롤스의 보복으로 지미는 해상 경비대로 발령을 받고 대니얼스는 증거 관리부에서, 그레그스는 마약반 압수품 관리부에서 일하게 된다. 그렇게 각자의 위치에서 최선을 다하는 동안 박스데일 조직 또한 재기를 계획한다.

프랭크가 들여온 컨테이너에서 시신들이 발견되며 노조원들은 큰 곤경에 빠진다. 엎친 데 덮친 격으로 밸첵이 프랭크에게 원한을 품으며 사사건건 시비를 걸기 시작한다. 한편, 컨테이너에서 발견된 시신들과 맥널티가 바다에서 건져 올린 시신이 서로 관련이 있음이 밝혀진다.

맥널티는 항구에서 발견된 시신의 신원을 추적한다. 한편, 닉과 지기는 컨테이너에서 훔친 카메라를 그리스인들에게 팔고, 에이번은 교도관 틸먼에게 독극물이 든 마약을 팔게 한다. 교도소 내에 틸먼의 마약이 돌자 충격적인 일이 벌어진다.

교도소 내에서 쥐약이 섞인 마약을 복용한 재소자들이 사망하거나 병원에 실려 가는 사고가 발생하고 범인을 색출하기 위해 교정국과 경찰은 수사를 시작한다. 밸첵의 부탁으로 버렐은 소보트카를 잡기 위한 작전팀을 꾸리고 팀장으로 대니얼스 경위를 호출한다.

치즈에게 돈을 갚지 못하고 있는 지기는 점점 마음이 급해지고 닉에게 사정 얘기를 한다. 한편, 버드의 재판이 다가오자 벙크는 맥널티에게 자취를 감춘 오마를 찾아 달라고 부탁한다. 소보트카를 쫓던 팀원들은 그가 벙크의 사건에도 연루돼 있다는 것을 알고 의아해한다.

오마는 법정에서 갠트를 죽인 건 버드이고 범행에 사용된 총도 버드의 총이라고 증언을 하고, 버드의 변호사 레비는 마약상이나 터는 그의 말은 믿을 수 없다고 반격한다. 한편, 맥널티는 전 아내인 엘레나가 일하는 부동산에 찾아가 다시 잘해 보고 싶다는 뜻을 밝힌다. 브리아나는 감옥에 간 아들 디를 찾아가 에이번한테 맡겨서 감형을 받자고 애원하지만 디는 이를 단호히 거절한다.

감옥에서 목을 맨 디의 장례식이 열린다. 자살한 것으로 알려졌지만 사실은 벨이 에이번 몰래 청부 살해한 것. 롤스는 대니얼스에게 컨테이너 살인 사건을 맡기려고 하지만 대니얼스는 이를 거부한다. 프리먼은 컴퓨터로 컨테이너의 흐름을 감시하고 러셀 형사는 사건에서 손 뗀 것처럼 연기해 프랭크를 안심하게 한다.

수사에 참여하지 못하며 술에 절어 사는 지미. 그사이 대니얼스는 부하들과 함께 도청 허가를 받아 내는 데 성공한다. 한편, 프랭크는 밀린 휴대폰 요금을 처리하기 위해 통신사에 전화를 걸고, 그의 마음속에서는 의심의 불꽃이 싹트기 시작한다.

보디 일당은 마약 판매 구역을 되찾기 위해 다른 패거리와 맞서고 총격전까지 벌이게 된다. 이때 집 안에 숨어 있던 9살짜리 꼬마가 빗나간 총알에 맞고 숨지는 사건이 발생하고, 경찰은 범인을 잡기 위해 증거를 찾기 시작한다. 이 일로 스트링어에게 혼이 난 보디는 증거가 될 만한 총을 확실히 처리하기로 결심한다.

스트링어 벨은 이스트사이드 일당들에게서 품질 좋은 마약을 공급받는 대신 탑의 일부 구역을 내어준다. 그리스인들의 아지트를 열심히 추적하던 경찰은 FBI와의 공조 수사를 시작하게 되고, 지미는 휴대폰 기록을 활용해 수사를 새로운 방향으로 이끌어 가려 한다. 한편, 더블 G와 실랑이를 하던 지기는 충동적인 결심을 하게 된다.

아들 지기가 총기 발사로 체포되었다는 사실을 알게 된 프랭크는 급하게 아들을 찾아가 면회하고, 조용히 지기의 얘기를 들어 주며 눈시울을 적신다. 한편, 대니얼스 경관은 조직의 우두머리인 그리스인을 잡으려고 본다풀로스에게 미행을 붙이고, 스트링어는 오마를 만나, 브랜던을 잔인하게 죽인 사람이 무존이라고 거짓말을 말한다.

프랭크가 그리스인을 만나러 간 후 돌아오지 않자 닉은 삼촌을 찾아 나선다. 닉의 불길한 예감대로 바다에서 프랭크의 시신이 발견되고, 맥널티와 키마는 그리스인이 최근 프로포지션 조에게 공급하는 마약 물량을 두 배로 늘린 사실을 알아낸다.

카케티는 정치적으로 점점 입지를 굳혀 가고, 오마는 말로의 숨통을 서서히 조이기 시작한다. 한편, 노숙자 살인 사건이 언론의 관심을 끌자 대대적인 지원을 기대했던 맥널티는 윗선의 정치 놀음에 실망하고, 보다 많은 이목을 끌기 위해 또 다른 속임수를 계획한다.