Dopo l'insuccesso dell'indagine sugli affari dei Barksdale, Pearlman e Daniels pensano di mollare le intercettazioni, di fatto disfacendo la squadra; nel frattempo, Carver ha a che fare con poliziotti incapaci, mentre i Barksdale sono alle prese con rivolgimenti interni.

McNulty dubita della veridicità del suicidio di D'Angelo, e comincia un'indagine non ufficiale; Cheese partecipa a un incontro di cani clandestino, e uccide il suo pitbull dopo l'incontro, creando un fraintendimento con chi lo sta intercettando; infine, Omar Little torna a Baltimora.

Colvin partecipa al meeting settimanale con Carcetti, dove un altro maggiore viene licenziato a causa della pressione di Carcetti per ridurre il crimine; Omar e la sua gang scopre un magazzino dei Barksdale, e decide di attaccarlo nonostante la pesante sicurezza che lo circonda: scorrerà il sangue.

I residenti della parte occidentale di Baltimora hanno un sorprendente colloquio con Colvin ad una riunione di quartiere, ma non ha molto successo nel convincere gli spacciatori ad andare nelle zone di tolleranza; intanto, Stringer continua ad investire nello sviluppo di proprietà.

Stringer comincia a imparare la gestione degli affari edili, e esplora le opportunità delle nuove zone di tolleranza create da Colvin; Avon comincia una guerra di territorio con Marlo ma scopre l'inettitudine dei suoi uomini; infine, McNulty e Greggs sono pronti a rinunciare a beccare Stringer.

Daniels capisce la ragione per cui la sua unità è stata riassegnata e dice a McNulty che se ne andrà perché non si può più fidare di lui; l'unità scopre che gli spacciatori stanno usando telefoni usa e getta e comincia a formulare una strategia investigativa; infine il distretto ovest comincia a non trovare soddisfacenti le scelte politiche di Colvin.

Carcetti mette pressione a Burrell circa il programma di protezione testimoni; l'unità rintraccia chi compra i telefoni usa e getta per i Barksdale; Brianna e McNulty si incontrano; infine, Avon mette le sue truppe sulle tracce di Omar e cerca di mettere in trappola Marlo.

I Barksdale violano di proposito la tregua della domenica mattina tentando di uccidere Omar. Cresce il malcontento riguardo alla cooperazione a causa della guerra Barksdale/Stanfield. Infine, viene commesso un omicidio in una delle zone di tolleranza.

La guerra Barksdale/Stanfield continua ad intensificarsi con morti da entrambi le parti; Avon rifiuta di accettare il consiglio di Stringer di concordare una interruzione temporanea della cooperazione; torna Mouzone, e cerca vendetta; infine, anche Omar ha i suoi piani di vendetta contro Avon.

Cutty convince Amon a finanziare la sua palestra; Mouzone fa un alleanza con Omar quando scopre che Stringer l'ha tradito; Stringer nel frattempo scopre di essere stato fregato dai suoi agganci politici, e cerca di convincere Avon a ordinare l'omicidio del Senatore Davis. Infine, le intercettazioni cominciano a dare buoni frutti per quel che riguarda i Barksdale.

Avon, controvoglia, prepara le truppe per la guerra contro Marlo; la stampa va ad Hamsterdam e Royce capisce i suoi errori; intanto, McNulty non accetta il fatto che Stringer sia stato ucciso prima che lui riuscisse ad arrestarlo.