Nella prima puntata di questa stagione conosciamo quattro ragazzi di Baltimora Ovest: Duquan "Dukie" Weems, Michael Lee, Randy Wagstaff e Namond Brice. Prez si prepara alla sua nuova carriera d'insegnante; infine, l'unità investiga sull'organizzazione che ha ora potere a Baltimora Ovest, quella di Stanfield.

Hauk lavora ora come addetto alla sicurezza del sindaco: becca il sindaco in una posizione compromettente, e decide di usare la cosa a proprio vantaggio. Un altro omicidio di un testimone porta un danno d'immagine a Carcetti in un dibattito con Royce. Infine, Marlo dona del denaro ai bambini del vicinato, e Michael attira la sua attenzione quando rifiuta l'elemosina.

Royce si vendica di Carcetti coi suoi poteri da sindaco, ma si aliena il delegato di stato Watkins quando rifiuta di finanziare il programma di protezione testimoni; Bunk fa visita a McNulty e Badie Russell, e scopre con sorpresa Jimmy sobrio e contento della vita casalinga; infine, Proposition Joe e la sua organizzazione, la New Day Co-Op, affrontano alcuni problemi.

A Greggs, appena assegnato all'unità omicidi, viene assegnato il caso di un testimone di alto profilo nel tentativo di rallentare le indagini; Freamon si unisce a Bunk nel cercare il sospetto mancante e suggerisce che potrebbe essere stato ucciso e nascosto; infine, Marlo perde una grossa cifra a poker.

Carcetti apprende che Greggs è stato assegnato al caso del testimone e usa l'informazione contro Royce; Watkins fa un alleanza con Carcetti; Marlo cerca di far entrare Michael nell'organizzazione, ma lui rifiuta; infine, Marlo cerca di far incastrare Omar per omicidio.

Namond viene pressato dalla madre ad entrare nello spaccio di droga, quando vengono tagliati fuori dagli scampoli dell'organizzazione Barksdale (che li supportava); Randy confessa ai suoi insegnanti la sua partecipazione all'omicidio, e viene affidato alle cure del sergente Carver; infine, Marlo viene arrestato grazie alla trama organizzata da Omar.

Royce e Carcetti fanno pace; Omar convince Bunk ad aiutarlo a provare la sua innocenza; Marlo ruba la camera di sorveglianza, provocandolo con un atteggiamento molto più diretto; infine, Greggs capisce che l'uccisione del testimone è stata accidentale.

Colvin usa la logica di strada in classe, ed è accolto con entusiasmo, particolarmente da Namond; Michael è devastato dal fatto che il patrigno sia tornato a vivere con lui; Bunk espone il caso di Omar ai suoi colleghi ma non vuole che si immischino nel caso. Infine, Carcetti discute i suoi piani come nuovo sindaco.

Bubbles identifica un testimone per Herc ma Herc fallisce nel contraccambiare il favore non proteggendolo dal suo tormentatore; Colvin offre un incentivo alla sua classe; infine, Marlo finalmente entra nella Coop e i suoi scagnozzi se la prendono con gli spacciatori di New York.

Carcetti affronta un dilemma per una lamentela da parte del ministro contro Herc; Carcetti incita gli altri dipartimenti all'azione mettendo sul tavolo non meglio specificate lamentele; infine, Randy affronta il bullismo dei compagni di scuola dopo che viene spacciato come informatore.

Omar orchestra il furto di un carico della Co-op; Michael viene addestrato come sgherro nella organizzazione di Stanfield e si aliena violentemente Cutty e Namond; infine, Bubbles prepara un veleno per il suo tormentatore ma Sherrod la prende per sbaglio e muore.

Bubbles tenta il suicidio dopo aver confessato la sua parte nella morte di Sherrod e viene portato in riabilitazione; Freamon comincia a costruire la sua indagine e prende campioni di DNA di Chris e Snoop; infine, l'omicidio ordinato da Marlo è l'ultima goccia per Bodie, che si rivolge a McNulty.