Am ersten Tag ihres dritten High School Jahres an der Neptune High befreit Veronica Mars Wallace Fennel, der neu an der Schule ist. Er wurde an den Fahnenmast der Schule festgeklebt, als Rache dafür, dass er die Polizei rief, als zwei Biker Ladendiebstahl begingen. Celeste Kane heuert Keith Mars an, um ihren Ehemann Jake zu beschatten und Veronica fotografiert ihn in einem schäbigen Motel mit einer nicht erkennbaren Frau. Rückblenden zeigen den Mord an Veronicas bester Freundin, Lilly Kane, und Veronicas Vergewaltigung auf einer 09er Party.

Als Weevil des Kreditkartenbetrugs beschuldigt wird, versucht Veronica seine Unschuld zu beweisen. In der Schule muss sie Ms. Dents Journalismus-Kurs besuchen und stellt fest, dass sie einen platten Reifen hat. Daraufhin wird sie von ihrem Ex-Freund Duncan Kane an den Ort gefahren, über den sie einen Artikel schreiben sollen. Troy Vandegraff kommt in die Stadt und schreibt sich an der Neptune High ein. Veronica findet heraus, dass ein Blitzerfoto beweist, dass Lilly Stunden nach ihrer offiziellen Todeszeit noch am Leben war. Paris Hilton hat einen Gastauftritt als Caitlin Ford, Logan Echolls Freundin.

Ein Student engagiert Veronica, um seinen totgeglaubten Vater zu finden. Veronica und Troy kommen sich näher. Keith trifft sich mit Veronicas Schulpsychologin, Rebecca James, und Veronica beginnt nach ihrer Mutter zu suchen. Duncan setzt zeitweise seine Antidepressiva ab und halluziniert über seine tote Schwester Lilly, welche ihm erzählt, ihr Geheimnis werde gelüftet.

Veronica hilft Wallaces neuer Freundin Georgia, nachdem sie von einer Gruppe College Studenten um 6.000 $ betrogen wurde. Veronica und ihre Freunde können das Sicherheitssystem der Studenten überwinden und sie im Austausch für gekaperte Daten zur Rückgabe des Geldes zwingen. Zur Einweihung von Lillys Fontäne an der Neptune High stellt Logan ein Erinnerungsvideo an Lilly zusammen, welches ernsthaft sein soll, aber dank Veronica auch authentische Szenen von Lilly enthält.

Das Auto von Troys Vater wird gestohlen und Veronica hat nur begrenzt Zeit, um es wiederzufinden, bevor Troy auf ein katholisches Internat geschickt wird. Veronica findet eine Reihe Fotos im Bankschließfach ihrer Mutter, welche Veronica im Fokus eines Zielfernrohrs zeigen. Lianne, Veronicas Mutter, ruft Veronica an und sagt, es gehe ihr gut und alles werde zu gegebener Zeit Sinn machen.

Logan drängt Duncan als Klassensprecher gegen Wanda Varner zu kandidieren, welche einen Wahlkampf gegen die 09er führt. Duncan gewinnt, aber Veronica vermutet, dass die Wahl manipuliert wurde. Logans Vater, Filmstar Aaron Echolls, erwischt seinen Sohn bei der Organisation eines Bumfights. Abel Koontz entlässt seinen Pflichtverteidiger und Veronica entdeckt, dass Lillys Schuhe, die nach ihrem Tod in ihrem Zimmer waren, auf Abels Hausboot gefunden wurden.

Als Veronicas schwangere Nachbarin Sarah verschwindet, versucht Veronica herauszufinden, ob Sarahs Freund sie getötet hat. Logan und Weevil müssen zusammen nachsitzen und Logan findet heraus, dass Lilly sich vor ihrem Tod heimlich mit Weevil getroffen hat. Veronica erfährt, dass ihre Mutter und Jake Kane während der High School ein Paar waren. Rückblenden zeigen Veronica beim Versuch herauszufinden, warum Duncan sie verlassen hat.

Ein gefälschter Reinheitstest, der an der Neptune High kursiert, wirft sowohl auf Meg Manning, Veronicas einzige 09er Freundin, als auch auf Veronica selbst ein negatives Licht. Veronica engagiert Computergenie Mac, um herauszufinden, wer die falschen Reinheitstests in Umlauf bringt. Abel Koontz erzählt Veronica, dass Jake Kane ihr biologischer Vater sei. Keith hilft Mrs. Fennel, die Wallace Nähe zu Veronica missbilligt.

Veronica ermittelt auf eigene Faust gegen Clarence Wiedman, Chef von Kane Security, der die Bilder von ihr aufgenommen und ihrer Mutter zugeschickt hat. Zeitgleich recherchiert sie über das Mondkalb-Kollektiv, ein friedlicher Kult, dem der 09er Casey angehört. Veronica macht einen DNA-Test, um zu beweisen, dass Keith tatsächlich ihr biologischer Vater ist, zerstört aber die Ergebnisse ohne einen Blick darauf zu werfen.

Als das Preisgeld eines Pokerturniers zwischen Logan, Weevil, Duncan und zwei weiteren Spielern verschwindet, sieht sich Veronica gezwungen einzugreifen. Keith ermittelt im Fall eines mysteriösen Stalkers, der droht Aarons Weihnachtsfeier zu ruinieren. Als er auf dem Fest von einer früheren Geliebten niedergestochen wird, erfährt seine Frau Lynn von seiner Untreue.

Schüler werben Veronica an, um schmutzige Geheimnisse ihrer Eltern ans Tageslicht zu bringen, und sie findet dabei heraus, dass Mac bei ihrer Geburt mit 09er Madison Sinclair vertauscht wurde. Madison war Gast auf der Party, auf der Veronica vergewaltigt wurde. Keith und Sheriff Lamb arbeiten zusammen, um den E-Saiten-Würger Fall zu lösen.

Ein Schüler fällt ins Koma, nachdem er in einer Bar mit einem gefälschten Ausweis zu viel Alkohol getrunken hat. Veronica wird zu Unrecht beschuldigt seinen Ausweis gefälscht zu haben und von der Schule suspendiert. Sie verdächtigt einen Geheimbund an der Neptune High, hinter den gefälschten Ausweisen zu stehen. Keith soll für Aaron herausfinden, wer ihm schlechte Presse beschert. Weevil gesteht während einer Trauerbewältigungssitzung, dass er sich heimlich mit Lilly getroffen hat, sie dann aber wieder zu Logan zurück ist. Aaron droht Lynn mit Scheidung. Ihr Wagen wird später verlassen auf einer Brücke gefunden.

Yolanda, eine alte Freundin von Veronica, wird gekidnappt. Ihr Vater, der Hip-Hop-Produzent Percy „Bone“ Hamilton, engagiert Keith, um sie zu finden. Aaron scheint um Lynn zu trauern, aber Logan glaubt, dass er seine Trauer nur vorspielt und sie noch am Leben ist. Er bittet Veronica seine Mutter zu finden.

Veronica wird von einer russischen Braut anheuert, um den Bräutigam zu finden, der sie verlassen hat. Meg und Veronica decken die Identität von Megs heimlichen Verehrer auf, der sich als Duncan herausstellt. Logan entdeckt, dass seine Schwester Trina zurück in der Stadt ist und Veronica findet ihre Mutter nach monatelanger Suche in einer Bar.

Als Neptune Highs Maskottchen, Polly, der Papagei, gestohlen wird, schleust sich Veronica undercover an der Pan High, einer konkurrierenden Schule, ein. Veronica meldet ihre Mutter Lianne stationär in einem Alkoholentzugsprogramm an und gibt dafür all ihre Ersparnisse auf. Lianne gibt zu, dass sie nicht weiß, wer ihr richtiger Vater ist, Keith oder Jake.

Veronica findet Abel Koontz‘ Tochter Amelia DeLongpre und sucht nach Beweisen dafür, dass Jake Kane Abel für das falsche Geständnis bezahlt hat. Sie versucht Amelia versteckt zu halten und die Beweise zu finden, bevor Clarence Wiedman auf Amelia aufmerksam wird. Gleichzeitig muss Veronica herausfinden, wer eine Mitschülerin belästigt.

Veronica entdeckt, dass die Neptune High Bombendrohungen erhalten hat, und wird bei der Untersuchung des Falles von einem Verdächtigen entführt. Logan greift ein und rettet sie, was zu einem Kuss der beiden führt. Duncan findet heraus, dass Veronica immer noch Lillys Tod untersucht und verlässt die Stadt.

Als der Hund einer Mitschülerin verschwindet, lässt sich Veronica dazu überreden ihn zu finden und taucht in die zwielichtige Welt eines Hundeentführungsringes ein. Weevil bricht in Lillys Zimmer ein, um einen pinkfarbenen Spionagestift zu stehlen, welchen sie für geheime Botschaften nutzte. Keith nimmt heimlich eine Haarprobe von Veronica und sendet sie für einen DNA-Test ein. Veronica und Logan beginnen sich heimlich zu treffen.

Nachdem Carmen Ruiz mit ihrem langjährigen Freund Schluss gemacht hat, erpresst dieser sie mit einem digitalen Sex-Video, das er auf seinem Handy gespeichert hat. Verzweifelt wendet sie sich an Veronica Mars. Keith Mars will unterdessen die hohe Belohnung einstreichen, die auf Duncan Kane ausgesetzt ist. Das wird jedoch schwieriger als erwartet – denn Duncan hat für seine Flucht wertvolle Tipps erhalten: von Veronica.

Keith Mars hat Duncan Kane auf Kuba gefunden und bringt ihn zurück nach Neptune. Aber Celeste Kane weigert sich, ihm die Belohnung auszuzahlen. Indessen erfährt Veronica, dass Logan im Besitz der Drogen auf Shelley Pomroys Jahresabschlussparty war und geht ihm aus dem Weg. Was ist da-mals wirklich passiert? Wer hat ihr die Droge in den Drink getan? Und wer hat Veronica in dieser Nacht im Gästezimmer vergewaltigt?

Keith Mars geht mit der Prostituierten Cheyenne alias Deborah Collins zur Zeitung: Er will, dass der Fall „Lilly Kane“ neu aufgerollt wird, schließlich hat er endlich den Beweis, dass Abel Koontz zur Tatzeit nicht allein war. Als die Story gedruckt wird, werden in Neptune einige Leute nervös, so auch Beaver und Dick Casablancas. Was haben die zwei Brüder zu verbergen? Veronica erfährt zudem, dass Lo-gan am Tag von Lillys Ermordung nicht in Tijuana war, sondern zurück nach Neptune gefahren ist. Hat Logan mit dem Tod von Lilly zu tun? Um den Mörder ihrer besten Freundin zu stellen, begibt sich Veronica in große Gefahr …