Veronica Mars will nichts mehr mit den Detektivarbeiten zu tun haben und ein normales Leben führen. Das ändert sich als ihr bester Freund Wallace aus dem Basketballteam geworfen wird, weil sein Drogentest positiv war – doch Wallace hat noch nie in seinem Leben Drogen angefasst.

Keith Mars hat ein Buch über den Mordfall „Lilly Kane“ geschrieben. Nun hat er einen Interviewtermin mit der Reporterin Julie Chen, die ihn über sein Buch ausfragt.

Logan besucht seinen Vater im Gefängnis. Danach macht er es sich mit seinen Freunden Dick und Cassidy Cassablancas am Pool deren Villa gemütlich. Anwesend ist auch Kendall, die sexy Stiefmutter von Beaver.

Veronica war einige Zeit mit Logan zusammen, doch dann änderte sich ihr Liebesleben schlagartig.

Nach dem Busunfall veröffentlicht die Presse, dass der Busfahrer Selbstmord begehen wollte. Dessen Tochter sucht Veronica auf und bittet sie klar zu stellen, dass ihr Vater unschuldig ist.

Meg liegt seit dem Unfall im Krankenhaus und Veronica macht sich schwere Vorwürfe deswegen. Duncan versucht ihr klar zu machen, dass sie nicht Schuld daran ist.

Wallace bietet der neuen Studentin Jackie Cook an ihr dabei zu helfen die Person ausfindig zu machen, welche ihr Auto zerstört hat. Aber er hat dabei auch ein paar Hintergedanken.

Logan vergnügt sich währenddessen mit Kendall, aber niemand darf etwas davon erfahren.

Cassidy glaubt, dass Kendall seinem reichen Vater fremdgeht. Er fragt Veronica, ob sie diesen Fall untersuchen kann. Diese findet etwas heraus, dass sie kaum glauben kann.

Keith hat die Scheidungspapiere unterschrieben und macht mit seiner Freundin Alicia einen Ausflug.

Wallace geht mit Jackie aus. Veronica mag seine neue Freundin überhaupt nicht und hat auch einen guten Grund dazu.

Veronica findet heraus, dass Logan’s Vater etwas mit dem Busunglück zu tun hat.

Veronica hilft einer jungen Frau, die glaubt, dass ihr Verlobter nur hinter ihrem Reichtum her ist. Deshalb tritt Veronica als sexy Schülerin auf, um ihn in eine Falle zu locken.

Alicia bittet Keith um Hilfe, da sie von einem mysteriösen Fremden verfolgt wird. Da steht plötzlich sein leiblicher Vater vor Wallace.

Weevil erzählt Veronica, dass er einen anonymen Anruf wegen dem Busunglück erhalten hat.

Die Eltern von Meg geben Duncan die Schuld daran, dass ihre Tochter im Krankenhaus liegt. Er besucht sie jeden Tag, was Veronica nachdenklich macht.

Wallace will von seiner Mutter wissen, wer sein richtiger Vater ist. Auch Keith und Alicia geraten deswegen in einen Streit.

Veronica gibt Jackie noch eine letzte Chance und hilft ihr dabei herauszufinden, wer ihre Kreditkarte gestohlen hat. Doch Jackie will sie nur bloßstellen.

Veronica hört sich eine Sprachnachricht an, die während des Busunglücks von einem Studenten aufgenommen wurde.

Der schwerkranke Abel Koontz sucht Veronica auf, da er seine Tochter sucht, die seit kurzem vermisst wird. Veronica geht auf die Suche und macht eine schreckliche Entdeckung.

Logan wird verhaftet, da er verdächtigt wird Felix Tombs umgebracht zu haben. Im Gefängnis trifft er auf seinen Vater und macht ihm schwere Vorwürfe.

Kendall schläft immer noch regelmäßig mit Logan. Auch Duncan scheint nicht mehr sicher zu sein vor ihren Anmachversuchen.

Veronica und Duncan finden heraus, dass Meg, die noch im Koma liegt, früher Babysitter für ein Kind war, das von seinen Eltern misshandelt wird. Veronica bewirbt sich in dieser Familie als neuer Babysitter, um etwas darüber in Erfahrung zu bringen.

Veronica versucht zu ermitteln, wer die Eltern eines der Opfer des Busunglücks schikaniert - die Spur führt sie zu einem Piratensender. Außerdem will sie herausbekommen, wer Logan eine Falle gestellt hat. Dabei kommt es zu einer handgreiflichen Auseinandersetzung mit den Fitzpatricks.

Meg ist aus dem Koma aufgewacht und sie ist schwanger von Duncan Kane. Sie hat große Angst, dass ihre Eltern das Kind zur Adoption freigeben werden, und bittet Veronica Mars, die sie mit Duncan heimlich im Krankenhaus besucht, ihr Baby zu retten. Obwohl es für Veronica eine große Belastung ist, dass ihr eigener Freund der Vater des Kindes ist, entschließt sie sich zu helfen. Zu allem Überfluss wird Veronica auch noch als Geschworene in einem Prozess vorgeladen und zur Vorsitzenden bestimmt.

Nach dem Tod von Meg Manning wollen ihre Eltern das Baby zur Adoption freigeben. Doch auf einmal ist der Säugling verschwunden. Duncan Kane, der Vater der Kleinen, hat es entführt. Alle wenden sich sofort an Veronica Mars. Doch die kann nicht helfen, ist sie doch selbst am Boden zerstört: Duncan hat sie nach einem heftigen Streit verlassen. Weder ihr Vater Keith Mars noch der aus Chicago zurückgekehrte Wallace Fennel können Veronica trösten.

Wallace ist in einer Zwickmühle: Wenn er das eigentlich Richtige tut und die Umstände des Unfalls in Chicago aufklärt, gefährdet er damit die vielversprechende Karriere seines Basketballteamkollegen Rashard Rucker. Seine Entscheidung hat weitreichende Konsequenzen, denn plötzlich versucht der einflussreiche Manager und Onkel Rashards, Wallace den Unfall in die Schuhe zu schieben. Veronica lässt nichts unversucht, um ihrem besten Freund Wallace aus der Patsche zu helfen.

Seitdem ihr Vater verdächtigt wird, Schuld daran zu sein, dass der Schulbus über die Klippe gefahren ist, ist Jackie an der `Neptune High' zur Zielscheibe böser Anfeindungen geworden. Als auf dem Schulfest unter dem Motto `Winterkarneval' eine Geldkassette mit den Einnahmen für die Abschlussfahrt gestohlen wird, fällt der Verdacht sofort auf Jackie. Veronica Mars, die sich verantwortlich fühlt, weil die Geldkassette aus ihrer Obhut entwendet wurde, beginnt zu ermitteln.

Bei Überfällen auf mehrere Pizzalieferanten wird Ryan eine prekäre Liste gestohlen: Auf dieser stehen die Namen von homosexuellen Mitschülern, die auf Ryans `Pirate S.H.I.P.'-Homepage unter anonymen Benutzernamen registriert sind. Nun erpresst der Dieb von den Betroffenen Geld und droht damit, sie ansonsten vor der gesamten Schule zu outen. Auch Kylie hat einen Erpresserbrief erhalten. Ryans Ruf steht auf dem Spiel, und er bittet seine Mitschülerin Veronica, den Erpresser zu finden.

Im Hut steigt eine ausgelassene Party zum Junggesellinnenabschied von Heidi Kuhne. Doch am nächsten Morgen ist die Braut unauffindbar. Hat sie im letzten Moment kalte Füße bekommen? Heidis Schwester Jane bittet Veronica Mars, sie so schnell wie möglich zu finden, bevor die Familie des schwerreichen Bräutigams Wind von der Sache bekommt. Dafür bleibt allerdings nicht viel Zeit, denn die Trauung ist in wenigen Tagen.

Obwohl Veronica Mars nach der High School unbedingt Neptune verlassen will, lässt sie sich von ihrem besten Freund Wallace Fennel überreden, mit zu den Informationstagen am Hearst College zu gehen. Dort trifft sie überraschend ihren Ex-Freund Troy Vandergraff wieder. Nach einer Party wird Troy von Stacy beschuldigt, sie vergewaltigt und ihr die Haare abrasiert zu haben. Troy beteuert seine Unschuld und bittet Veronica um Hilfe.

Veronica Mars hat das Singleleben satt! Und jetzt steht auch ein Ball an der Schule an. Doch auch bei den glücklichen Pärchen gibt es Spannungen: Wallace Fennel will zwar mit seiner Freundin Jane hingehen, hat aber offensichtlich noch Gefühle für seine Ex-Freundin Jackie. Die Beziehung von Mac und Beaver scheint ebenfalls an einem Wendepunkt angelangt zu sein. Logan Echolls hat einen Aufsatzwettbewerb gewonnen hat, darf nun eine Woche lang ehrenamtlicher Stellvertreter des Bürgermeisters sein.

Veronica wird zur Schulpsychologin gerufen. Weil Veronica in den letzten Tagen kaum schlafen konnte, ist sie während des Unterrichts häufig eingenickt. Das Schulbusunglück lässt sie einfach nicht mehr los, auch nachts träumt sie davon. Veronica ist überzeugt, dass sie eines der Opfer zum Täter führen kann. Zudem muss sie eine schwere Niederlage einstecken: Als Anwärterin auf das Kane-Stipendium ist sie von der ehrgeizigen Angie auf den zweiten Platz verdrängt worden.

Jemand hat Harry Greenes geliebten Hund überfahren, so dass er Rache geschworen hat. Doch dafür muss Greene den Täter erst einmal finden! Wer könnte dafür besser geeignet sein als Veronica? Schon bald entdeckt Veronica das gesuchte Fahrzeug und erlebt eine unangenehme Überraschung. Weevil bekommt Besuch von seinem ehemaligen Gangmitglied Hector, der ihm von den Problemen der Biker mit der Familie Fitzpatrick berichtet. Die Fitzpatricks haben die Biker in der Hand.

Der Abschlussball der Schule wird von der Schulleitung kurzfristig abgesagt. Wallace und Jackies Hoffnung auf einen romantischen Abend scheint damit geplatzt, während Mac jubelt, weil sie nun dem Date mit ihrem Verehrer entgeht. Da erhält Veronica von Logan eine Einladung zu einem Alternativball. Bürgermeister Woody Goodman sitzt in der Klemme: Nachdem er mit einer Frau aus dem Ausschuss für die Eingemeindung eine Nacht in einem Hotelzimmer verbracht hat, ist diese vollkommen weggetreten.

Die Tage in der High School sind gezählt: Noch ein paar Prüfungen, und Veronica Mars kann Neptune endlich den Rücken kehren. Doch um das Kane-Stipendium zu bekommen und nach Stanford gehen zu können, muss Veronica Top-Noten erreichen. Richtig konzentrieren kann sie sich allerdings nicht, denn die Urteilsverkündung im Prozess gegen Aaron Echolls wegen des Mordes an Lilly Kane steht kurz bevor. Neben Veronica und ihrem Vater Keith Mars ist auch Logan Echolls als Zeuge geladen.

Der lang ersehnte Tag der Abschlussfeier an der Neptune High steht kurz bevor. Doch Keith Mars muss seine Tochter Veronica Mars wegen des Freispruchs von Aaron Echolls im Lilly Kane-Mordprozess trösten. Da bekommt er ein Angebot von seinem Konkurrenten, dem Privatdetektiv Vinnie van Lowe: Dieser will mit Hilfe von Keith den entflohenen Woody Goodman finden, auf den inzwischen eine hohe Belohnung ausgesetzt wurde. Gleich nach Veronicas Abschlussfeier macht sich Keith auf den Weg.