生活在希干希納區的少年艾連．葉卡一直都嚮往加入進行牆外調查活動的調查軍團。然而與小夥伴們嬉笑的平和日子在某一天被突然出現在牆外的超大型巨人所破壞。這個巨人踢開了希干希納區與外界相通的大門，引入了大量以吞噬人類的巨人入城。此外，飛濺的石塊砸中了艾連．葉卡的家並壓住了他的母親。艾連只能眼睜睜的看著自己的母親被巨人吞噬。

為了躲避不斷湧入的巨人，希干希納區的人們逃進了瑪利亞之牆內。但是此時出現了一個全身覆滿鎧甲的巨人撞開了希干希納區瑪利亞之牆的城門，導致瑪利亞之牆內的人被迫往更裡面的羅塞之牆轉移。由此帶來的食物短缺導致政府命令難民返回去奪回瑪利亞之牆，由此導致人口銳減20%。而此時的艾連．葉卡為了報仇而與同伴加入了第104期訓練兵。

在訓練軍團教官奇斯．夏迪斯的嚴苛指導下艾連等新兵需要在立體機動裝置上保持平衡。但是艾連無論如何都無法做到。在向他人請教後，艾連於第二天再次嘗試測驗。在又一次失敗後，教官奇斯發現艾連所用的裝置有故障，在更換裝之後艾連終於通過了測驗。

在瑪利亞之牆陷落5年後，第104期訓練兵得以畢業。雖然最終成績名列前茅，但艾連還是選擇加入了調查軍團。就在眾人被分配到托洛斯特區駐防的當日，超大型巨人再次出現了。

再次出現的超大型巨人在士兵們展開反擊之前又一次消失了。為了阻擋湧入托洛斯特區的巨人，新兵們被分配出擊。在突擊途中負傷的艾連為了救阿爾敏，不幸被一個巨人吞噬了。

負責護衛難民撤退的米卡莎回憶起當年被人販子殺害雙親後被跟隨父親出診的艾連救下的事情。思緒回到現實後她又奮起擊殺巨人。

倖存的士兵們由於缺乏補給而陷入困境，此時的米卡莎又從阿爾敏口中得知了包括艾連在內的小隊其他成員全都戰死的消息。以激將法鼓勵餘下眾人繼續作戰後獨自奮站的米卡莎最終還是因氣罐耗盡而落到地面。就在她以為一切都已經結束的時候，一個會使用格鬥術的神秘巨人出現了。

阿爾敏發現神秘巨人只攻擊巨人，於是設計引誘這個神秘巨人前往攻擊包圍補給站的巨人們。就在眾人設法解決占據了補給站內部的巨人後發現，神秘巨人已經擊敗了所有站外的巨人。此時他們發現完好無損的艾連從這個神秘巨人體內出現了。

被救回來的艾連被守衛羅塞之牆的駐紮軍團指揮官奇茲指揮部隊擋在牆內的入口處。就在他命令部隊向艾連以及袒護艾連的阿爾敏和米卡莎開炮時，想起父親託付自家地下室的艾連下意識的部分變身巨人擋下炮彈。

在意識到未能消滅三人而打算再次發令時，奇茲被南部防衛總司令達特．皮克希斯阻止。皮克希斯詢問艾連是否願意再次變身為巨人來堵住托洛斯特區的缺口，艾連表示願意。

在皮克希斯的說明之下，軍團再次集結開始實施堵上托洛斯特區缺口的作戰計劃。就在艾連成功抵達目標位置並變身巨人後，卻突然失控轉身襲擊米卡莎。

見米卡莎試圖說服艾連失敗，作戰小隊發出行動失敗的信號。但在阿爾敏的堅持下，作戰小隊同意繼續保護停止行動的艾連巨人。最終在阿爾敏的極力勸說下，艾連從昏迷狀態中醒來。

在作戰小隊的幫助下，艾連巨人終於成功將巨石堵住城牆的缺口。就在艾連從巨人身體中出來時，他被兩個巨人包圍了。就在此時，調查軍團的里維兵長及時趕到救場。

艾連被帶上了軍事法庭，由軍團總帥扎克雷判決其歸屬。艾連在里維兵長上台暴打下並未變身，里維藉此表示調查軍團能控制艾連。艾連最終被判加入調查軍團以幫助奪回瑪利亞之牆。

被編入調查軍團里維班的艾連在里維班駐地接到分團長漢吉的求助。漢吉在此前的作戰中捕獲了兩隻巨人。為了研究巨人的秘密，漢吉希望艾連幫忙。但是第二天，眾人發現那兩隻巨人已經被使用立體機動裝置的士兵刺殺。

新兵們因兩隻被捕獲的巨人的死而接受調查。之後，調查軍團團長艾爾文．史密斯在新兵志願確定儀式上告訴眾人，軍團下一步計劃是遠征希干希納區，找尋隱藏在艾連家地下室中的秘密。艾連在104期的幾位夥伴都志願加入了調查軍團，準備參加第57次牆外調查任務。

第57次牆外調查開始後不久，一個女性模樣的巨人從隊伍右翼出現並衝進阿爾敏與104期的同伴萊納所在的小隊。在阿爾敏發現這個女巨人可能與艾連巨人一樣擁有智慧時，女巨人拋下阿爾敏和萊納，逕自朝艾連所在的方向飛奔而去。

女巨人在編隊右翼肆虐的同時，隊伍改變前進路線逼近巨樹森林。艾連隨里維兵長等人的中路隊伍進入了巨樹森林，其餘隊伍則繞開了。女巨人隨即追進巨樹森林。

儘管殿後的士兵不斷被女巨人擊殺，里維依然命令艾連繼續前進。隊伍經過埋伏點時，在艾爾文團長的命令下，女巨人被抓鉤捕獲。

艾爾文團長和里維兵長嘗試調查女巨人，卻因其使自己的皮膚硬質化而告失敗。女巨人更通過嚎叫引來大量巨人湧入捕獲點將她吞噬。艾爾文意識到女巨人的真身可能就此脫逃之際，一個偽裝成調查軍團成員的士兵出現了。

這個偽裝者繼續追逐艾連等人。在艾爾文判斷女巨人有著遠超艾連巨人駕馭自身的能力，阿爾敏也推測偽裝的內奸曾目睹艾連變身為巨人。在艾連小隊後方，女巨人再一次出現。為了阻止女巨人的追擊，里維兵長的部下先後喪命。再也無法忍受的艾連變身為巨人與女巨人搏鬥，但很快就被對方打敗並被吞噬真身。米卡莎和里維嘗試阻止女巨人並救出艾連。

米卡莎和里維合力將艾連從女巨人口中救出，為此里維傷了腿。在撤退的途中，調查軍團再次遇到巨人追擊，為了減輕隊伍的行軍負重，團長下令將戰死士兵的屍體丟棄掉。回到城內的調查軍團因牆外調查失敗而被召集到望都接受艾連去向的裁決。

第57次牆外調查的目的，是捕捉混在人類裡，擁有巨人化能力，能破壞城牆的人，可惜作戰計劃以失敗告終，艾爾文等人因政治理由將被叫去王都審問，還被迫必須交出艾連，而隸屬史托黑斯區憲兵團分部的亞妮，將負責調查兵團經過時的戒護工作……

在阿爾敏的推論下，發現女巨人的真實身分應該就是亞妮，艾爾文團長因此擬定作戰計劃，打算誘捕亞妮，雖然艾連也同意這個作戰計劃，但內心始終不願相信，結果在緊要關頭時，無法化身為巨人出來對抗女巨人，眼看眾人陷入了危機……

艾連最終克服心理障礙成功化身巨人，但仍被女巨人逃跑，並趁隙想爬出牆外，米卡莎飛身斬斷女巨人攀爬在城牆上的雙手，讓女巨人墜落地面，艾連因此順利制伏女巨人。此時亞妮出現結晶現象，將自己和重要情報都封死起來。女巨人事件看似告一段落，但有關城牆上巨人的秘密才正要開始…

艾爾文率領兵團進行牆外調查，他否絕了漢吉生擒巨人的請求，而漢吉太想好好研究敵人，決定自己出動。

為了在襲擊預演訓練中讓上級印象深刻，約翰帶著小隊離開負責區域，和莎夏所率領的小隊競爭。

104 期訓練兵團分成兩組進行訓練，路途中卻遇上麻煩，小偷摸走了其中一組的裝備。

在最內層牆內深處的地下街城中，里維和他的盜賊同伴遇到一個女孩，正被一群危險的男人追趕。

面對分隊長的敵意，里維、弗蘭和伊莎貝爾準備隨調查兵團進行牆外調查，但心中卻另有打算。

結束與女巨人的對戰後，人們發現牆裡的巨人，為問出巨人的真面目，漢吉厲聲逼問尼克神父，但尼克抵死不從地三緘其口，而這一切要回溯到12小時前，正在羅塞之牆南區待命的柯尼等104期生，得知有眾多巨人來襲的消息，而且巨人全數往柯尼的故鄉前進，為讓柯尼等人前去協助居民與村莊避難，米可分隊長採取了某個行動……

巨人出現五小時後，往北走的莎夏終於來到故鄉，腦裡閃過的是當時和父親之間的苦澀回憶……，睽違三年後見到的故鄉，早已無法讓人類居住，後來發現了新的村莊，卻目睹悽慘光景。另一方面，艾連等人急著趕往羅塞之牆，但不知何故尼克神父也在一行人中，他表示要親眼確認過狀況後，再決定是否公開城牆派掌握的秘密。

柯尼的故鄉完全不見人影，只有一隻仰躺在殘簷破壁屋子裡的巨人，而且似乎對柯尼說了一句話……。同一時候，里柯率領的駐紮兵團第一師團精銳部隊，正在東邊防線上與巨人交戰，漢尼斯也率領羅塞之牆對策部隊沿著城牆偵查道路，卻完全不見巨人蹤影，兩邊部隊都感到不對勁，而巨人出現後的第一夜即將來臨。

柯尼和萊納、貝爾托特所屬的南班，與克里斯塔和尤米爾所屬的西班在暗夜中會合，決定在厄特加爾城遺址裡度過一夜，沒想到在負責監視的人員察覺到時，城堡四周已經被許多巨人包圍。身上沒有戰鬥裝備的104期生們只能躲到塔裡避難，但顯然遲早會被巨人攻破。孤軍奮鬥抵抗巨人的萊納，腦中突然閃過昔日的記憶？

在艾連等人還隸屬訓練兵團時，某次在雪山訓練結束後，大家發現克里斯塔和尤米爾不見蹤影，原來是克里斯塔陪在訓練中突然身體不適的達茲身邊，尤米爾也為了陪她而同時迷路。在暴風雪中天色漸暗，克里斯塔拖著奄奄一息的達茲朝向山腳下前進，但情況愈來愈險峻，3人有可能無法獲救，此時克里斯塔做出了決斷。

原本包圍厄特加爾城的巨人，在尤米爾和及時趕到的調查兵團主力部隊活躍下，終於全數擊潰。受重傷的尤米爾被運往托洛斯特區接受治療，其餘的調查兵團決定重新展開修復作戰，但原本應該來告知洞口位置的漢尼斯卻表示「完全找不到洞口」，那麼究竟巨人是如何進到牆內？艾連一行人只能狐疑地留在托洛斯特區待命。

盔甲巨人和超大型巨人在艾連眼前現身，憤怒的艾連也立刻化身為巨人，一拳揮向盔甲巨人。另一方面，超大型巨人開始破壞調查兵團正在待命的城牆，並將昏睡中的尤米爾吞進嘴裡，調查兵團因此在漢吉的命令下一齊攻擊超大型巨人，但巨人全身噴出熱氣讓人無法靠近，而艾連也與盔甲巨人陷入苦戰。

艾連巨人只差一步就能打倒盔甲巨人，卻因超大型巨人的頭部掉落而逆轉情勢，艾連也被盔甲巨人擄走，又因為超大型巨人產生的熱氣和風壓，讓現場士兵們受到重創，等米卡莎恢復意識時，艾連早已被帶走超過五小時，讓米卡莎忍不住悲傷落淚，漢尼斯見狀決定替阿爾敏和米卡莎打氣。

敗給盔甲巨人的艾連在巨樹森林裡醒來後，得知眼前淨是同樣擁有巨人化能力的人。身陷巨人巢穴的森林裡，即使能化為巨人，也很難順利脫逃，加上先前才剛奮戰過，艾連已無體力再度巨人化，只能靜待巨人不動的夜晚來臨，但此時某人卻開始說服艾連「跟我們回故鄉去」。

日落只剩一小時，調查兵團菁英們終於趕到巨樹森林，儘管目的是要救回艾連而非戰鬥，依舊是充滿危險的作戰。在此同時，一心想救克里斯塔的尤米爾開始焦急，並回想起年幼時的貧民窟生活和後來的多舛命運，以及與克里斯塔的相遇究竟尤米爾會採取什麼行動！？

盔甲巨人現身在決定往森林挺進的艾爾文面前，肩膀上還有某個人物揹著艾連佇足，雖然調查兵團奮力想救回艾連，米卡莎也試圖攻擊盔甲巨人與該名協助者，卻數度被另一隻巨人阻撓，讓米卡莎全面露出敵意欲殺了巨人，但此時有個人物出面呼籲停止戰爭，究竟這名人物是！？

艾爾文引來的巨人大軍一齊攻向盔甲巨人，在猶如地獄的悲慘景況下，調查兵團總算成功奪回艾連，但盔甲巨人卻開始將巨人紛紛丟向正在撤退的士兵們，導致艾連和米卡莎摔落馬，眼前還出現了五年前吃下艾連母親卡露拉的巨人，艾連決定化為巨人，親手討伐敵人以報這份血海之仇。

為了還希琪人情，亞妮去調查富商女兒卡莉·史特拉特曼神秘失蹤的案件。

亞妮決定隱瞞在尋找卡莉時發現一具遺體的事。但她隨即被兩個男人綁架，其中一人有隻紅色的義眼。

艾連等104期兵決議被編入里維班。為了達成堵住瑪利亞之牆這個最初的目的，漢吉進行著實驗摸索能讓艾連自由令巨人化後的身體產生硬質化的方法，但此時卻傳來了尼克神父被謀殺的消息。就在里維聽到漢吉報告表示判斷尼克的謀殺案是由中央憲兵所為時，收到來自艾爾文的信。信裡所寫的內容是…？

艾連和希絲特利亞搭乘的馬車被襲擊，兩人就這樣被綁架了。里維正要追上去時，出現了謎樣的男人阻擋在他眼前。一看清男人的臉，里維立刻怒吼了男人的名字 ──「肯尼！！」看樣子這個神秘的男人，似乎是和里維的過去有關的對象。兩人的戰鬥正是拚死奪命的最佳演練。並非是人類對巨人，而是人類對人類的、運用立體機動裝置進行的死鬥。目擊這不可思議光景的約翰等人，也被捲入了這場戰鬥之中。

被綁架的希絲特莉亞醒來時所看見的，是自稱是她父親 ─ 羅德．雷斯的中年男性。羅德緊抱住希絲特莉亞，開口說明關於雷斯家的重大秘密。另一方面，漢吉也從逮到的憲兵口中得知了雷斯家的秘密。漢吉為了決定今後的行動方針，打算將雷斯家的秘密通知艾爾文。就在此時，艾爾文正和皮克希斯會面，表明自己打算推進人類歷史的決心。

調查兵團由於憲兵團的計策，被誣陷背負殺害平民的罪名。另一方面，進行巡邏的一男一女兩位憲兵 ─ 馬洛與希琪踏入眾人藏身的森林。雖然發現了正在汲水的阿爾敏，但反而被里維他們逮住。不過馬洛對憲兵團的做法抱持疑問，主動提出要協助調查兵團。里維將兩人交給約翰看守，但約翰對這兩人並不信任，對他們刀刃相向。

調查兵團的命運正走向終結。被中央憲兵逼入絕境，艾爾文也即將被處刑。在王之間接受最後審判的艾爾文主張，「失去調查兵團、同等於人類將失去反擊的利矛」── 卻沒有任何人願意傾聽他的想法。就在他要被拉去處刑時，突然傳來了超大型巨人和盔甲巨人突破羅塞之牆的通報。人類的未來究竟該託付給誰呢！？

在那之後到底經過多久了呢。在禮拜堂地底醒來的艾連身體被鎖鏈鎖住，站在他眼前的，是已經自稱取回所有記憶的希絲特莉亞和羅德。在羅德和希絲特莉亞伸手摸他的背部時，艾連的腦中浮現了不祥的記憶 ── 五年前的某個夜晚襲擊雷斯家的那場悲劇的真相。在那天晚上奪走羅德所有家人的，正是艾連的父親 ─ 古利夏．葉卡。

羅德親口說出關於雷斯家的真實。雷斯家族的血脈中代代繼承的巨人之力，現在正存在於艾連體內。希絲特莉亞發出了怒吼，說自己的使命將是把那股力量納為己物、繼承世界的歷史，將巨人從這個世界驅除殆盡。而得知真相的艾連因為自己犯下無法償還的罪孽流下了眼淚，覺悟將人類的命運託付給希絲特莉亞。了解了艾連的決心後，希絲特莉亞是否真的會遵照羅德的要求化身為巨人呢?

希絲特莉亞違背了羅德的指示，打算帶著艾連逃離禮拜堂。這時羅德舔了潑灑在地上的藥水變成了巨人。調查兵團的同伴們及時救了被巨人化時引起的風壓吹飛的希絲特莉亞、和還被綁著的艾連。此時羅德化為巨人的身體漸漸成形，體型甚至超過超大型巨人。面對同伴陷入危機的場面時，艾連再次選擇相信自己。

艾連雖然成功保護了同伴，但同時也讓羅德巨人得以前往地面。羅德巨人一邊散發著高熱、沿途燃燒著周圍的樹木緩緩地前進著。前進的前方有人口密集的奧爾福德區，然而艾爾文反其道而行故意不對居民下達避難指示，擬出就地迎擊巨人的作戰方案。調查兵團展開了為防止危害到席納之牆中心部而以奧爾福德區的居民為誘餌，又要同時保護居民不可出現任何死傷的艱難戰鬥。

羅德巨人被打倒後，親手給出最後一擊的希絲特莉亞在居民及士兵們面前宣言自己是真正的王。就在這時，從崩壞的禮拜堂逃出來的肯尼因失血過多，撐著最後一口氣倒坐在森林之中。肯尼的腦海中閃過了自己壯烈的一生 ─ 回過神來時，已看見里維站在眼前。像是為了掙扎著最後一線生機，肯尼拿出了裝著巨人化藥物的注射器……

距離希絲特莉亞的加冕式已過了兩個月。人民們用飽含親近意味的稱號「放牛女神」來稱呼在牧場照顧孤兒們的希絲特莉亞。調查軍團方針對艾連得到的硬質化能力進行實驗，成功開發出對抗巨人的武器，然而不停的實驗對艾連的身體產生了很大的負擔。艾連展露只要能夠掃蕩巨人，願意捨身奉獻的覺悟。就在這時，艾連回想起了某個人物的存在…

米卡莎聽見有關艾連的驚人消息，她想像自己有不一樣的過去：父母都還健在，而且從小就和艾連相識。

調查軍團的悲願 ─ 瑪利亞之牆奪還作戰預定在兩天後執行。里維勸戒受了重傷的艾爾文不要參與本次作戰，但艾爾文固執拒絕並堅決地對里維說道：「我必須親眼見證這個世界的真實水落石出的瞬間。」里維這才認同了他的強烈意志，並離開會議室。當天晚上，在兵寮舉辦了盛大的宴會讓士兵們養精蓄銳。艾連一行人回顧著過去發生的戰鬥，再度堅定了決心。

調查兵團在夜色中朝著瑪利亞之牆前進。一群人穿梭在陷入沉睡的巨人之間時，唯獨艾連暗自慌亂。「萬一奪還作戰失敗了怎麼辦？」「我真的有辦法拯救人類嗎？」── 阿爾敏對顫抖著聲音的艾連搭話，一起回想至今發生的事情……

以野獸巨人為中心出現了大批巨人，將調查兵團團團包圍。他們死守著代步的馬匹、同時傾盡全力打倒「盔甲巨人」。

受到調查兵團新開發的武器．雷槍的攻擊，眾人都以為已經讓「盔甲巨人」停止活動了。然而在他們眼前，「盔甲巨人」再度活動、發出了咆哮……

周遭一帶全都陷入火海，調查兵團也被敵人分隔在希干希納區內側與外側。另一方面，艾爾文及里維等人被暴露在「野獸巨人」的射程內，被迫面對石礫的豪雨……

在這窮途末路的狀況中，調查兵團的新兵們在艾爾文的指揮之下，做好必死的覺悟，對「野獸巨人」展開突擊。另一方面，艾連等人也擬好了一個作戰方案……

艾連呆站在阿爾敏面前。此時，沉浸在悲傷中的艾連眼前出現兩道身影……

在希干希納區的城牆上，調查兵團的生還者寥寥無幾。此時，艾連前往老家的地下室……

艾連的父親古利夏所留下的書中寫滿了他的記憶。還是稚幼少年的古利夏，有一天忽然面對了這個世界的真實。

古利夏留下的記憶，記憶中，古利夏被託付了一項任務……

牆外的真實與巨人的真正身分已獲得證實。得知現況後，希絲特莉亞與兵團幹部們做出決斷。而艾連，則思考著要到牆外的世界……

距離人類與巨人的壯烈戰鬥開始至今，已經過了多少歲月呢……。艾連．葉卡一心嚮往、終於抵達的海的另一端，卻持續著不知何時會結束的戰爭。他們究竟是誰，又是為何而戰？現在，一名少年兵抱著必死的覺悟，投身於最前線的戰場…

瑪雷與中東聯合長達四年的戰爭終於畫下句點。然而失去了兩個巨人、戰力下降的瑪雷，使全世界查覺到憑巨人之力就能支配一切的時代正迎向終結。眼見各國持續開發出能對抗巨人的武器，為了挽回頹勢，吉克．葉卡向軍部上層提出了一項建議…

萊納．布朗回到故鄉與母親重逢。當天晚上，他回想起自己小時候為了成為戰士而努力的種種。有個艾爾迪亞人母親的萊納的夢想，就是和母親一起成為名譽瑪雷人，好和自幼分離的瑪雷人父親一起生活。那時的他深信著，繼承巨人之力成為拯救世界的英雄，就能實現這個夢想…

戰士候補生之一的法爾可．葛萊斯為了保護暗戀的賈碧．布朗，唯一的辦法即是成為盔甲巨人的繼承人，然而兩人之間的成績差距卻越來越大，當他沮喪地走在街上時，一個男人出聲向他搭話…

萊納被法爾可帶著進入了一個地下室，看見坐在地下室裡等待著他的那張臉感到驚愕不已。與此同時，威利．戴巴受到全世界矚目的演說即將開始…

威利．戴巴於演說發表對帕拉迪島的開戰宣言，就在此時，一片嘩然的廣場上出現了不請自來的賓客…

戰場極盡混亂。戰士們挺身面對能在空中移動自如、迎面襲來的士兵。這場戰鬥究竟會如何演變…

一具巨人像是回應著求救的悲痛呼喊似地起身阻擋在艾連面前。賈碧則獨自攜槍飛奔而出…

說不定，原本還能有別的選擇……。無論如何後悔、懺悔，已失去的事物都不會再回來…

外面的世界沒有友方。所以為求生存而毀滅敵人，唯有挺身戰鬥一途。這個選擇是正確的嗎？無人能判是非…

無處可去，毫無線索，也無法保證能回歸家園。然而對這樣的他們伸出援手的，竟是他們本應憎恨的惡魔…

該憎恨的是誰？該怨恨的是什麼？曾深信不疑的事物，漸漸動搖…

賈碧與法爾可向人尋求幫助。他們所相信的方向是否有能如願以償的未來？抑或是必須承受報應…

艾連冷冷地看著阿爾敏和米卡莎，開口說到「因為我想跟你們聊聊」…

在恍惚的意識之中，看見的是令人懷念的面孔與朦朧的記憶，是關於與那個人物的相遇。一切皆是為了實現自己注定背負的使命…

彼此尋求的未來再無交集，只能懷抱各自的信念相爭。現在，來到起始之地，各方又將再度交鋒…

滂沱大雨中，有位士兵倒在路邊。他的不遠處有個奇異的巨人渾身散發蒸氣，從中爬出了一個男人……。與此同時，瑪雷軍在一切的開端 ── 希干希納區發動奇襲，巨人們也展開行動，始祖巨人與盔甲巨人再度對峙，「來吧，萊納」。

阿爾敏說服夥伴放下心中擔憂，對艾連伸出援手。艾連和萊納展開激戰，吉克突然從高牆上現身，加入這場戰局。

野獸與始祖，人們圍繞著掌握情勢關鍵的這兩大巨人展開殊死戰鬥。當彼此的想法與記憶交織，這對兄弟眼裡所望目標的前方是…？

弟弟拒絕哥哥，但哥哥並未捨棄弟弟，只有一心想拯救弟弟的念頭。艾連和吉克兩人來到一切的終點，透過那一夜的記憶得知父親古利夏的真實。

從2000年前開始的反抗、戰鬥，不斷前進的人們所寫下的故事。究竟誰寫下的篇章才是一切的序章？艾連對持續行走的始祖尤米爾說道：「你一直在等待著，對吧。從2000年前起…就一直在等待著誰來解放你。」

大地轟隆鳴動，塵土高揚入天，成群巨人不斷前進。島上的高牆已然消失，直到將島外世界的生命全都驅逐殆盡為止，無人能夠阻止艾連。

當人們陷入混亂之際，過去曾是朋友、亦是敵人的這個人物清醒過來，停滯的時光再次轉動，一切全都變了樣子。在這樣的時刻，做出的選擇是……

巨人的軍隊列隊進軍，即將踐踏對此一無所知的民眾。仰望這無情景象時，士兵與戰士們會束手就擒，還是起身反抗？身在森林中的兩位士兵早已下定決心。

戰火的彼端是我們的敵人所在之處。我們彼此憎恨、鄙視、並互相殘殺至今。而現在，坐在營火對面的是對「正義」各有定義的人們。

眾人為了拯救世界，下定決心要阻止艾連，但阻擋在他們眼前的卻是過去的同伴。他們懷著不希望讓任何人死去的想法挺身戰鬥。

一旦猶豫就會死，槍口瞄準就扣下扳機。現在只能深信這些背叛……將能維繫拯救世界的希望。

那一天，看見的事物。那一天，交談過的事情。那一天，做出的選擇。全部都是他所希望的。他從沒有任何改變。

艾連發動「地鳴」意圖毀滅世界。無數的巨人們開始進擊，所到之處皆被夷為平地。米卡莎、阿爾敏、約翰、柯尼、漢吉、萊納、亞妮、皮可和身負重傷瀕臨死亡的里維……殘存下來的戰士們為了阻止艾連挺身而出，迎接最終的戰役。

化身末日巨人的艾連帶領著無數巨人前進史拉托亞要塞。這時，出現在深陷絕境的難民們面前的，是在千鈞一髮之際逃過地鳴的米卡莎、阿爾敏、約翰、柯尼、萊納、皮可和里維一行人。過去的伙伴們和兩位同年玩伴與艾連之間的戰鬥，即將劃下句點。