McNulty új szolgálati helye - Rawls ezredes bosszújaként - a vízirendőrség, az a hely, ahová a legkevésbé akart kerülni, miután a Barksdale elleni nyomozásra alakított különleges rendőri egységet feloszlatták. A sorozat második évadjának helyszíne a kikötő, egyik kulcsfigurája pedig Frank Sobotka, a kikötői szakszervezet főtitkára, aki éppen új ólomüveg ablakot adományoz a plébániatemplom számára röviddel azelőtt, hogy Valchek őrnagy is hasonló adománnyal jelentkezne Lew atyánál, ami gyorsan elmérgesedő viszályt szül a kikötői és a rendőrségi hatalmasság között. McNulty eközben egy fiatal nő holttestét halássza ki az öbölben.

A konténerben talált 13 női holttest miatt nagy a felfordulás a kikötőben éppúgy, mint a hatóságok körében, a különböző szervek egymás felelősségi körébe próbálják tologatni az ügyet. A templomi ablakok miatt kirobbant vita kezd egyre durvább formát ölteni Valchek rendőr őrnagy és Sobotka szakszervezeti vezető között. A börtönben az egyik őr, Wee-Bey egyik korábbi áldozatának rokona, feldúlja a lesittelt bérgyilkos celláját, mire az a szomszédos szárnyban raboskodó Barksdale-től kér segítséget.

Omar bujkálva is folytatja régi foglalkozását: drogdílereket fosztogat, csak akkor esik le az álla, amikor rajtaütés előtt két nő elhalássza az orra elől a zsákmányt. Amikor Nick panaszkodik, milyen kevés a munka a kikötőben, miközben neki egy gyereket is el kell tartania, akinek az anyját is szeretné végre feleségül venni, Sobotka fia, Ziggy azt ajánlja, kereskedjen ő is kábítószerrel, amire Nick nemet mond. Valchek őrnagy nem elégedett a Sobotka utáni nyomozásra kijelölt csapattal, és befolyásával arra kényszeríti Burrel rendőrfőnököt, hogy Daniels vezetésével igazi nyomozókból álló egységet állítsanak az ügyre.

Barksdale ügyvédje, Levy ajánlatot tesz a börtön igazgatójának: védence meg tudja nevezni a felelőst a mérgezés ügyében, ha enyhítik büntetését. D'Angelo sejti, hogy valójában Barksdale áll a mérgezés hátterében, és meg is mondja nagybátyjának, többet nem akar részt venni a család ügyeiben. Burrell minden áron meg akarja győzni Danielst, vállalja el a nyomozás vezetését a Sobotka-ügyben; Daniels elvállalja, azzal a feltétellel, hogy maga választhatja emg az embereit. McNulty összefut Bubblesszal, és ráveszi, hogy segítsen neki megtalálni Omart.

Ziggyt elkapják a fekete dílerek, és kemény határidőt szabnak ki tartozása visszafizetésére, ráadásul az autóját is elveszik. Sobotkának elege van abból, hogy a rendőrség kihallgatásokkal zaklatja az embereit, ezért találkozót sürget a Göröggel, aki azonban Vondast küldi maga helyett. Freamon gyanítja, hogy a 14 gyilkosság és a kikötői korrupció ügye kapcsolatban állnak egymással, és rábeszéli Danielst, hogy az egység mindkét ügyben nyomozhasson.

Omar a bíróságon terhelő vallomást tesz Madár ellen, és a maga cinikus modorával még a Barksdale-klán ügyvédjét, Levyt is sikerül kiborítania. Nick közli Vondasszal, hogy a kért vegyszereket meg tudja szerezni, de kéri, hogy előbb Vondas segítsen elsimítani Ziggy konfliktusát a dílerekkel. Freamon egy klónozott számítógép mellett figyeli a konténerek mozgatását, és hamarosan szabályosságot vesz észre, milyen esetekben tűnik el egy-egy konténer a rendszerből.

Miközben Freamon a számítógép mellett figyeli a kirakodást, Greggs álruhában a helyszínen azonosítja a legfrissebb "eltűnő" konténert, amit ezután már váltott autókkal követnek, ahogy elvontatják a kikötő területéről. Herc és Carver egy teniszlabdába rejtett mikrofonnal hallgatják le az egyik dílert, mikor megérkezik a színre Nick, aki kezdi átvenni az irányítást Ziggy zűrös drogügyleteiben. Joe ajánlatot tesz Stringernek, hogy ki tudná segíteni Barksdale-ék akadozó áruellátását, ha beengednék az általuk uralt városrészbe.

Sobotka gyanút fog, amikor be akarja fizetni elmaradt mobilszámláját, és megtudja, hogy a száma védett, amit a fizetés elmaradása esetén sem szabad kikapcsolni. McNulty már a kétségbeesés határára jutott szakmai és magánéleti kudarcai miatt. Ezt látva barátja, Bunk megpróbálja rábeszélni Danielst, vegyék be McNultyt a különleges egységbe.

Bodie és társai heves tűzharcba keverednek az utcasarkon a konkurens dílerbandával, és az összetűzésnek halálos áldozata is lesz. A Sobotka megfigyelésére kirendelt egység immár semmilyen értékelhető információhoz nem jut a lehallgatásokból, Sobotka mobilja is csöndes. A kikötő környékén uralkodó gyanakvás a görögök ügyleteit is szünetelteti, eközben Ziggy új üzleti terveket dédelget, ezúttal Nick közreműködése nélkül.

Stringer kiadja az utasítást, hogy három toronyházat át kell adni a keleti dílereknek, és amikor Bodie felháborodottan értetlenkedik, elmagyarázza, hogy mindez része a megállapodásnak, hogy újra jó minőségű anyagot tudjanak árulni. Az új felállás nem tart sokáig, mert feltűnik az ellentmondást nem ismerő Mouzone testvér. Valchek őrnagy, aki elégedetlen a Sobotka elleni nyomozás eredményeivel, az FBI szakszervezeti ügyekkel foglalkozó részlegének segítségét kéri. Ziggy eközben az éjszaka leple alatt megkezdi a nagy értékű személyautók lerakodását.

Nick, aki megúszta a razziát, apja tanácsára önként jelentkezik a rendőrségen. Miközben Vondas és a Görög távozásra készülnek, a kikötőbe egy újabb konténer érkezik 150 kg heroinnal. Bunk és Freamon a philadelphiai kikötő biztonsági kamerájának felvételén felismerik Szergej képét, aki amikor szorítóban érzi magát, hajlandó elmondani, amit a 14 meggyilkolt lány haláláról tud.