結束與女巨人的對戰後，人們發現牆裡的巨人，為問出巨人的真面目，漢吉厲聲逼問尼克神父，但尼克抵死不從地三緘其口，而這一切要回溯到12小時前，正在羅塞之牆南區待命的柯尼等104期生，得知有眾多巨人來襲的消息，而且巨人全數往柯尼的故鄉前進，為讓柯尼等人前去協助居民與村莊避難，米可分隊長採取了某個行動……

巨人出現五小時後，往北走的莎夏終於來到故鄉，腦裡閃過的是當時和父親之間的苦澀回憶……，睽違三年後見到的故鄉，早已無法讓人類居住，後來發現了新的村莊，卻目睹悽慘光景。另一方面，艾連等人急著趕往羅塞之牆，但不知何故尼克神父也在一行人中，他表示要親眼確認過狀況後，再決定是否公開城牆派掌握的秘密。

柯尼的故鄉完全不見人影，只有一隻仰躺在殘簷破壁屋子裡的巨人，而且似乎對柯尼說了一句話……。同一時候，里柯率領的駐紮兵團第一師團精銳部隊，正在東邊防線上與巨人交戰，漢尼斯也率領羅塞之牆對策部隊沿著城牆偵查道路，卻完全不見巨人蹤影，兩邊部隊都感到不對勁，而巨人出現後的第一夜即將來臨。

柯尼和萊納、貝爾托特所屬的南班，與克里斯塔和尤米爾所屬的西班在暗夜中會合，決定在厄特加爾城遺址裡度過一夜，沒想到在負責監視的人員察覺到時，城堡四周已經被許多巨人包圍。身上沒有戰鬥裝備的104期生們只能躲到塔裡避難，但顯然遲早會被巨人攻破。孤軍奮鬥抵抗巨人的萊納，腦中突然閃過昔日的記憶？

在艾連等人還隸屬訓練兵團時，某次在雪山訓練結束後，大家發現克里斯塔和尤米爾不見蹤影，原來是克里斯塔陪在訓練中突然身體不適的達茲身邊，尤米爾也為了陪她而同時迷路。在暴風雪中天色漸暗，克里斯塔拖著奄奄一息的達茲朝向山腳下前進，但情況愈來愈險峻，3人有可能無法獲救，此時克里斯塔做出了決斷。

原本包圍厄特加爾城的巨人，在尤米爾和及時趕到的調查兵團主力部隊活躍下，終於全數擊潰。受重傷的尤米爾被運往托洛斯特區接受治療，其餘的調查兵團決定重新展開修復作戰，但原本應該來告知洞口位置的漢尼斯卻表示「完全找不到洞口」，那麼究竟巨人是如何進到牆內？艾連一行人只能狐疑地留在托洛斯特區待命。

盔甲巨人和超大型巨人在艾連眼前現身，憤怒的艾連也立刻化身為巨人，一拳揮向盔甲巨人。另一方面，超大型巨人開始破壞調查兵團正在待命的城牆，並將昏睡中的尤米爾吞進嘴裡，調查兵團因此在漢吉的命令下一齊攻擊超大型巨人，但巨人全身噴出熱氣讓人無法靠近，而艾連也與盔甲巨人陷入苦戰。

艾連巨人只差一步就能打倒盔甲巨人，卻因超大型巨人的頭部掉落而逆轉情勢，艾連也被盔甲巨人擄走，又因為超大型巨人產生的熱氣和風壓，讓現場士兵們受到重創，等米卡莎恢復意識時，艾連早已被帶走超過五小時，讓米卡莎忍不住悲傷落淚，漢尼斯見狀決定替阿爾敏和米卡莎打氣。

日落只剩一小時，調查兵團菁英們終於趕到巨樹森林，儘管目的是要救回艾連而非戰鬥，依舊是充滿危險的作戰。在此同時，一心想救克里斯塔的尤米爾開始焦急，並回想起年幼時的貧民窟生活和後來的多舛命運，以及與克里斯塔的相遇究竟尤米爾會採取什麼行動！？

盔甲巨人現身在決定往森林挺進的艾爾文面前，肩膀上還有某個人物揹著艾連佇足，雖然調查兵團奮力想救回艾連，米卡莎也試圖攻擊盔甲巨人與該名協助者，卻數度被另一隻巨人阻撓，讓米卡莎全面露出敵意欲殺了巨人，但此時有個人物出面呼籲停止戰爭，究竟這名人物是！？

艾爾文引來的巨人大軍一齊攻向盔甲巨人，在猶如地獄的悲慘景況下，調查兵團總算成功奪回艾連，但盔甲巨人卻開始將巨人紛紛丟向正在撤退的士兵們，導致艾連和米卡莎摔落馬，眼前還出現了五年前吃下艾連母親卡露拉的巨人，艾連決定化為巨人，親手討伐敵人以報這份血海之仇。