat találnak a férfi szobájában: a falak teli vannak az üvegfákról készült alkotásokkal, amelyek pontosan olyanok, mint amilyennek Molly-ék látták álmukban. Kiderül, hogy a férfit szökés közben az intézet elektromos kerítése sem állította meg. Lucas beizzítja a sokkoló-fegyvert, hogy az mindenképpen használható legyen a szökevény ellen, aki eközben megtámad egy lányt a házában.

Egy hajóépítő gyár kirablása után az egyik menekülő gyanúsított megöl egy rendőrnyomozót. Molly és Cavennaugh - mint a nemzetbiztonság alkalmazottai - próbálnak meg fényt deríteni az ügyre. Ám nem tudják, hogy közben az igazi belső elhárítási szakosztály emberei is az eseten dolgoznak és nagy erőkkel próbálják megoldani a rejtélyt, ami egyre több áldozatot követel.

Egy Miamiban lévő üveggyárba betörnek, hogy egy illegális bulit tartsanak, ám a parti katasztrófába torkollik, amikor a hangszórókból fülsiketítő zaj hallatszik. Az emberek többségének vérzik az orra, ami egyértelműen az idegen zaj hatása lehet. Caffrey mindent elkövet, hogy az összes embert megtalálja és megmentse, de J.T. máshogyan gondolja: szerinte azok az emberek már megváltoztak és azt javasolja, hogy egy másik bázisra vigyék őket. Nigel azonban talál egy lehetséges gyógymódot.

Road Island-en többen is üvegfákról álmodnak, majd megjelenik egy újságcikk, amelyben felmerül a "Küszöb" fedőnév és Molly neve is. Szerencsére azonban a sztori egyelőre nem említi az idegeneket. Arthur és Lucas néhány ügynökkel együtt Road Island-be utaznak, hogy ellenőrizzék a feltételezhetően fertőzött egyéneket. Az emberekről később kiderül, hogy valójában még nem fertőződtek meg, talán csak fertőzött ételt fogyasztottak.

Több helyen erőszakos cselekmények történnek a városban. Molly és Cavennaugh a Nemzetvédelem nevében kezdenek el nyomozni az ügyekben, és hamarosan megállapítják, hogy egy kisebb járvány tört ki. Egy fertőzött nő ugyanis elkészítette az üvegerdő másolatát. Majd az is kiderül, hogy az egyikük, akit sikerült elfogni, állapotos.

A Küszöb parancsnokságról megszöknek a fertőzöttek, de szerencsére sikerül őket hatástalanítani. Molly éppen ezért úgy dönt, hogy ideje a rabokat elszállítani. Kiderül, hogy Adams őrnagynak, aki vigyázott rájuk, hallucinációi voltak és emiatt sikerült a fogva tartottaknak megszökniük, s így már szinte biztos, hogy Adams megfertőződött. Molly-ra később rátámadnak a saját lakásában, mialatt Cavennaugh-ékat is támadás éri.

Úgy tűnik, hogy a fertőzöttek megölik a saját egyedeiket, hogy az ő vérükből kivont anyaggal fertőzzék meg az emberek élelmiszerkészletét. Lucas-nak eközben rémálmai vannak, s Molly megpróbálja kitalálni, hogy Lucas a fertőzés második fázisába vajon magától került, vagy esetleg külső behatás miatt rosszabbodott az állapota. Egy új orvos is csatlakozik a csapathoz, aki a génmanipulált növények tudományában jártas. Molly később egy furcsa telefonhívást kap, miszerint valaki az általa idegeneknek nevezett lények szándékáról beszél.

Ramsey együtt volt egy táncosnővel, akit a szeme láttára ölt meg egy másik idegen. A nyomozás során ráadásul az is kiderül, hogy a nő szintén idegen volt. Ramsey persze nagyon megijed, mert a fertőzés köztudottan szexuális úton is terjed. Nem sokkal később több idegen holttestet is találnak, akik hasonló halálesetek áldozatai lehetnek. Ezért úgy tűnik, hogy van egy idegen, aki a saját fajtáját gyilkolja.

Bár az idegenek vezetője immár halott, feltehetően még csaknem kétszáz fertőzött található a városban. Ráadásul az idegen állapotos nő hamarosan szülni fog - a mindössze pár hónapos terhessége után. Amikor a kicsi világra jön, elveszik az anyjától, aki annyira feldühödik, hogy majdnem megöli Ramsey-t és Lucas-t. Molly eközben egy olyan városba keveredik, ahol minden egyes ember idegen.