Sommige van de Shiganshina stedelingen weten te ontsnappen naar de binnenwand van de muur Maria, terwijl de soldaten de titanen proberen weg te houden. De soldaten proberen vervolgens de poort te sluiten maar dan verschijnt er een gepantserde titaan die de poort open ramt en er voor zorgt dat de massa mensen zich nog verder terug moet trekken naar muur Rose. Eren zweert wraak en voegt zich samen met Armin en Mikasa bij het leger.

De instructeur Keith Shadis inspecteert de nieuwe rekruten en zorgt voor een spervuur van verbale beledigingen. Sasha Braus, die een aardappel eet, word door Keith gestraft en moet het kamp rond rennen tot zonsondergang zonder eten of drinken. Eren ontwikkelt een rivaliteit met Jean Kirschtein. De rekruten trainen met een 'Mobility Gear' apparaat, waarin ze moeten balanceren terwijl ze aan kabels hangen.

Vijf jaar nadat de muur Maria viel, evalueert Keith zijn rekruten op hun sterke en zwakke punten. Op afstudeerdag horen Eren, Armin en Mikasa dat zij tot de top tien van hun klas behoren en in aanmerking komen voor de militaire politie, maar Eren weigert en kondigt aan dat hij zich aansluit bij het verkenningskorps aan de frontlinie. Mikasa en Armin volgen hem. De kolossale titaan verschijnt weer en doorbreekt de poort. Wanneer Eren zijn kalmte weer heeft gevonden neemt hij de leiding en beveelt een tegenaanval.

Wanneer Eren de kolossale titaan aanvalt, vernietigt de titaan de kanonnen op de muur, hiermee onthult hij zijn intelligentie. Als Eren zich voorbereid om de titaan zijn vitale punt aan te vallen verdwijnt de kolos in een wolk van stoom. Met de titanen nu in de stad herinnert Eren zich zijn lessen om de titanen te doden.

Wanneer Armin in tranen uitbarst nadat Conny vraagt wat er met zijn groep is gebeurd, leidt Ymir hieruit af dat ze allemaal zijn gestorven. Ondertussen probeert een egoïstische koopman zijn waren door de poort uit de stad te krijgen en weigert daarbij vluchtelingen voor te laten gaan. Wanneer de menigte ongeduldig wordt, komt er plots een abnormale titaan aangerend.

De overlevende groepen verliezen hun moreel wanneer het dichtstbijzijnde depot wordt overspoeld door titanen. Mikasa verzamelt de anderen om het depot terug te veroveren. Als een titaan Mikasa nadert, accepteert ze eerst haar lot, maar begint instinctief terug te vechten na het herinneren van Eren's woorden over doorzettingsvermogen. Wanneer ze wil aanvallen verschijnt er achter haar een andere titaan die tot haar verwarring de titaan dood.

Met het depot wemelend van de titanen krijgt Armin het idee om de oproerige titaan in te zetten om ze te verslaan. Armin's plan werkt, maar terwijl de oproerige titaan buiten de andere titanen bevecht, zijn binnen in het depot zeven kleinere titanen. Armin komt met een ander plan.

Kapitein Levi en zijn groep heroveren succesvol een stad op de titanen, wanneer ze voor een noodsituatie worden opgeroepen naar het Trost district. Wanneer Eren weer bij bewustzijn komt, staan tot zijn verwarring de wapens van Kitts mannen op hem gericht. Armin en Mikasa verdedigen hem.

Nadat Eren deels was getransformeerd om Mikasa en Armin te beschermen, heeft hij het met hen over de kelder van zijn voormalige huis en hoe hij gelooft dat het een geheim bevat voor het behoud van de mensheid en de vernietiging van de titanen.

Terwijl Armin Pyxis' ondergeschikten helpt met het coördineren van een plan, begint het moreel te dalen onder de troepen omdat sommigen naar hun huis en families willen.

Mikasa probeert met Eren te redeneren in zijn titaan-vorm, maar hij heeft geen succes. Eren gaat door met aanvallen en maakt zichzelf daarbij onbruikbaar. Terwijl Armin zich naar Eren haast om te onderzoeken wat er aan de hand is, redetwisten de elites over of ze Eren achterlaten, maar beslissen uiteindelijk dat hij wel van militaire waarde is.

Wanneer Eren, in titaan vorm en weer in controle over zichzelf, onderweg is naar de muur met de rots, geeft Ian het bevel Eren te beschermen tegen elke prijs. Eren blokkeert eindelijk het gat in de muur en Rico vuurt een gele pijl dat de missie is geslaagd.

Wanneer het nieuws rond gaat dat een titaan samenwerkt met de mensheid, is de bevolking verdeeld over of Eren hun redding is of hun ondergang. Eren word naar een militair tribunaal gebracht om beoordeeld te worden door opperbevelhebber Dhalis Zachary.

Levi en zijn speciale-missie-team, bestaande uit Petra Rall, Oruo Bozad, Eld Gin en Günther Schultz, welke allen elites zijn gekozen door Levi, brengen Eren naar het oude hoofdkwartier van het verkenningskorps waar Eren onder hun toezicht zijn krachten als titaan onder controle moet krijgen. Tijdens het discussiëren over Eren's krachten met het Levi team arriveert Hange en vraagt Eren om haar te helpen met haar experiment met de twee gevangen titanen.

Terwijl de rekruten worden onderzocht op hun betrekking tot de dood van gevangen titanen, verteld Annie aan Armin en Conny dat het hun eigen keuze is bij welke tak van het leger zij zich voegen. Terwijl veel rekruten afhaken, voegt Jean zich bij het verkenningskorps ter ere van Marco, en met hem vele anderen zoals Mikasa, Armin, Reiner, Bertolt, Conny, Sasha, Christa en Ymir, ondanks hun angsten.

Tijdens hun expeditie slaagt Armin's groep er in om een abnormale titaan de doden, maar plots komt er aan de rechterflank een vrouwelijke titaan tevoorschijn met hoge snelheid. Tot Armin's schok kan de titaan de zwaarden weerstaan en doodt ze zijn superieuren met gemak.

Armin, Reiner en Jean zijn gestrand met slechts één paard na hun ontmoeting met de vrouwelijk titaan, maar ze worden al snel gered door Christa die met extra paarden arriveert. Ondertussen bereikt het nieuws de hoofdgroep dat de rechterflank is uitgeschakeld door de vrouwelijke titaan, die nog steeds schade aanricht in de formatie. Al snel bereikt de gehele formatie het bos van de reusachtige bomen.

Levi schiet een geluidspijl en beveelt de groep om door te gaan, terwijl steeds meer van de achterhoede word gedood door de vrouwelijke titaan. Eren smeekt aan de groep om te mogen vechten, maar zij vertellen hem op Levi's beslissing te vertrouwen. Terwijl hij overweegt om zich te transformeren vertelt Levi hem om of te vertrouwen op zijn eigen kracht of op zijn groepsgenoten.

Met de vrouwelijke titaan vastgeketend, staan Erwin en Levi voor het volgende probleem; aangezien de titaan haar huid kan kristalliseren kunnen ze niet de mens erin identificeren. Armin, Jean en de rest van Levi's groep realiseren zich dat het Erwins plan was om Eren als aas te gebruiken om zo de mol binnen het leger bloot te leggen.

Elders transformeert de mol weer in de vrouwelijke titaan en achtervolgt Levi's groep. Petra, Ouro en Eld slagen er in om de vrouwelijke titaan te blinderen en proberen de armen eraf te hakken en haar te doden. Echter slaagt de vrouwelijke titaan erin om haar oog snel te regenereren en doodt alledrie.

Levi, die Mikasa beveelt om de vrouwelijke titaan af te leiden om Eren terug te krijgen, is succesvol met het verzwakken van de vrouwelijke titaan, maar raakt zelf gewond aan zijn been wanneer hij Mikasa probeert te redden als ze zich kwetsbaar opstelt bij een beslissende aanval.

In het Stohess district binnen muur Sina, wordt de militaire politie bevolen om het verkenningskorps te escorteren. Nadat het konvooi is aangekomen in het Stohess district, wordt Annie geroepen door Armin. Armin vraagt haar om hulp omdat hij van plan is Eren te helpen ontsnappen uit de hoofdstad.

Eren, Mikasa en Armin proberen te ontkomen aan een tunnel-instorting, terwijl ze opgejaagd worden door Annie in haar titaan-vorm. Ondertussen vraagt commandant Nile Dawk van de militaire politie om uitleg van Erwin over wat er gebeurt, terwijl zijn mannen hem onder schot houden.

Eren en Annie vechten met elkaar in hun titaan-vorm door het Stohess district. Na het uitdelen van verscheidene klappen, overweldigt Eren Annie, die probeert te ontkomen door de muur Sina op te klimmen.