Il gruppo di Rivaille, ora composto da Eren e da quel che rimane del 104º Corpo di Addestramento Reclute, è accampato in un casolare, dove svolge degli esperimenti su Eren per testare il piano di sigillare la breccia nel Wall Maria.

Kenny e i suoi uomini, che ora agiscono per conto del Reparto Centrale del Corpo di Gendarmeria, danno la caccia a Rivaille e ai membri del suo gruppo, i quali riescono a mettersi in salvo ma non a evitare che i veri Eren e Historia vengano rapiti.

In un flashback, Historia racconta ai suoi compagni della sua infanzia. Nata da una relazione extraconiugale tra il nobiluomo Rod Reiss e una domestica della tenuta, la piccola era cresciuta nel disinteresse dei suoi cari, fino a quando Kenny non uccise sua madre, e Rod la allontanò e la nascose sotto l'identità di Christa Lens. Ricongiuntosi con lei nel presente, Rod conduce lei ed Eren alla tenuta.

Durante il processo, Elvin illustra al re e al governo il suo intento di riconquistare il Wall Maria ed evitare così una guerra civile a causa delle tensioni emergenti per il controllo delle risorse sempre più limitate. Il suo appello cade tuttavia nel vuoto, ma proprio mentre Elvin è condannato a morte, giunge improvvisa la notizia che il Wall Rose è stato infranto dai giganti.

Assicurando a Eren che il padre ha buone intenzioni, Historia e Rod fanno riemergere nel ragazzo dei ricordi perduti di quando suo padre Grisha gli iniettò un liquido che lo fece trasformare in gigante, nel cui stato uccise e divorò lo stesso Grisha. Il precesso riesuma anche in Historia i ricordi dimenticati della sua infanzia in compagnia della sorellastra Frieda.

La squadra di Rivaille fa irruzione nella caverna e, con l'ausilio di fumogeni e barili esplosivi, sconfigge Kenny e i suoi uomini e li costringe alla ritirata. Rod nel frattempo racconta a Historia che la sala sotterranea e le mura furono erette cento anni prima da un gigante, il quale cancellò poi i ricordi della popolazione e assunse il rango di primo re.

Historia e la squadra di Rivaille liberano Eren, ma si ritrovano intrappolati nel crollo del sotterraneo causato dalla trasformazione in gigante di Rod.

Elvin giustifica la sua decisione di non evacuare i cittadini di Orvud come un modo per attirare Rod in una trappola e fermare la sua avanzata nel territorio dell'umanità.

Kenny si ricorda di come anni prima fece amicizia con Uri Reiss, sebbene le circostanze avrebbero dovuto portare l'uno a uccidere l'altro.

Sono passati due mesi dall'incoronazione di Historia Reiss, la quale si è resa subito popolare tra i suoi sudditi attraverso una serie di misure a favore dei più deboli. I militari hanno sviluppato una nuova arma che permette di eliminare i giganti senza rischiare la vita dei soldati, e nuove reclute si sono unite all'Armata Ricognitiva.

Elvin e l'Armata Ricognitiva si preparano per l'operazione di riconquista del Wall Maria, nutrendo il sospetto che la verità sul proprio mondo giaccia nella cantina della casa della famiglia Jaeger.

Viaggiando di notte per evitare i giganti, l'Armata Ricognitiva raggiunge infine Shiganshina. La città appare deserta ed Eren riesce rapidamente a sigillare la breccia sulle mura esterne grazie alla sua abilità di indurimento.

A un segnale del Gigante Bestia, i giganti più piccoli si lanciano verso le postazioni dei soldati per sterminare i loro cavalli e impedire così la loro ritiata. Anche Reiner in forma di Gigante Corazzato intende prendere di mira i cavalli e inizia a scalare il Wall Maria per raggiungerli.

Berthold si ricorda del suo passato nel Corpo reclute e dei preparativi che lui, Reiner e il capo guerriero Zeke hanno intrapreso in vista della battaglia a Shiganshina. Nonostante sia stato sconfitto, Reiner non è ancora morto e riesce a scagliare un urlo con il suo gigante, che è il segnale per il Gigante Bestia per lanciare il barile con all'interno Berthold nella città.

Il Gigante Colossale continua ad avanzare verso le mura interne seminando distruzione. Spaventato e privo di idee, Armin cede il comando a Jean, il quale ordina a Eren gigante di fermare l'incedere del nemico afferrandolo per i piedi mentre i soldati lo colpiscono alla nuca con le lance fulmine.

Elvin e gran parte dei soldati vengono feriti mortalmente durante la carica, ma riescono a distrarre il Gigante Bestia quel tanto che basta per permettere a Rivaille di avvicinarsi e di attaccarlo.

Trasportando lo svenuto Berthold, Eren raggiunge il corpo carbonizzato di Armin. Viaggiando sul dorso del gigante anomalo arriva anche Zeke, il quale gli rivela di conoscere suo padre Grisha e gli promette di tornare un giorno a liberarlo, poi scappa all'avvicinarsi di Rivaille.

Quando Armin si riprende, gli otto membri rimanenti dell'Armata Ricognitiva lo mettono al corrente degli ultimi avvenimenti e del fatto che ora possiede il potere dei Gigante Colossale.

Mentre Eren e Mikasa sono tenuti in prigione come punizione per la loro insubordinazione a Shiganshina, il ragazzo comincia a rivivere i ricordi di Grisha.

Eren Kruger rivelò a Grisha che coloro che acquisiscono il potere dei giganti muoiono dopo tredici anni e che il loro gigante può essere passato in eredità a un altro eldiano se questi lo divora o riformarsi in un nascituro dopo la loro morte; tutti i destini e le coscienze dei mutaforma sono inoltre collegati dal Gigante Fondatore, il quale, dopo essere stato usato dal primo re delle mura Karl Fritz per costruire le mura e cancellare la memoria ai suoi sudditi, impone il suo volere di pace ai discendenti della famiglia reale di Paradis.

Al termine della riunione Historia prende la decisione di rivelare alla popolazione delle mura tutta la verità sulla loro origine, sui giganti e sul fatto che l'attacco iniziato anni prima a Shiganshina segna il tentativo di un'invasione da parte del loro vero nemico, la nazione di Marley.