Après la dangereuse confrontation avec le meurtrier de Lilly Kane et un visiteur surprise à sa porte, Veronica tente de mener une vie normale. Elle travaille dans un café après les cours et réintègre la bande des élèves populaires de Neptune High. Cependant, elle endosse à nouveau son rôle de détective lorsque son ami Wallace est viré de l’équipe de basketball pour avoir été contrôlé positif à un dépistage contre la drogue. Pendant ce temps, Keith rencontre la journaliste Julie Chen pour discuter de son nouveau livre sur le meurtre de Lilly Kane. Plus tard, après l’arrestation de son père pour meurtre, Logan cherche à se cacher des paparazzi et se détend au bord de la piscine du manoir des Casablancas, avec Dick, Beaver, et leur belle-mère sexy, Kendall.

Une tragédie frappe la ville de Neptune, et le shérif local saute vite aux conclusions. Veronica, bouleversée, aide une famille en deuil à prouver que les raisons de l’accident ne sont pas dues à un suicide. Pendant ce temps, Wallace aide une nouvelle élève transférée, Jackie Cook, à trouver la personne qui a accroché sa voiture sur le parking du lycée. Plus tard, le candidat à la mairie, Woody Goodman, propose à Keith de se présenter en tant que shérif.

Beaver croit que sa belle-mère sexy, Kendall, trompe son père. Il engage donc Veronica pour enquêter sur la situation, mais aucun d’entre eux n’est préparé à ce qu’ils s’apprêtent à découvrir. Pendant les vacances de Keith et Alicia à Chicago, Wallace commence à sortir avec Jackie, bien que Veronica n’apprécie pas cette dernière. Plus tard, chez Logan, Veronica apprend quelque chose qui change tout ce qu’elle croit savoir sur la récente tragédie de la ville.

Faisant face à la jalousie de Duncan, Veronica aide une jeune femme persuadée que son fiancé ne s’intéresse qu’à sa fortune. Elle fouille dans le passé du fiancé et se fait même passer pour une étudiante sexy pour piéger l’homme. Pendant ce temps, Alicia demande de l’aide à Keith après avoir été effrayée par un mystérieux inconnu. Plus tard, sous la pression, Weevil avoue à Veronica qu’il a reçu un appel anonyme au sujet de l’accident de bus.

Afin de trouver la personne qui a volé la carte de crédit de Jackie, Veronica apparaît dans une émission de télévision présentée par une voyante. Pendant ce temps, Wallace confronte sa mère au sujet de son père. Veronica place un appareil de surveillance dans le bureau du shérif. Enfin, Veronica découvre un message vocal laissé par un passager du bus au moment de l’accident.

Veronica vient en aide à Abel Koontz, l’homme originellement condamné pour le meurtre de Lilly Kane, qui recherche sa fille disparue.

Veronica et Duncan découvrent que Meg, plongée dans le coma, s’est occupée d’un enfant maltraité par ses parents. Veronica endosse donc un rôle de baby-sitter pour trouver l’identité de l’enfant. Pendant ce temps, Kendall continue sa liaison avec Logan alors que ses beaux-fils, Dick et Beaver, apprennent l’existence de leurs fonds fiduciaires. Plus tard, Woody Goodman fait une autre offre intrigante à Keith.

Veronica aide Keith à trouver la personne qui tourmente les parents des victimes de l’accident, alors que ces derniers ont engagé des poursuites à l’encontre du lycée pour négligence. Pendant ce temps, Logan cherche à prouver qu’il est victime d’un coup monté concernant le meurtre de Felix. Veronica lui vient donc en aide, mais elle fait face à une situation dangereuse avec un gang irlandais local. Plus tard, la qualité de dirigeant de Weevil au sein du Bike Club Boyz est remise en cause.

Veronica est prise en flagrant délit en train de s’introduire dans le bureau du proviseur. En retenue, alors qu’elle doit classer des papiers, elle tombe sur le dossier scolaire de sa mère. Elle apprend que sa mère a été renvoyée pour des raisons qui la bouleversent, ce qui la mène à enquêter sur le sujet. Pendant ce temps, avec le tournage du téléfilm "Aaron Echolls Story", Trina Echolls revient à Neptune High pour diriger une pièce de théâtre, et elle déteste immédiatement la nouvelle copine de Logan, Kendall Casablancas. Plus tard, Weevil confronte Logan au sujet du meurtre de Felix.

Convoquée comme jurée pendant les vacances de Noël, Veronica fait face à une affaire difficile contre deux défendeurs accusés d’avoir agressé une jeune femme hispanique. Pendant ce temps, Keith aide le maire Woody Goodman à trouver la personne qui a volé les sex-tapes Aaron Echolls/Lilly Kane du poste de police. Plus tard, un visage familier revient à Neptune pendant qu’une des amies de Veronica connaît une fin tragique.

Une équipe du FBI est appelée pour rechercher Duncan après sa rupture avec Veronica et sa fuite avec le bébé de Meg. Pendant ce temps, Wallace révèle la raison tragique de son retour à Neptune. Plus tard, Logan demande de l’aide à Dick pour connaître le biker qui l’a accusé de meurtre.

Après avoir tout avoué sur les raisons de son retour à Neptune, Wallace demande de l’aide à Veronica lorsqu’un ancien coéquipier de l’équipe de basketball de Chicago l’accuse d’un tragique accident. Pendant ce temps, alors qu’ils concluent une autre affaire, Veronica et Keith tombent sur des preuves qui lient une victime de l’accident de bus à leur nouveau client, le père de Jackie. Plus tard, Weevil, accompagné de preuves irréfutables liant son gang aux Fitzpatrick, confronte un camarade impliqué et fait une découverte perturbante.

Lorsque l’argent récolté pour un voyage scolaire vient à disparaître sous la surveillance de Veronica pendant une kermesse, elle doit identifier le voleur. Étonnamment, elle défend Jackie alors que tout le monde l’accuse. Pendant ce temps, Keith confronte Terrance Cook — son idole et son client — avec des questions sur son passé et sur l’accident de bus. Plus tard, Dick essaie d’humilier Beaver devant sa copine pendant la kermesse, et Logan jette son dévolu sur une élève de seconde.

Des élèves de Neptune High demandent de l’aide à Veronica lorsqu’ils sont victimes de chantage : un pirate informatique menace de révéler leur homosexualité, à moins qu’ils ne paient chacun 5 000 dollars. Pendant ce temps, Keith continue à travailler sur une affaire pour le père de Jackie et examine les pistes de l’accident de bus. Plus tard, Logan fréquente une élève de seconde, au grand malheur du père de cette dernière.

La nouvelle copine de Wallace, Jane, fait appel à Veronica lorsque sa grande sœur disparaît après son enterrement de vie de jeune fille. Cependant, des indices indiquent que quelque chose de plus perturbant lui est arrivé juste avant son mariage. Pendant ce temps, Keith et Veronica décident d’apporter au shérif Lamb les preuves qu’ils ont découvertes au sujet de l’accident de bus. Plus tard, Kendall fait une proposition tentante au père de Logan, alors qu’il est en prison.

Alors qu’elle visite l’université de Hearst avec Wallace, Veronica est surprise de tomber sur son ex copain, Troy Vandergraff. Mais la vraie surprise arrive lorsque Troy est accusé d’avoir violé une fille sur le campus et qu’il demande de l’aide à Veronica pour l’innocenter. Pendant ce temps, les problèmes juridiques de Logan et sa relation avec Hannah prennent un tournant. Plus tard, après avoir reçu un appel à l’aide, Keith arrive dans un hôtel et trouve son ami Cliff dans une position compromettante.

Weevil demande à Veronica de trouver une bonne fois pour toute la personne qui a tué Felix. Pendant ce temps, Logan gagne un concours qui lui permet de faire un stage chez le maire Woody Goodman en tant qu’adjoint honoraire. De plus, l’amour est dans l’air au bal Sadie Hawkins, mais des tensions mènent à la rupture de plusieurs couples.

Veronica fait des rêves dans lesquels les élèves tués dans l’accident de bus la confrontent. Pendant ce temps, lorsque Logan et Weevil travaillent sur un projet de physique ensemble, aucun d’entre eux n’est motivé jusqu’à ce qu’ils découvrent que leur réussite pourrait aider Veronica à recevoir une bourse d’étude. Plus tard, lorsqu’un grand nombre d’étudiants est diagnostiqué avec une maladie qui leur donne le droit de rendre leurs devoirs en retard, le proviseur engage Keith pour enquêter sur la véracité de cette maladie.

Lorsque Veronica accepte une affaire visant à trouver la personne qui a renversé le chien d’une élève, elle découvre des faits surprenants. Pendant ce temps, elle souhaite tellement s’introduire dans le bureau du proviseur qu’elle promet à un geek que Mac l’accompagnera au bal. De plus, Jackie prend Veronica par surprise lorsqu’elle lui demande de l’aide pour obtenir un travail au café.

Avec le procès d’Aaron Echolls, des tensions s’accumulent alors que Veronica, Keith et Logan prennent la barre pour témoigner contre lui. Pendant ce temps, après que Veronica a découvert un email suspect dans l’ordinateur de Woody, Keith apporte les preuves au shérif pour l’arrêter. Mais shérif Lamb refuse, croyant que Keith veut tenir sa réputation. De plus, à la surprise générale, le concierge de Neptune High apporte une arme au lycée avec l’intention de trouver Gia Goodman, la fille de Woody.

Après avoir découvert l’identité de la personne responsable de l’accident de bus, Veronica se dépêche de prévenir les autres, mais elle se retrouve dans une situation extrêmement périlleuse. Pendant ce temps, Keith fait appel à Veronica dans son enquête contre Woody, lui demandant d’obtenir des informations de la part de l’avocat de Woody. Plus tard, après la remise des diplômes, les élèves de terminale font une immense fête au Neptune Grand.